我博士生师兄满脑子套路，但不耽误他做梦发10+SCI！看完这清华大学的13.0分T细胞炎症反应的文章，我劝师弟快醒醒……

科研套路是没法和科研的逻辑推理相提并论的，要是和我师弟一样满脑子套路，还想着发10+SCI的美梦，那估计就够呛了！T细胞的反应性，也就是造成炎症反应激活的能力，是与T细胞的静止相对应的，这方面的研究其实看到的并不算太多。今天这篇清华大学和山西医科大学的博士生，发表在13.0分的Cell Discov上的文章，讲的就是这么一个故事。他们分析了一个蛋白引发的内质网Ca2+离子的释放， 调控了T细胞的静止以及反应性（ 值得肯定的是，他们这篇文章完全是通过分析这个TMEM41B蛋白功能的角度出发的，而不是单纯的通过敲减或者过表达该蛋白，这样就相当于把验证的命题中的概念定调成了该蛋白的功能，验证的结果也相对严谨，不清楚概念的内涵和外延的话，可以去看看《科研的推理和逻辑：从实验台到咖啡桌》和《信号通路是什么鬼？》系列 ）。那我们就来看看他们到底都做了点什么吧：

他们首先是通过CRISPR筛库，筛选到了一个与ER（内质网）的Ca2+离子相关的蛋白VMP1，VMP1在ER的Ca2+稳态中有着关键作用（ CRISPR筛库其实就是通过随机的sgRNA片段库，来随机敲除基因，再查看敲除后的细胞表型，不熟悉CRISPR筛库的话，可以去看看《列文虎克读文献》，里面介绍过 ）。由于VMP1和TMEM41B之间有着关联性，于是在这篇文章中，他们就研究的是TMEM41B。通过对TMEM41B的敲减或过表达，他们发现TMEM41B敲除后会导致ER这Ca2+离子的过载，而过表达TMEM41B则会使得ER中的Ca2+离子得到释放：

由于TMEM41B是一种驻留在ER膜上的膜蛋白，他们想要分析一下TMEM41B对于跨膜Ca2+离子运输会有什么样的影响。但ER膜上的Ca2+离子运输其实并不好展示，于是他们就突变了TMEM41B的内质网定位相关的氨基酸残基，通过突变使得TMEM41B可以定位到质膜上，然后分析细胞外Ca2+离子的运输变化。而在过表达TMEM41B突变体后，会展示出TMEM41B介导了Ca2+离子的跨膜转运（ 这个其实就是柯霍氏法则的验证，通过引入某个关键因子，在这里就是在质膜上引入本该定位在ER上的TMEM41B，然后查看Ca2+离子的跨膜转运变化，以此确定TMEM41B的功能，不清楚柯霍氏法则的话，可以去看看《轻松的文献导读》和《科研的推理和逻辑：从实验台到咖啡桌》 ）。

接着，他们使用了平面脂质双层实验，来验证TMEM41B在不同浓度的K+离子以及Ca2+离子中，形成的单通道电流的变化。为了明确TMEM41B在ER上的离子转运，他们突变了TMEM41B在ER腔侧所有带负电荷的天冬氨酸和谷氨酸，导致TMEM41B介导的ER中Ca2+离子释放部分功能丧失（ 通过突变，而不是过表达或者敲减TMEM41B，也就是将命题中概念的外延进行了缩小，这样能有效避免肯定后件造成的逻辑谬误，不清楚概念的外延或者内涵，以及由此造成的肯定后件逻辑谬误的话，可以去看看《科研的推理和逻辑：从实验台到咖啡桌》、《列文虎克读文献》和《信号通路是什么鬼？》系列 ）。与 野生型的TMEM41B相比，TMEM41B的功能突变体的离子通道开放概率显著降低，也就是说TMEM41B在ER腔侧所有带负电荷的氨基酸，对于TMEM41B通道的Ca2+离子的通透性至关重要：

而有意思的是，通过Cre-LoxP系统特异性敲除了T细胞中的TMEM41B，结果发现TMEM41B的敲除，会推动幼稚的T细胞进入代谢激活状态，氧化呼吸增强（ 这里显示的是SeaHorse实验OCR和ECAR结果，也就是氧化率和细胞外酸化率，是分析细胞有氧呼吸和糖酵解的技术，这个具体的技术在《信号通路是什么鬼？》系列中的铜死亡的那几章里也都介绍过，不清楚的话可以去看看 ）。但TMEM41B敲除的幼稚T细胞，在免疫学上并没有被激活。

接着他们分析了TMEM41B引发的Ca2+离子通道活性，对于幼稚T细胞细胞代谢激活而免疫不被激活的潜在机制。他们分析了TMEM41B对于下游相关信号通路的影响，在这里他们分析了促进代谢但无法独立诱导T细胞活化的受体，IL2R和IL7R（ 这里主要是分析了这几个受体下游可能激活的JAK-STAT信号通路、PI3K-AKT信号通路及mTOR信号通路和MAPK信号通路，这些信号通路其实都是比较常见的了不熟悉的话，可以回去翻翻《信号通路是什么鬼？》系列复习下 ）相关通路。通过使用TMEM41B功能突变进行验证，他们发现TMEM41B可以通过Ca2+离子通道活性，抑制初始T细胞中的基础IL2和IL7受体信号传导：

而通过之前的单细胞测序数据的分析，他们发现TCR信号转导的负调节因子CD5，会在TMEM41B缺陷的幼稚T细胞中下调。于是他们就假设CD5可能是潜在的调控TCR、IL2R和IL7R的机制。通过TMEM41B的功能突变体和回复验证，他们确定TMEM41B可能会部分通过CD5抑制T细胞反应性（ 这里其实应该值得肯定的是，他们对于表型的柯霍氏法则验证，都使用了TMEM41B敲除后，表达TMEM41B的功能突变体进行回复实验，这样就有效地避免了肯定后件的逻辑谬误，不清楚的话，可以看看《科研的推理和逻辑》、《列文虎克读文献》和《信号通路是什么鬼？》系列 ）。最后他们进行了体内实验的验证，明确了TMEM41B特异性敲除的T细胞，对感染的反应性增加：

最后就形成了这样的示意图（ 这个是夏老师随便用PPT画的，具体画法在《夏老师带你读文献》里也都介绍过，可以去看看 ），也就是TMEM41B通过将Ca2+离子从ER上释放到胞质中，间接激活CD5，从而抑制TCR、IL2R和IL7R。而TCR、IL2R和IL7R则能通过JAK-STAT信号通路、PI3K-AKT信号通路及mTOR信号通路和MAPK信号通路，促进T细胞代谢，并通过TCR、IL2R和IL7R的组合活化T细胞：

这篇文章讲的内容是挺不错的，特别是通过TMEM41B的功能突变来进行验证，使得这篇文章更为严谨，且有价值。好了，今天就先讲到这里吧，有兴趣的话可以看看原文，祝你们心明眼亮。

（ 本文为夏老师个人观点，仅讨论文章本身，对超出文章以外的内容并不多做评价，如有异意，欢迎在评论区讨论 ）

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