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康熙初年的政治形势
康熙幼年即位，他所继承的是一个饱经战火、经济凋零、国弱民贫、群雄逐鹿、四分五裂的国家基业。康熙元年（1662年）吴三桂将长年抵抗的南明朝廷追入缅甸，擒获永历帝，并将他处死。南明势力刚刚被消灭，代之而起的吴三桂、尚可喜、耿精忠三藩，又盘踞在云南、贵州、广东、广西、福建，各拥重兵。他们的财政、户部不得核查。吴三桂且可向全国选派官吏，号为“西选”，吏部不得掣肘。军饷开支浩大，“天下财赋，半耗于三藩”（魏源《圣武记·康熙戡定三藩记》）。东南海岛台湾被郑经占据，郑氏本以恢复明室为号召，但自从永历帝和郑成功死后，失去了号召力和政治领导，郑氏集团内叔侄兄弟失和，内讧不息，已蜕变成失去政治目标的海上武装。东北则有俄罗斯人入侵，在黑龙江上设立许多军事据点，屠杀和掠夺当地人民。西北则有噶尔丹崛起，以伊犁为巢穴，其军锋和影响远及于内外蒙古、南部新疆、西藏、青海以及中亚细亚，势力强盛，窥伺中原，成为清朝的严重威胁。离北京不远，又有察哈尔蒙古布尔尼之心存反侧，蠢蠢欲动。中原地区，还有反清复明思想的明朝遗民亦在积蓄力量，俟机待发。整个中国大地上布满了大堆干柴，一个火星的迸溅，就会燃烧起燎原大火，清王朝危机四伏，统治极不稳固。
康熙逐渐成年，首先擒拿鳌拜，夺取权力，消除了朝廷内部的隐忧，随即集中力量对付南方三藩，决心割掉这一恶性肿瘤。经过八年苦战，平定了吴三桂等三藩叛乱，趁着告捷余威，又把注意力转向台湾。康熙统一台湾是战争与谈判交替使用的复杂过程，是力量、智慧与争取人心的长期斗争。
与台湾又战又谈
清朝与台湾郑氏政权，两岸对峙20年，有时战争，有时谈判，打打谈谈，一直呈胶着状态。
1662年（康熙元年）郑成功收复台湾，驱逐荷兰侵略者，不久即病逝，内部发生争讧。清朝乘机派使者，企图说服郑成功之子郑经归降清朝。郑经为了减轻压力，与清朝谈判，交出南明皇帝赐给的敕书，印玺。清朝要求台湾人众迁回内地，剃发易服，郑经不允，谈判未成。康熙二年，清朝出兵攻打郑氏据守在大陆上的最后一个据点厦门，郑经战败，退出厦门，逃奔台湾。清朝乘胜派舟师出征台湾，在海上突遇台风，船只沉没，无功而返。
当时两岸虽武装对峙，但又都有一定的和平愿望。清王朝三藩未除，经济不稳，无力用兵海上。而台湾郑氏，土地初辟，人口甚少，生产落后，经济困难，急需大陆的粮食和物资供应。且郑部大多是福建人，离家日久，思恋乡土，私下渡海来归者络绎不绝。康熙六年，清廷派总兵孔元章，赴台湾议抚，答应郑经如归顺，可封“八闽王”，郑经犹豫不决，后以“和议之策不可久，先王之志不可坠”（《海纪辑要》），拒绝清朝的招抚。康熙亲政后，刑部尚书明珠奉旨入福建，主持和议，派知府慕天颜入台，宣示招抚之意。清廷做了重大让步，允许郑氏封藩，世守台湾。郑经则提出：“苟能照朝鲜事例，不削发，称臣纳贡，尊事大之意，则可矣”（江日升《台湾外记》）。康熙答复：“若郑经留恋台湾，不思抛弃，亦可任从其便。至于比朝鲜不剃发，愿进贡投诚之说，不便允从。朝鲜系从未所有之外国，郑经乃中国之人”（《明清史料丁编》第三本）。康熙不愿台湾成为独立于中国之外的国家，故谈判破裂。
此后发生三藩之乱，中原战火弥漫。郑经乘机与吴三桂、耿精忠勾结，发兵攻福建、广东，与清军作战，占领厦门与漳州、泉州、潮州、惠州各地。转战数年，吴三桂失败，郑经孤军难支，又退回台湾。清朝再一次争取谈判，福建总督姚启圣派副将黄朝用赴台。郑经要求“请照琉球、高丽外国之例，称臣奉贡，奉朝廷正朔，受朝廷封爵”，而康熙坚决不同意台湾比照琉球、高丽之例，认为：“台湾人皆闽人，不得与琉球、高丽比”（《清圣祖实录》卷一百零九）。双方各持自己的立场，谈判又无结果。
决策选将
