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简简单单一区13.5分!双疾病孟德尔随机化分析再创新高!就问你羡慕不?

生信图书馆  · 公众号  ·  · 2024-06-17 19:00

正文

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孟德尔随机化(MR)最近风头正盛,高分文章频频爆出!今天生信湾就给大家分享一篇双疾病MR分析,带大家看一下双疾病是如何做MR分析~

这是浙江大学附杭州第三人民医院相文忠团队在今年2月发表的文章,作者通过双向MR分析探究炎症性肠病(IBD)与玫瑰痤疮的关联, 文章只用了1图2表 便拿下1区13.8分 这篇文章具体好在哪里呢,就让生信湾来带大家揭秘一下吧~

1. 双向MR的应用 :本研究采用双向MR方法来分析IBD和玫瑰痤疮之间的潜在因果关系,这种方法可以有效控制混杂因素,提高因果推断的准确性。

2. 候选基因的识别 :通过使用IBD和玫瑰痤疮相关的基因及其表达量性状位点(eQTLs)作为工具变量,识别了三个可能起作用的候选基因,为理解两者之间的生物学联系提供了新的分子证据。

(PS:小伙伴们也可试试寻找存在关联性的两种或多种疾病研究,再通过双向MR寻找其存在的因果关系,这种研究思路还是有很多的哦,想要的话可以来扫码找生信湾哦~)

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题目:炎症性肠病与 玫瑰痤疮 之间的关系:双向双样本孟德尔随机研究
杂志:Journal of the American Academy of Dermatology
影响因子:IF= 13.8

发表时间:202 4 2

炎症性肠病 IBD 与玫瑰痤疮均是慢性炎症性疾病,且流行病学研究已暗示它们之间可能存在联系。 因此,本研究 通过 MR 方法 探讨IBD与玫瑰痤疮之间的关联 ,旨在确定这种联系是否具有因果性,并为未来的临床治疗提供潜在的分子靶点和治疗策略。
(1)玫瑰痤疮的GWAS数据(1195例病例和211139例对照)从FinnGen数据库中检索。
(2)IBD(12882例和21770例对照)及其两种常见亚型——溃疡性结肠炎(UC)(6986例和20464例对照)和克罗恩病(CD)(5956例和14927例对照)的GWAS数据来自国际IBD遗传学联合会。
本研究首先从FinnGen数据库获取玫瑰痤疮的GWAS数据,然后从国际IBD遗传学联合会获取IBD及其亚型UC和CD的GWAS数据。接着使用逆方差加权法(IVW)进行主分析,辅以MR-Egger和加权中位数方法解读结果,并进行敏感性分析。最后,通过eQTLs分析识别与IBD和玫瑰痤疮相关的候选基因,探讨两者之间的潜在生物学联系。
作者采用反方差加权法(IVW)作为主要分析方法,辅以MR-Egger和加权中位数方法解读结果,并进行敏感性分析。
研究结果显示,IBD的遗传倾向性与玫瑰痤疮风险显著增加59%有关(PIVW = 0.0014)。进一步分析表明,IBD的两种亚型, 溃疡性结肠炎(UC)和克罗恩病(CD),同样与玫瑰痤疮风险增加有关(UC: PIVW = 0.0002; CD: PIVW = 0.0124)。然而,玫瑰痤疮与IBD及其亚型之间并无反向关联性 (图1) 。这些发现得到了敏感性分析的进一步支持(表1),表明了 IBD与玫瑰痤疮之间可能存在单向的因果关系
图1 MR结果
表1 敏感性分析
为了进一步探索IBD与玫瑰痤疮之间潜在的因果机制,采用MR方法,将IBD和玫瑰痤疮相关基因作为暴露变量,并将其对应的表达数量性状位点(eqtl)作为IVs。研究了可能与IBD和玫瑰痤疮相关的共享基因和单核苷酸多态性(SNP)位点作为结果变量。最终, 确定了三个候选基因:IL4、 IRF1和NEAT1 ,它们可能在IBD与玫瑰痤疮的联系机制中发挥作用(表2)。
表2 MR结果






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