（伪）从零开始学转录组：软件安装

生信技能树的转录组学习开班了, 第一个任务是安装软件, 于是我花了一个下午时间和Linux斗智斗勇。

系统准备

windows10： Unbuntu on windows10. 至于如何win10上开启Linux子系统，百度会有无数教程的。

建议搭配cmder，界面更好看，用的更开心。

但是直接在cmder里启动ubuntu不能使用方向键，需要做一些修改，即在cmder的setting的startup的command line添加

%windir%\system32\bash.exe ~ -cur_console:p:n

软件准备（conda）

1.下载miniconda https://conda.io/miniconda.html Linux Python2.7

cd src
wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh
bash Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh

根据提示，最后会安装到 ~/miniconda2 下。
2.添加bioconda channel, 目前还没有国内源

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/
conda config --add channels bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

3.用conda安装软件sratoolkit,fastqc,hisat2,samtools,htseq-count, 与网络有着密切的关系
查询可供安装的软件, https://bioconda.github.io/recipes.html#recipes

conda create -n biostar sra-tools fastqc hisat2 samtools htseq

拓展： 了解conda的命令

注：conda只有一个问题，就是看网络条件，国内源似乎还在制作中。

R语言和Rstudio就看下面的讲解。

软件准备（麻烦的编译篇）

我的习惯：

• 家目录下创建src文件夹，用于存放软件包

• 家目录下创建biosoft文件夹，用于安装软件

为了提高下载速度，我们需要替换 /etc/apt/source.list 中默认镜像源。方法参考自中国科学技术大学开源镜像站

# 备份
cd /etc/apt/
sudo cp source.list source.list.bk
# 替换
sudo sed -i 's/http/https/g' sources.list
sudo sed -i 's/archive.ubuntu.com/mirrors.ustc.edu.cn/g' sources.list
sudo sed -i 's/security.ubuntu.com/mirrors.ustc.edu.cn/g' sources.list
# 更新
sudo apt-get update
sudo apt-get upgrade

选择合适的镜像站，让你的速度飞起来

sratookit

功能： 下载，操作，验证NCBI SRA中二代测序数据
网址：https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software
步骤：

cd src
wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.8.2-1/sratoolkit.2.8.2-1-ubuntu64.tar.gz
tar -zxvf sratoolkit.2.8.2-1-ubuntu64.tar.gz
mv sratoolkit.2.8.2-1-ubuntu64 ~/biosoft
# 加入环境变量
echo 'PATH=$PATH:~/biosoft/sratoolkit.2.8.2-1-ubuntu64/bin' >> ~/.bashrc
# 测试
prefetch -v
# 尝试下载，默认存放在家目录下的ncbi文件夹中
prefetch -c SRR390728

阅读官方文章进一步了解：

1. 如何开启ascp加速下载

2. vdb-config更改基本设置

fastqc

功能： 可视化展示二代测序数据质量
网站：http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/
步骤：

# 判断系统是否安装java
java -version
# 安装java， 请改成openjdk-9-jdk，下面的是错误演示
sudo apt install  openjdk-9-jre-headless
# 验证
java -version
# openjdk version "9-internal"
# OpenJDK Runtime Environment (build 9-internal+0-2016-04-14-195246.buildd.src)
# OpenJDK 64-Bit Server VM (build 9-internal+0-2016-04-14-195246.buildd.src, mixed mode)
# 安装fastqc
cd src
wget http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.5.zip
unzip fastqc_v0.11.5.zip
mv FastQC/ ~/biosoft/
cd ~/biosoft/FastQC/
chmod 770 fastqc
# 添加环境变量， 我用sed修改
sed -i '/^PATH/s/\(.*\)/\1:~\/biosoft\/FastQC\//' ~/.bashrc
source ~/.bashrc
fastqc -v
# FastQC v0.11.5

拓展：

1. 了解fastqc结果中各个图的含义

2. 掌握如何从fastqc的结果中提取数据

3. 学习sed的用法，http://dongweiming.github.io/sed_and_awk/

samtools

SAM: 存放高通量测序比对结果的标准格式
功能： Reading/writing/editing/indexing/viewing SAM/BAM/CRAM format
网站: http://samtools.sourceforge.net/
安装：

cd src
#  prerequsite
## system requirement
sudo apt install autoconf libz-dev libbz2-dev liblzma-dev libssl-dev

### zlib2
wget http://zlib.net/zlib-1.2.11.tar.gz
tar -zxvf zlib-1.2.11.tar.gz && cd zlib-1.2.11 && make && sudo make install && cd .. && rm -rf zlib-1.2.11

### bzip2
wget http://bzip.org/1.0.6/bzip2-1.0.6.tar.gz
tar -zxvf bzip2-1.0.6.tar.gz && cd bzip2-1.0.6 && make && sudo make install && cd .. && rm -rf  bzip2-1.0.6

### curses
sudo apt-get install libncurses5-dev 

### htslib
git clone https://github.com/samtools/htslib.git
cd htslib
autoreconf

# building samtools
git clone https://github.com/samtools/samtools.git
cd samtools
autoconf -Wno-syntax
./configure 
make && make install prefix=$HOME/biosoft/samtools

## add PATH
sed  '/^PATH/s/\(.*\)/\1:~\/biosoft\/samtools\/bin/' .bashrc -i
source ~/.bashrc
samtools --help

顺便安装bcftools

cd src
git clone https://github.com/samtools/bcftools.git
make && make install prefix=$HOME/biosoft/bcftools
make clean
sed  '/^PATH/s/\(.*\)/\1:~\/biosoft\/bcftools\/bin/' .bashrc -i
source ~/.bashrce
bcftools -h

因为用的是github，所以以后更新就用下面命令

cd htslib; git pull
cd ../bcftools; git pull
make clean
make

吐槽： 编译的时候需要安装好多前置包，真麻烦！

HISAT2

功能： 将测序结果比对到参考基因组上
网站： http://ccb.jhu.edu/software/hisat2/index.shtml
安装：

cd src
wget ftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/infphilo/hisat2/downloads/hisat2-2.1.0-source.zip
unzip hisat2-2.1.0-source.zip
# 编译hisat2
cd hisat2-2.1.0
make
rm -f *.h *.cpp 
cd ../
mv hisat2-2.1.0 ~/biosoft/hisat2
# add to PATH
sed  '/^PATH/s/\(.*\)/\1:~\/biosoft\/hisat2/' ~/.bashrc -i
source ~/.bashrc
# test
hisat2 -h

吐槽： 居然没有make install !!!
拓展：

• HISAT2支持 --sra-acc ,也就是可以集成SRATOOLS的，但是需要安装额外包，可以看文章自己折腾。

HTSeq

功能： 根据比对结果统计基因count

# prerequsites
sudo apt-get install python-pip
pip install --upgrade pip
sudo apt-get install build-essential python2.7-dev python-numpy python-matplotlib
## 验证， 保证无报错
python -V
## python
python
>>> import numpy 
>>> import matplotlib 

## install HTSeq
pip install htseq

## 验证
python
>>> import HTSeq

教程：

1. http://www-huber.embl.de/users/anders/HTSeq/doc/tour.html#tour

推荐：

1. 推荐安装一个ipython，学习ipython如何使用

2. 将软件包安装到当前用户目录下 pip install --user xxx