两天一夜高强度训练，理论与实战相结合
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来自中科院，长期从事单细胞多组学方面的项目研究，
发表
Nature
等杂志四十多篇论文
，目前承担国家科技部、国家自然基金委和重点研发计划等多项课题
单细胞测序技术作为科研领域最新、最热的技术,发展神速。好的技术给科研带来了更为丰富、精准的数据。如何在最终的数据分析中结合生物学背景挖掘到更多信息也是困扰很多科研人员的一大难题。为了让更多的研究者了解单细胞测序数据挖掘的常用套路以及单细胞常用数据分析软件的使用特举办单细胞测序数据挖掘与课题设计学习班。
1
、了解单细胞测序基本概念及原理
2
、了解单细胞测序分析的常用软件
3
、掌握单细胞测序数据的下载方法
4
、掌握单细胞测序数据的研究思路
5
、学会
R语言基本语法和绘图技巧
6
、学会用
R代码进行单细胞转录组分析并作图
7、熟悉CNS
杂志单细胞转录组文章思路
8、熟悉零成本的单细胞相关课题设计思路
9、获得全套全自动化分析单细胞数据的流程脚本
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第一天上午
8:
3
0-
11:30
|
单细胞测序技术与应用
|
1.
单细胞组学技术发展历程和原理介绍。
2.
单细胞
测序
技术在科研领域的应用。
3.
近年单细胞
技术
CNS
文章思路解析。
4.
单细胞
文章常见图表解读
。
5.
单细胞组学技术在癌症、发育、免疫及
在
植物等领域的研究内容及思路。
|
理论
|
|
第一天下午
1:
3
0-
17:00
|
Linux
及
R
语言入门
与
实操
|
1.
常规基础
Linux
命令入门讲解及实操训练。
2. R
语言简介及安装，
RStudio
的安装及使用说明。
3. R
语言语法介绍及常用命令。
4.
数据处理功能及统计应用。
5. R
语言画图实操
：
tSNE
，小提琴图，热图，网络图，
GO
、
KEGG
富集图，
GSEA
等图形绘制。
|
实操
|
|
第一天
晚上
18:00-21:00
|
单细胞转录组数据分析思路及流程
|
1
.
单细胞
高分文章
分析思路
解析（细胞类群确定
、
拟时间分析
、
差异表达
、通路富集
、
转录因子、配体受体互作等
）
。
2.
单细胞转录组比对
、
定量
、
分群及拟时间分析等
软件
及参数。
3.
单细胞转录组转录因子
、
功能通路
及
配体受体互作思路解析。
4
.
单细胞
组学分析常用数据库介绍及使用。
5
.
基因富集分析和可视化。
|
理论
|
|
第二天上午
8:
3
0-
11:30
|
单细胞数据可视化、
细胞分型及
marker
鉴定
|
1. 10X
官方单细胞软件
Cellranger
讲解及实操。
2.
从基因表达矩阵开始到
marker
基因筛选全过程讲解及实操。
3.
通过
Seurat
软件进行
PCA
及
tSNE
降维。
4.
单细胞转录组细胞鉴定及聚类分析。
5.
通过
Seurat
及
GSVA
等进行单细胞转录组差异分析。
|
实操
|
|
第二天下午
1:
3
0-
17:00
|
单细胞数据轨迹分析，功能
富集
|
1.
通过
Monocle
软件进行单细胞转录组拟时间分析。
2.
通过
DAVID
及
metascape
网站进行通路富集分析。
3.
单细胞数据
分析总结。
4.
归纳
总结零成本单细胞数据
挖掘
思路。
5.
单细胞
测序基金申请思路、准备内容及注意事项等。
|
理论
+
实操
|
【主办单位】
玮瑜科研平台（上海玮瑜生物科技有限公司）
【承办单位】
上海玮瑜生物科技有限公司
【时间地点】
时间：2019年10月12-13日 11日报到
地点：
上海田林宾馆 田林路1号
【住宿说明】
田林宾馆
380
元-450元
/
标间
费用自理
【会务费用】
3400元/人。授课期间发放纸质邀请函（盖章）和发票。按交费先后顺序确定座位号。会务期间提供午餐，晚餐自理。
【指定账户】
A：银行转账
户名：上海玮瑜生物科技有限公司
账户号：97340154740007035
开户行：上海浦东发展银行大华支行
B：支付宝转账
收款人：[email protected]
支付宝户名:上海玮瑜生物科技有限公司
C：现场刷卡或现金：支持公务卡
说明：汇款时写上您的姓名，如果朋友代付一定要注明您本人的名字，便于好查询。
【联系人】
联系人：谢老师 13611825136
指定报名邮箱：
[email protected]
【报名方式】
（推荐在线报名）
1.邮件和信息报名：请您将您的姓名发信息到13611825136或wybiot
@126.com
。工作人员会联系您！
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