不久，郑经病逝，其子郑克继立。清廷讨论如何解决台湾问题，反对武力攻取台湾的人很多。康熙二十一年“户科给事中孙蕙条陈，台湾进兵宜缓”。“（二十一年）七月，彗星见，井宿度，尾长二尺余”。令百官言事，“尚书梁清标奏，今天下太平，凡事不宜开端，当以安静为主。左都御史徐元文奏请暂停台湾进剿。”（《清圣祖实录》卷一百零三）。康熙排除了众多反对意见，调走了认为“台湾难攻且不必攻”（《圣祖御制文集》三集卷二）的水师提督万正色与福建将军喇哈达。决定采取“剿抚并用”的方针，“宜乘机规定澎湖台湾……将绿旗舟师分领前进，务期剿抚并用，底定海疆”（《清圣祖实录》卷九十一）。
台湾地处大海中，波涛万顷，作战需赖水师，满族将士娴习马步，而不习水战，必需另选将帅，训练士卒。李光地、姚启圣推荐施琅可当此重任。
施琅，福建晋江人，有勇略。早年为郑芝龙部下，后随芝龙降清。郑成功将其父子兄侄一门杀害，结下深仇。施琅在福建与郑氏作战多年，了解台湾情况，熟悉水师机宜及海上风涛之变幻。他一贯主张攻取台湾，但因曾是郑氏部属、清廷并不信任他，把他安置在北京居住，投闲十三年。
康熙决定起用施琅，授福建水师提督。此时，郑氏窜犯福建、广东的军队已被福建总督姚启圣逐出。姚亦主张攻取台湾，说“台湾断须次第攻取，永使海波不扬”（姚启圣：《忧畏轩奏议》），并已训练了一支骁勇善战的水师。但作战方略上，姚启圣与施琅意见分歧，致出师日期一再推迟。施琅请求康熙给予“专征”之权。督抚只管后勤供应“摧趱粮饷”，指挥作战全部由自己负责。康熙同意施琅的请求。姚启圣此后无权过问作战事宜。但他以大局为重、和衷共济，全力支援前线，保证了施琅出征的粮食和物资供应。
战斗与善后
康熙二十二年六月十四日（1683年7月8日）施琅率兵二万余人，乘战船二百余艘出征。郑克则派勇敢善战的刘国轩守澎湖，所率兵将战船与施琅相当。“缘岸筑短墙，置腰铳，环二十余里为壁垒”（《清史稿卷二百六十·施琅传》），两军展开激战，历时七昼夜。施琅右眼负伤，游击兰理中炮“腹破肠流出，为掬而纳诸腹，持匹练缚其创。理呼杀贼，麾兵进”（《清史稿》卷二百六十一·兰理传）。五年以后，康熙见兰理，极嘉奖他作战英勇，“问澎湖战状，命解衣视其创，慰劳甚至”。总兵朱天贵“以十二舟薄敌垒，焚其舟，杀伤甚众，战益力。俄中飞炮，仆舟中，犹大呼杀贼，遂卒”（《清史稿》卷二百六十·朱天贵传）。澎湖大战，郑军大败。清军击沉敌船159艘，郑军死伤12000人，浮尸遍海，刘国轩仅率31艘船逃回台湾。
澎湖战败，郑克等极为恐慌。施琅进行政治争取工作，对被俘的台湾兵将，优礼相待，赏给银米。800名伤残者医治之后，释放回台，令他们宣示招抚之意，台湾民众“莫不解体归心，唯恐王师之不早来”（阮锡《海上见闻录》）。郑氏已无抵抗能力，于7月27日向清军奉表纳降，呈交延平王金印和户口土地册籍。康熙接受投降，优待郑氏，称：“尔等从前抗违之罪，全行赦免。仍从优叙录。加恩安插、务令得所。煌煌谕旨，炳如日星，朕不食言”（《清圣祖实录》卷一百一十一）。封郑克公爵，封刘国轩侯爵，“降众四万余，或入伍，或归农。”郑氏人众俱得妥善安置，台湾遂告统一。
施琅因平台湾功，封靖海侯。他与郑氏有杀戮父子兄侄的大仇，有人认为：施琅战胜必定会进行报复。但施琅未妄杀郑氏一人，他说：“绝岛新附，一有诛戮，恐人情反侧。吾所以衔恤茹痛者，为国事重，不敢顾私也”（《清史稿卷二百六十·施琅传》）。
收复台湾后，又发生弃留之争。有人认为：台湾“孤悬海外，易薮贼，欲弃之”；也有人说：“海外泥丸，不足为中国加广，裸体文身之番，不足与共守，日费天府金钱于无益，不若徙其人而空其地”（《台湾历史纲要》135页）。施琅反对放弃台湾的主张。他认为：台湾是江浙闽粤四省之屏蔽，倘若放弃台湾，必为红毛（指荷兰）复占，“乃种祸后来，沿海诸省，断难晏然无虞”。“弃之必酿成大祸，留之诚永固边圉”（施琅《恭陈台湾弃留疏》）。康熙赞同施琅的意见说：“台湾弃取，所关甚大。弃而不守，尤为不可”（《康熙起居注》二十三年正月二十一日）。
康熙二十三年，清廷始设台湾府与台湾、凤山、诸罗三县，隶属福建省，在台澎分别驻兵1万人，设官治理、筑城戍守，台湾宝岛得以统一于清朝政府之下。
