UCSC  Xena:癌症基因组学数据分析平台

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UCSC Xena是一个癌症基因组学数据分析平台，支持对癌症样本的多种组学数据进行可视化和分析,网址如下

https://xenabrowser.net/

该平台内置了一些公共数据集，比如来自TCGA,  ICGC等大型癌症研究项目的数据，不仅可以对数据进行分析，而且还提供了对应文件的下载功能。同时还支持对自己的数据进行分析，而且保证了数据的安全性，不用担心上传之后被别的用户窃取到。

支持下列多种类型数据的展示

1. snv/indel

2. SV

3. CNV

4. gene/transcript/protein expression

5. DNA methylation

6. ATAC-seq signals

7. phenotypic/clinical/sample annotations

   
   

内置数据集的下载链接如下

https://xenabrowser.net/datapages/

包含了下图所示的多种来源的数据集

而且这里的数据是整理之后的，TCGA部分数据截图如下

以TCGA Lung Cancer为例，点击之后可以看到详细的数据集，示意如下

以IlluminaHiSeq数据集为例，点击对应的链接可以看到该数据集的下载链接以及数据的一个概述，示意如下

对于TCGA等公共数据集而言，从该平台下载也非常的方便，直接下载的就是整理好之后的结果，方便后续分析。