此外，目前中国村镇银行的业绩状况分化愈加严重，在营业收入、利润率、不良率等方面，不同的村镇银行可谓天差地别。
在《报告》此次调研的116家村镇银行当中，2016年净利润均值为2266.9万元，比上年增长3.8%，但资本利润率仅为11.4%，低于商业银行、农村商业银行、农村合作银行和农村信用社。其中，资本利润率在0-20%之间的村镇银行数量最多，占比近80%；资本利润率为负的银行数量占比为7.8%，比上年下降了1.7％；资本利润率超过20％的占比为12.9%，比上年下降6.1%，业绩分化明显。
就整个行业而言，有据可查的是，2015年全国有254家村镇银行经营亏损，亏损面接近20%，其中31家机构净亏损在1000万元以上，开业三年以上的110家机构净亏损合计达到8.5亿元。
因为前景异同，所以有进有退。记者根据公开信息统计发现，2017年3月国开行公开“出售”的15家控股、参股村镇银行中，至2016年上半年，其中8家村镇银行亏损，亏损总额近3亿元。其中亏损额最大的是湖北宜城国开村镇银行，亏损额达7061万元，其次是达拉特国开村镇银行，亏损额达5009万元。
与业绩分化相伴的是资产质量的下行。《报告》中显示，截至2016年末，调研的116家村镇银行不良贷款率均值为1.3%，比上年增长了0.3个百分点，不良率整体呈现上升趋势。21世纪经济报道记者还从诸多村镇银行从业者中了解到，不良率在10%以上的村镇银行数量亦不鲜见。
“不良率高的村镇银行，多数是放弃了小微分散理念的，贷款集中度高。但随着中国经济进入新常态，村镇银行的主要客户——中小民营企业首先受到冲击，导致小部分村镇银行不良率变高。”中国社科院农村金融研究室主任孙同全表示，“但真正坚持三农小微的村镇银行，情况都还不错。”
以四川省新津珠江村镇银行为例，从2011年设立之初到2014年，在经济下行的大背景下，该行不良贷款率一度高达13.98%，连续亏损达2000多万元。此后，该行在加强清收的同时，暂停了连保贷款、个人大额担保贷款、严控大额贷款风险，目前不良贷款率下降到2.76%，预计到年末可以控制在1%以内，2017年前8个月净利润2300多万，监管评级初评取得了3A。
“遭遇困境的原因除了经济环境不好、发起行派出高管对当地不熟悉外，也是当时银行没有坚持村镇银行支农支小的理念，急功近利希望做大业务。一是和民营担保公司合作放了1个多亿的无抵押贷款，并在客户筛选上倾向大客户，但这部分客户很多没有还上全部钱；二是内部机制建设照搬照抄发起行，但制度建设和人才储备都不健全。”新津珠江村镇银行董事长王虹告诉记者。
“外派的高管不了解当地情况、经营违反小微理念、人才和制度准备不足，也是多数村镇银行经营不善的原因。”王虹表示，“此后我们银行在吸引客户、专注支农支小、建设内部规制和培训人才上都下了大功夫。截至2016年末，新津珠江村镇银行农户和小微企业贷款余额68291万元，占全部贷款总额的96.02%，户均贷款从130多万降到现在只有55万。”
另一方面，不少村镇银行仍然存在违规经营的状况，据21世纪经济报道记者根据银监会相关网站公告的不完全统计，2017年1月至8月，监管部门给村镇银行一共开出了167张罚单，涉及村镇银行82家，占罚单总数的10%左右，罚没金额超过3000万元。
在村镇银行收到的罚单中，原因涉及信贷违规、票据违规、同业违规、公司治理违规原因等。其中，又属“偏离主业、违规放贷”和“票据违规办理业务”占比最高。
“有些村镇银行的票据在金融市场上转了好几圈，从几个亿转到十几个亿，这样经营能没有风险吗？村镇银行在支农支小的主题做好防控风险，一是要健全内部制度；二是培育好管理团队和经验人员；三是专注县域立足小微。这样只要不发生重大的判断失误，村镇银行经营是没什么问题的。”银监会原副主席蔡鄂生表示。
