微卫星不稳定性(microsatellite instability,MSI)是在肿瘤细胞中,由错配修复受损或缺陷导致的、出现新的微卫星等位基因的现象。MSI可导致肿瘤细胞基因组进一步突变,从而促进恶性肿瘤的发展,是公认的重要致癌途径之一。
WRN是一种DNA解螺旋酶,在DNA错配修复(mismatch repair,MMR)缺陷的MSI肿瘤细胞中,敲除WRN基因或耗尽WRN蛋白后,会发生合成致死效应,导致肿瘤细胞死亡,所以
WRN
可能是MSI恶性肿瘤的合成致死新靶点。
虽然目前还没有靶向人类DNA或RNA解旋酶的药物获批,但基于靶向MSI恶性肿瘤的WRN抑制剂研究引起了科研人员和药物研发人员的兴趣。4月24日,Nature同时上线了两篇介绍WRN抑制剂的论文。
第一篇论文是由Vividion Therapeutics公司发表的,主要介绍了WRN共价变构抑制剂(VVD-133214)的发现过程:
研究人员首先利用一种基于靶向质谱的化学蛋白质组学方法,筛选出了一批能与WRN上第727位半胱氨酸(C727)选择性地结合的化合物,从中选择、优化后,得到了临床候选化合物
VVD-133214
。
图1. 利用化学蛋白质组学,发现共价WRN抑制剂VVD-133214
接下来,研究人员确定了WRN ATP酶结构域的晶体结构。此外,在C727的硫原子和VVD-133214的乙烯基砜的β-C之间,观察到了清晰的电子密度。VVD-133214和WRN之间不存在氢键相互作用,表明形状互补和相对弱的可逆相互作用足以使乙烯基砜亲电试剂对C727进行亲核攻击。
图2. WRN解旋酶结构域封闭构象的整体结构
接下来,研究人员探究了VVD-133214在MSI-H细胞中是否具有细胞毒性。结果发现,VVD-133214能够通过共价抑制WRN来驱动MSI-H结直肠癌细胞的合成致死性。此外,在荷瘤小鼠的体内研究中,VVD-13321也能抑制WRN蛋白,每天一次口服5mg/kg或更高剂量的VVD-133214可导致肿瘤内接近完全(约95%)的靶点结合。
最后,研究人员在7种不同的MSI-H结直肠癌病人来源肿瘤异种移植(PDX)模型中测试了VVD-133214的抗肿瘤活性。在7个模型中,有6个模型每日口服20mg/kg剂量的VVD-133214成功地减轻了肿瘤负荷。其中CTG-0092是一个典型的模型,所有小鼠都表现出肿瘤消退,研究结束时,5只小鼠中有3只表现出完全缓解。
图3. VVD-133214抑制MSI-H
PDX模型中的肿瘤生长
总之,这篇论文通过化学蛋白质组学的方法,发现和优化了靶向WRN的选择性共价抑制剂VVD-133214,该化合物在小鼠中具有良好的耐受性,并在多种MSI-H结直肠癌细胞系和PDX模型中导致肿瘤消退。这一成果说明WRN抑制剂在解决高未满足需求的MSI-H癌症患者中的巨大潜力。
第二篇论文是由诺华公司发表的,主要介绍了合成致死性WRN抑制剂(HRO761)的发现过程:
如图1a所示,研究人员首先对150 000个化合物进行多轮筛选,然后得到了化合物1,接下来又通过降低logP并提高渗透率的策略,得到了化合物4(即HRO761)。对接结果表明,HRO761在D1和D2解旋酶结构域的界面上变构结合,从而将WRN锁定在非活性构象中。
图4. WRN变构抑制剂HRO761的鉴定和结构基础
此外,研究人员表征了HRO761处理对MSI细胞的影响。结果发现,WRN抑制以时间和剂量依赖性方式导致细胞周期阻滞和DNA损伤,但此过程不依赖p53(p53是一种抑癌蛋白,在癌细胞中经常发生突变,限制了许多疗法的有效性)。
图5. WRN抑制以独立于p53的时间和剂量依赖性方式,导致细胞周期阻滞和DNA损伤
接下来,研究人员在SW48细胞来源的异种移植物(CDX)中测试了WRN抑制剂。结果显示,每天口服一次20mg/kg HRO761可导致肿瘤停滞。通过监测动物体重推断HRO761没有毒性。此外,在不同MSI适应症的CDX和PDX模型中进行的大规模体内筛选结果显示,疾病控制率约为70%,疾病稳定率为35%,部分缓解率为30%,完全缓解率为9%。
图6. HRO761对WRN合成致死性概念的体内药理学验证
总之,这篇论文表明,WRN抑制剂HRO761在体外和体内均选择性地抑制了MSI癌细胞的生长。此外,在MSI细胞中,HRO761诱导双链DNA断裂并激活DDR诱导WRN降解,选择性地促进细胞死亡和细胞周期阻滞,而不依赖于p53状态。HRO761在口服给药后呈线性暴露,在毒理学研究中显示出良好的安全性,预计其临床开发具有极大潜力。
目前,WRN靶点仍处于早期研究阶段,
医药魔方NextPharma
®
数据库
显示,
全球仅有10余款在研药物,其中,Vividion Therapeutics的RO7589831(即上文的VVD-133214)和诺华的HRO761进度最快,处于I期临床阶段。
WRN靶点代表性在研药物(来源
:医药魔方NextPharma
®
数据库)
国内方面,勤浩医药、英矽智能、先声药业、浦合医药等企业也已布局该靶点。整体来看,WRN靶点赛道未来一片蓝海。
参考资料:
[1]
Kristen A. Baltgalvis et al. Chemoproteomic discovery of a covalent allosteric inhibitor of WRN helicase. Nature(2024)