专栏名称: 伯远生物
帮助基因研究团队创造和保持行业领先!让科研更轻松、更高效,更值得信赖!
目录
相关文章推荐
鲁中晨报  ·  周鸿祎,公开道歉! ·  昨天  
山东省交通运输厅  ·  特斯拉到访山东高速 ... ·  2 天前  
鲁中晨报  ·  一票难求,涨价已超10倍!官方最新回应 ·  3 天前  
51好读  ›  专栏  ›  伯远生物

【干货分享】代谢组学样本收集指南(二):花、果实、种子、愈伤组织、大型真菌

伯远生物  · 公众号  ·  · 2024-09-11 09:00

正文

合理的样本采集是开始代谢组研究的第一步,也是决定研究结果是否真实、可靠的关键性因素。在上期公众号小编给大家介绍了代谢组取样准备、取样原则、根茎叶片不同样本的取样方法及样本量要求,详细见: 【干货分享】代谢组学样本收集指南(一):根、茎、叶片 。本期小编继续给大家介绍花、果实、种子、愈伤组织、大型真菌的取样方法及样本量要求供科研工作者查阅。


一、花

1.样本收集步骤

A. 根据研究目的,选择5 10瓣花瓣或收集5 10朵花的花粉或3 6朵整花(根据花大小可调整取样数量)混合形成一个样品。

B. 把样本按照500mg~5g/sample装入离心管中,做好标记,迅速放入液氮中冷冻处理至少15min。

C. 取出后迅速放入自封袋中(每组一袋),在自封袋中放入标签纸注明样本信息。

D. 迅速放入-80℃冰箱冻存。足量干冰寄送。



2.注意事项

A. 样本上的灰层等赃物要用PBS漂洗干净,并用吸水纸吸干样品表面。

B. 要根据实验设计,采集样本时保持样本一致性,尤其是同一组样本(颜色、衰老程度、光照、位置等)。


二、果实、种子

1.样本收集步骤

A. 选择来源3~6株不同植株相同位置的果实或种子作为一个生物学重复。

B. 根据具体实验设计取每组果实或种子的特定的部位或整个果实,将其均匀混合,如果是含多汁、块头较大的果实可使用手术刀将其切割为1~2cm均匀合适的小块。

C. 把样本按照500mg~5g/sample装入离心管中,并做好标记,迅速放入液氮中冷冻处理至少15min。取出后迅速放入自封袋中,在自封袋中放入标签纸注明样本信息。

D. -80℃冰箱冻存。足量干冰寄送。



2.注意事项

A. 对多汁的果实进行取样很难保持均一性(如番茄、西瓜),强烈建议将整个果实进行切割、速冻、研磨、冻干,对粉末进行称重分装。

B. 对于果树类型的果实,若没有足够数量的的果树可以选择,可以选择同一果树上的不同果实样品进行混样形成一个生物学重复。


三、愈伤组织

1.样本收集步骤

A. 选择相同培养条件下2~4个培养皿3~6不同区域的样品,混合成一个生物学重复。

B. 取出愈伤组织,切除样品中已经褐化或者分化成叶片、茎、根等组织的部分。

C. 取1g样品放置在适宜大小的离心管中(10mL),做好标记迅速放入液氮中冷冻处理至少15min。

D. -80℃冰箱冻存。足量干冰寄送。



2.注意事项

已发生褐化或者分化成叶片、茎等组织的部分需切除干净。


四、大型真菌

1.样本收集步骤

A. 选择≥6个单菌体特定部位或整个菌株均匀混合为一个生物学重复样品。

B. 收集好真菌样品,用PBS水清洗除菌体上的土壤、培养基等杂质,并用吸水纸吸干样品表面。沿垂直轴的中心线将菌体切割成1~2cm大小的块状,整个操作在冰上进行。

C. 取1g放置在适宜大小的离心管中(10mL/15mL),并做好标记,迅速放入液氮中冷冻处理至少15min。

D. -80℃冰箱冻存。足量干冰寄送。



2.注意事项

A. 真菌上土壤、培养基等杂质务必清除干净。

B. 取样部位需根据自己研究目的进行选择。


五、收样标准


注意事项

1.如果样本量太少,部分代谢物可能无法检出。

2.如果生物学重复太少,后期构建模型较差,满足条件的差异代谢物数量会很少,甚至没法进行统计学分析。

3.如果干冰太少,样本存在冻融风险,代谢物可能发生降解,干冰用量是以3-4公斤干冰挥发一天计算。


参考文献



1.Fan K, Zhang Q, Liu M, et al. Metabolomic and transcriptional analyses reveal the mechanism of C,N allocation from source leaf to flower in tea plant ( Camellia sinensis .L)[J]. Journal of Plan Physiology , 2019, 232: 200-208.

2. Hafiz M K A , He X H , An J W , et al. Metabolic and transcriptomic analysis of two Cucurbita moschata germplasms throughout fruit development [J].







请到「今天看啥」查看全文