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直播剧透 | Oxford Nanopore纳米孔测序在生物医药领域应用

bioSeedin柏思荟  · 公众号  ·  · 2024-09-09 17:31

正文

▲ 扫描二维码报名观看


高通量测序技术是整个药物开发价值链中不可或缺的工具;但是,传统的技术对核酸裂解和扩增的要求会导致关键样本信息被清除。Oxford Nanopore的纳米孔测序技术是目前唯一无需PCR 扩增或者反转录为cDNA,可以直接对天然 RNA的测序技术,从而能揭示样本的真实生物学机理,以及发现之前未发现的信息,对生物医药开发和质量控制提供更加精准分析所需的测序数据。


现有研究表明,纳米孔测序技术用于生物医药领域的优势包括:

  • 准确、丰富的数据 - 提供全面的见解

  • 任意读长长度 - 从短读长到超长读长序列 (> 4 Mb)

  • 无需PCR - 无扩增偏倚和直接甲基化检测

  • 可扩展设备 - 从便携式到超高通量

  • 实时分析—立即获得可操作的见解


基于此, 2024年9月11日(周三)19:00-20:00 bioSeedin将联合 Oxford Nanopore 共同主办Webinar第194期—— “Oxford Nanopore纳米孔测序在生物医药领域应用”


本次直播邀请到了 阿斯利康生物制药研发部高级生物科学科学家 Daniel Jachimowicz 和高级数据科学家 Bastian Schiffthaler,龙沙mRNA 工艺和技术主管Telmo Graça博士,以及法国PathoQuest研发项目负责人Jose-Crispin Zavala Alvarado, 分享他们利用Oxford Nanopore纳米孔测序进行rAAV 载体QC,mRNA疫苗QC,以及罕见病制剂QC的应用,敬请期待。


注:本场直播,全程英文演讲,采用中文字幕实时翻译。


长按扫码,即可预约报名





以下为部分直播内容剧透:


01

rAAV基因组测序

揭示转基因完整性和包装杂质

在直播中,瑞典阿斯利康生物制药研发中心高级生物科学科学家Daniel Jachimowicz以及高级数据科学家Bastian Schiffthaler将介绍如何在Nanopore平台上评估腺相关病毒(AAV)基因组测序的相关内容。



Daniel Jachimowicz首先将对AAV进行简单的介绍,并分享重组腺相关病毒(rAAV)可以作为基因治疗药物的递送载体的特性。


随后,Daniel Jachimowicz将分享rAAV的生产流程。从技术上来讲,最后理应得到一个只含有转基因序列的衣壳,但要确保这一点,需要进行测试和质量控制。而一些传统的质量控制方法,如凝胶电泳或定量PCR有一定的局限性,因此需要一些新的方法,如DNA测序或基因组测序,并且可以与长读长测序进行搭配。



最后,Daniel Jachimowicz将分享AZ内部在纳米孔长读长测序方面的尝试性试验,包括最终得到的数据以及该如何对数据进行分析,能从中获得什么样的洞察。


在Daniel Jachimowicz的分享后,Bastian Schiffthaler将分享如何在计算机上评估rAAV测序。



在直播中,Daniel Jachimowicz首先将概括性分享结合了Oxford Nanopore公开的Epi2Me以及定制工具/脚本的工作流程。简单来说,首先是从Nanopore仪器上取下测序材料,随后将这一序列数据与合并参考序列进行比对,然后会对产生的数据从“污染、完整性和方向性”三大类进行评估。随后,Daniel Jachimowicz将结合具体实例进行分享。



最后,Daniel Jachimowicz对Nanopore平台测序技术的优势进行总结。


02

利用纳米孔测序技术

优化mRNA疫苗及治疗的QC测试

在直播中,龙沙mRNA工艺和技术主管Telmo Graça博士将分享“利用纳米孔测序技术优化mRNA疫苗及治疗的QC测试”的相关内容。


首先,Telmo Graça博士将概述mRNA疗法的分析要求。目前,世界卫生组织已经制定了一些针对疫苗的指南,包括Template、Drug Substance和Drug product等方面 ,以确保确保mRNA药物长期稳定。



而要确保药物的长期稳定,以确保产品的质量不会受到工作流程的影响。因此,随后Telmo Graça博士将介绍龙沙与Oxford Nanopore开展的非常有意义的合作,即将直接mRNA测序(包括N1-甲基假尿苷)引入监管环境,并建立测序技术的新黄金标准。



最后,Telmo Graça博士将介绍生产技术以及如何在生产过程中进行质量控制。在mRNA的研发过程中,需要确保在开始以及结束时进行mRNA鉴定,以及在研发流程中进行完整性验证。



03

iDTECT整合位点分析测定:

