最近实验室来了一个实习生,X湿兄给她安排了一个慢病毒过表达载体构建实验。
今早她跟我说,昨晚做的大肠杆菌扩增质粒的培养液,到今天早上还异常清亮,我问她培养液加的什么抗生素?她说硫酸卡那霉素(Kanamycin Monosulfate),我让她看了一下以前的一篇文章《开启写轮眼看穿质粒的神秘图谱》。
她恍然大悟。初入实验室的小白,大部分不知道抗生素的用法和作用原理,今天X湿兄给介绍一下。
第一个被发现的自然是鼎鼎大名的青霉素了,二战时期救了无数条生命。
现代实验室研究的细胞多以原核细胞、真核细胞为主,为了独立研究某类细胞,需要抑制其他类型细胞的增殖,例如养293T时加青霉素/链霉素,抑制潜在的原核细菌增殖,但又不影响293T的功能。
真菌分泌,抑制细菌
那抗生素是什么机制呢?这个不得不首先了解一下细胞的生命活动本质,一个细菌或者细胞想要存活,需要以下条件正常进行:
DNA复制:在DNA聚合酶作用下,DNA自身得到复制,有丝分裂时每个细胞一套DNA;
转录、RNA形成过程:在RNA聚合酶催化下,以DNA模板链合成RNA的过程,产生mRNA;
翻译、蛋白合成过程:mRNA在核糖体中作为模板,tRNA运输氨基酸,合成多肽或者蛋白质;
细胞膜完整性:细胞膜是防止细胞外物质自由进入细胞的屏障,它保证了细胞内环境的相对稳定,使各种生化反应能够有序运行。
细胞壁完整性:原核单细胞生物需要有细胞壁,细胞壁(cell wall) 位于菌细胞的最外层,包绕在细胞膜的周围,保持细胞正常形态不受机械力、渗透压失衡造成的细胞膜破裂。
破坏其中任何一个环节,细胞就死定了!死的透透的!
(1)抑制RNA的转录和DNA复制:抑制核酸的功能阻止了细胞分裂和/或所需酶的合成,抗生素有博来霉素(Zeocin)、利福平(Rifampin)等
(2)干扰蛋白质的合成:干扰蛋白质的合成中核糖体的正常组装,例如竞争结合大小亚基,抗生素包括四环素类、链霉素、氯霉素(为了增加质粒产量使用)、新霉素、庆大霉素、卡那霉素、嘌呤霉素(puromycin)。
抑制真核细胞蛋白质合成的有遗传霉素(G418)
(3)破坏细胞膜结构:一些抗菌素与细胞的细胞膜相互作用而影响膜的渗透性,这对细胞具有致命的作用。以这种方式作用的抗生素有多粘菌素(polymyxin)和短杆菌素。
(4)抑制细菌细胞壁的合成:抑制细胞壁的合成会导致细菌细胞破裂死亡,抗生素特征是β-内酰胺类抗生素,有氨苄青霉素、卡唑霉素,哺乳动物的细胞例如293T、CHO等没有细胞壁,不受这些药物的影响。
因为原核细胞和真核细胞的某些分子合成特性不同造成,以蛋白质合成过程为例。
原核细胞,其核糖体为70S,由30S和50S亚基组成。真核细胞,核糖体为80S,由40S与60S亚基构成。四环素、链霉素主要与细菌核糖体30S亚单位结合,抑制细菌蛋白质的合成。
氯霉素、红霉素、青霉素、卡那霉素只能特异性地作用于原核生物核糖体。
白喉毒素、放线菌酮只作用于真核生物核糖体;
潮霉素、嘌呤霉素(与tRNA分子末端类似的结构)、蓖麻毒素既能抑制原核生物核糖体,也能抑制真核生物核糖体
很多质粒上都有诸如AmpR、PuroR、KanR、TetR等,这些叫做抗性基因(resistant gene)。
有些童鞋会问,当我扩增质粒、包装质粒时,为何要往培养基里面加抗生素?质粒为何要有抗性基因?
因为质粒对于细胞来讲不是必需元件,甚至可以说是负担,在无抗生素的培养基中不断增殖,质粒慢慢被淘汰,只有培养基里面加入抗生素,抗性基因赋予宿主菌分解抗生素的能力,细胞才会保留该质粒。
这就好比在和平年代,武器不被需要,但是上战场就得拔枪射杀敌人保护自己的道理一样,这质粒就相当于是机枪,给予细胞在抗生素环境中存活下来的条件。这样咱们研究的功能基因才能够在每个细胞中存在。
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