现在谁都这么忙，能一口气做完的事情为什么要分两口气。所以不以写文章为目的的读文献，都是耍流氓。
不管你是要写综述，还是写实验研究类的文章，都是从读文献、积累知识开始的。所以带着一个非常功利的目的去阅读，就更容易明确自己想要什么，手起刀落，一斩一个收获。
要把别人的东西变成自己的东西，需经过阅读笔记和分类整理两个步骤。阅读笔记是消化一篇文章的内容，分类整理则是把读过的N篇文章按自己的理解疏理出一个体系，是量变到质变的飞跃。
做笔记分三个层次，一是信息，二是思考，两者是相依相随的；第三是咱们母语非英语的人，还要适当做点精彩语句的摘抄。当然前两者比较重要，第三看心情。
一篇文章能获取多少信息？
粗略的读过标题、摘要和图表，大概能知道作者研究了什么问题，用什么方法研究，得到了什么结果。用自己的话把这些东西写下来，简短一句就好。
此时可结合自己原有的知识想想，作者的研究方法、实验设计是否合理，能否支持研究结论。尤其是它和自己的课题有什么关系，是结论和观点支持、反对，还是技术上可以借鉴。这些也简单写几句，哪怕随便吐个槽，也是你脑中灵光一闪的记录。
如果选一篇展开阅读，就要对扑面而来的大量细节有所准备。PDF跟传统纸质阅读的区别在于，你可以随意画高光、下划线、写注释。但！千万不要依赖于此，否则不经意就画出满屏的高光，跟不划有什么区别。
大量高光的视觉效果，宁缺勿滥
初读第一遍，可以随意画高光，但读完一个段落仍要注意写总结、分析，写好之后把原来那些高光删掉。除非文本也很重要，像精彩语句摘抄，或者你觉得需要直接引用原文，就可以这样简单标出。
文章中比较有价值的细节信息分两类，一是研究方法，二是论述逻辑。
当你觉得某种方法有必要记下来，要么是初次见面，要么是准备借鉴。于是要记下它的名称，便于检索其他使用同一方法的文献做对比学习；需要用到的材料、设备等资源，评估一下自己有没有条件应用；再归纳描述一下它的实施流程，便于将来具体操作和书写。
对于Discussion中论述逻辑的记录，则是更深入的套路总结。主要留意作者如何阐述实验设计思路，其亮点在哪；如何从结果得出结论；如果遇到某个结果不符合预期，作者又是如何处理，是改变了解读方向还是补了实验；作者下一步打算做什么，或者对本领域有什么展望，如果跟自己的研究内容关系比较大，可以追踪一下，或者成为自己设计课题的突破口。
以写文章为目的进行文献分类整理，其实就是形成写作思路、组织材料的过程。具体可通过文件夹和标签（或关键词）两种方式来实现。
文献管理软件中的文件夹，跟操作系统中的文件夹是不一样的，一篇文献可以同时归属于不同的文件夹。这点也跟写文章时很像，一篇文献可能会在不同的地方引用好几次，正好可以按写文章的思路去组织。再说，文件夹是树形结构，是不是很像文章目录？不要怀疑，根本就是！
所以建立文件夹的时候就要严谨，按照预想的文章结构去组织。如果对将来那篇文章暂时没什么感觉，那就在一篇一篇阅读学习的过程中，慢慢理解这个领域的知识脉络，形成自己的研究思路，根据具体情况及时修改组织结构。
标签就比较灵活，任何你能想到的跟文章相关的词语都可以设一个标签，但这也容易变得散乱。所以关于设置标签，有两个建议：
一是同一篇文章的标签要少而精，更不必跟文件夹的分类体系重复。比如，文件夹疏理了某种技术的发展历史阶段，标签就可归纳其应用方式。这样，该技术的发展阶段和应用方式就可自成体系互不干扰。打开某阶段的文件夹，就可以看到它在本阶段有哪些方面的应用。可以理解为，文件夹是文章的小标题，标签则是小标题下的各个段落。
二是文献库中所有文章的标签要统一化、结构化。某些软件会自动提取关键词生成标签，最好把这个选项关闭，或及时阅读之后自己修改。因为自动提取的关键词有可能在不同的文章里写法是不一样的，比如这篇是“Non-Small-Cell Lung Cancer”，那篇是“NSCLC”，都是一回事，但标签变成两个，太多太乱就没了分类管理的意义。
网页版Zotero中的文件夹和标签示例
最好每策划一篇文章就建一个总文件夹，在总文件夹下附一篇总笔记，按文件夹的结构组织总笔记的目录。每次在各个子文件夹之间移动了一篇文献，或给某文献添加了一个标签，都加以记录，写几句为什么这么做。
渐渐地，你读的文章多了，几篇文章之间的联系也串起来了，之前做过的单篇笔记可以适时贴到这个总笔记里，联系上下文改改语句。到最后，这个总笔记会成为你的论文草稿。
突然间你会发现，本来打算花一两个月的时间埋头写文章，这些时间却已经悄悄分散在你阅读准备的过程里了有木有！这些笔记可以直接形成Introduction部分；Method则结合自己的实验稍做修改；Discussion要根据自己的实验结果来，但你原本也对结果有一定预期，读文献时也已经做过思考了，自己实验和整个研究领域是如何联系起来，把那些笔记串起来，再加几句说明自己的成果对本领域的贡献就差不多了。再多花两三个星期整理一下就写好了啊！
好吧，两件事还是分了1.5口气来做的。
最常用的三款文献管理软件Endnote、Mendeley和Zotero，基本都能满足上述文献分类、做笔记的要求，但是也有细微的区别，可根据自己的具体情况进行选择。
Endnote的搜索功能比较强大，可以搜索PDF附件上的文本和内置的笔记注释，这就意味着你可以针对文章中的某一段、某一句吐个槽，将来想回顾也能很快找到。还能在软件内直接搜索Pubmed、Web of Science等数据库，并查找全文资源。但它没有文件夹，而代之以类似的结构 “Group”和“Group Set”，只能分这两层。
Mendeley可以搜索PDF附件上的文本和外部笔记，而Zotero只能搜索外部笔记。所以用它们做笔记，你会更快地养成脱离原文，写成“总结+个人分析”的好习惯；如果非要针对某一段写点什么，只好把那段贴到外部笔记里来了。
三款软件，只有Endnote能在搜索框中搜到附件内的笔记
后两者差不多，只不过Zotero除了中英文论文，还可提取多种资源的元数据进行分类整理，比如专利、书籍、博客、视频、维基等等。Mendeley好像只善于提取英文学术论文的元数据，但它能针对你库里的文献给你推荐相关文献，扩展阅读。
Zotero还有一个好功能，就是给文献之间加上关联，比如读到几篇内容相似的文章，或有前后继承关系的研究，可以添加关联（就在上图中“笔记”旁边的“关联文献”选项卡），便于疏理本领域的研究脉络。
经过这些年的折腾，我最后选择了Zotero。如果你不像我这样喜欢多种资料花样倒饬，可能Mendeley或Endnote会合适一些。不过学习资源嘛，不止是论文的，视频也很有用，此是后话了。
参考资料：
1.Taking Notes from Research Reading | Writing Advice | University of Toronto
2.PhD students: How do you keep your notes while reading scientific papers?