罕见病生物制剂质量控制的范式转变

在直播中,PathoQuest研发项目主管Jose-Crispin Zavala Alvarado将分享与Oxford Nanopore的合作成果。



首先,Jose-Crispin Zavala Alvarado将围绕“如何将Cas-9测序应用于罕见病领域”话题进行分享。目前已有一些案例表明,可以利用Cas-9测序技术来识别染色体某个基因位点上的致病性基因突变,并以此来开发针对性的治疗方法,而Nanopore测序技术便是传统测试策略和方法的最佳替代方案。


基于以上探讨,Jose-Crispin Zavala Alvarado随后将重点分享Oxford Nanopore与PathoQuest公司之间的合作。



通过将Oxford Nanopore卓越的纳米孔测序技术与PathoQuest精湛的、有针对性的基因组(整合位点)表征方法相结合,开创了iDTECT®整合位点分析测定,不仅有望简化这些重要疗法的审批流程,还能显著改善罕见病患者的治疗前景。



目前,iDTECT®整合位点分析测定已经面向全球发布,并且是首个经GMP认证、基于纳米孔测序的生物制剂遗传表征法。


具体内容请锁定 2024年9月11日(周三)19:00-20:00直播。






Webinar

第194期


主题: rAAV 基因组测序揭示转基因完整性和包装杂质
时间: 2024年9月11日 19:00-19:40

演讲摘要:

重组腺相关病毒(rAAV)是一种很有前景的基因治疗药物递送载体。在演讲中,我们将分享如何评估纳米孔长读长测序作为一种全面、灵敏的 rAAV 质量控制方法,以支持阿斯利康的内部研究。我们将介绍如何进行文库制备、评估数据质量和生成重要的 rAAV 指标,如 DNA 货物的完整性、截断事件、嵌合转基因和共包装杂质水平。




Daniel Jachimowicz


瑞典阿斯利康生物制药研发中心高级生物科学科学家


Daniel Jachimowicz是阿斯利康生物制药研发部的高级科学家。Daniel领导长读长测序NGS/转录组学团队,以支持公司治疗领域的项目和计划。他致力于通过建立新的方法和技术来改善转录组学和基因组样本中的大结构变异检测。




Bastian Schiffthaler


瑞典阿斯利康生物制药研发中心高级数据科学家


Bastian Schiffthaler 是阿斯利康生物制药研发部的高级数据科学家。他负责协调、分析和支持不同治疗领域早期药物开发项目的长读长生物信息学。




主题: 利用纳米孔测序技术优化 mRNA 疫苗及治疗的QC 测试
时间: 2024年9月11日 19:40-19:50

演讲摘要:

纳米孔测序已成为 mRNA 生产过程中质量和过程控制的理想工具。其实时、无标记的特性可对 mRNA 合成和下游处理过程进行全面监控,确保在每个阶段对生产过程进行全面控制。龙沙和Oxford Nanopore正在合作,将直接 mRNA 测序(包括 N1-甲基假尿苷)引入监管环境,并建立测序技术的新黄金标准。


Nanopore 测序技术将用于进行偏差的特性测试,同时能够同时分析多个关键质量属性,如完整性(mRNA 长度和poly- A 尾长度)和capping。该技术还显示出无与伦比的潜力,可用于由多个 mRNA 分子组成的复杂制剂。通过实现直接 mRNA 测序,纳米孔测序技术简化了生产工作流程,加快了开发进度,确保了一致、高质量的结果,同时还能深入了解 mRNA 治疗药物的特性、完整性和组成。




Telmo Graça


龙沙 mRNA 工艺和技术主管


龙沙 mRNA 工艺和技术主管Telmo Graça博士,通过探索创新技术和流程,引领龙沙平台在 mRNA 领域处于龙头地位。他还负责领导从研发到生产的外部和内部项目。在加入龙沙之前,Telmo 在 CureVac 担任 TechRun RNA 打印机的经理和小组负责人。他还拥有生物工程硕士学位和免疫学与传染病博士学位。


主题: iDTECT 整合位点分析测定:罕见病生物制剂质量控制的范式转变
时间: 2024年9月11日 19:50-20:00

演讲摘要:

Oxford Nanopore 与 PathoQuest 公司之间具有里程碑意义的合作开创了生物制药领域的先河,实现了模式的转变,尤其是在罕见病这一细分领域。通过将卓越的纳米孔测序技术与 PathoQuest 精湛的、有针对性的基因组(整合位点)表征方法相结合,这种 iDTECT® 整合位点分析测定不仅有望简化这些重要疗法的审批流程,还能显著改善罕见病患者的治疗前景。这项合作为这一战略提供了令人信服的范例,说明了尖端基因组技术与严格的质量控制措施相结合所带来的切实好处,标志着生物制药未来的飞跃。








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