高通量测序经过近十年来的迅猛发展，已经深入到生命科学的各个领域，不仅有力地推动了基础研究的发展，也在逐渐征服临床应用。通常时候，我们进行高通量测序分析的基本套路是：通过一系列分析找到目标基因（
Candidate Gene
）
,
然后进行下游靶基因的验证。其实我们可以进行上游的研究，来丰富机制研究的深度。这里小编给大家介绍一下有关转录因子的概念，研究方法和进展，可能要分几期进行解说。
首先，我们介绍一下什么是转录因子？转录因子
(Transcription factor
，
TF)
是一群能与基因
5`
端上游特定序列专一性结合，从而保证目的基因以特定的强度、时间、空间去表达的蛋白质分子。
真核生物的
RNA
聚合酶不能直接识别启动子，需要转录因子。转录因子可以调控核糖核酸聚合酶（
RNA
聚合酶）与
DNA
模板的结合。转录因子一般有不同的功能区域，如
DNA
结合结构域与效应结构域。转录因子不单与基因上游的启动子区域结合，也可以和其它转录因子形成转录因子复合体来影响基因的转录。
转录因子与启动子的分类及相互关系
人类基因组中
35,000
多个基因在不同的组织、不同的时间具有表达差异性，转录因子的调控起到重要的作用。转录因子的调控导致基因表达的差异。与此同时，通常它们也是信号转导通路的靶标，也是被调控的对象。
2012
年的诺贝尔生理学或医学奖得主山中伸弥，在小鼠成纤维细胞中表达
Oct3/4
、
Sox2
、
c-Myc
以及
Klf4
四种转录因子，将成纤维细胞逆转形成多能干细胞（
iPS
），进一步揭示了转录因子在生物学研究中的重要研究价值。鉴于转录因子在生物体中发挥的重要作用，越来越多的研究人员开始着手转录因子研究，进而发现转录因子与多种人类重大疾病相关，如：
p53
、
myc
、
ER
、
Id
与癌症相关；
PPAR
与肥胖相关；
MEF2
、
HIF1
与心脏疾病相关；
转录因子在动植物的生长发育及其对外界环境的反应中起着重要的调控作用，正如上面描述已经成为现在生物学研究领域的热点，其功能分析是重要的研究内容之一。我们可以通过转录因子注释，或者可通过表达量聚类分析，筛选出关注生物学问题过程中起主要调控作用的一些转录因子。通过
WGCNA
分析发现基因表达模块，筛选关键转录因子在基因模块中是否为
hub gene
，还可以预测转录因子的靶基因（
MEME
，
http://meme-suite.org/tools/fimo
），筛选出基因模块中的靶基因，建立以转录因子为
hub gene
的调控网络。下图是转录因子在疾病研究中的思路及方法：
本期我们先给大家介绍一下转录因子的研究思路，后面我们会分期介绍转录因子分析的一些具体方法，敬请期待！
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