解螺旋公众号曾推送了一篇《细胞、动物实验这么少!此文凭什么发表在Cell子刊上?》,文中谈到每次新技术的出现都会带来一大波基于新技术的高分文章,这样的高分文章多了,数据就逐渐积累起来了,于是新的需求也就逐渐产生了——有没有一个把目前已知的研究数据整理一下,方便大家查找利用,最大化数据的价值。
今天介绍的数据库也是近来出现的热点——单细胞测序,之前推送的scTPA主要是提供注释和功能富集。今天的数据库则囊括了目前已发表的22种疾病的单细胞测序研究,直接可以用!数据库名字叫:SC2diseases,是由西北工业大学计算机学院的彭佳杰教授课题组开发建立,于2020年10月3号发表在国际著名杂志《Nucleic Acids Research》(IF=11.501)。
数据库网址:http://easybioai.com/sc2disease/
下面就由本工给大家介绍这个超棒的数据库。
进入主页后可以看到主页长这样,在红色框的“Diseases”里可以清楚的找到自己感兴趣的疾病是不是有数据了。肿瘤和非肿瘤疾病都有数据哦!共22种疾病!!
在Browse模块里,大家可以根据自己所研究的疾病在Diseases或者CellType里找找相应的栏目,点击“+”键即可展开栏目。
本工选择点开Diseases下的Liver cancer,右边的栏目里就显示了结果。点击红色箭头指示的按钮,就可以直接下载所有结果,然后自己慢慢找。点击红色框框里的双向箭头则可以根据该条目进行排序。点击Gene这列里的基因(红色框框柱的蓝色字体基因名)可跳转到NCBI网站,查看基因信息。Variable Name这列里则包含不同的类型,有logFC,也有mean,表示他们差异分析的结果单位。
点击Detail则可以展示该基因和研究的相关信息
在Search模块,用户可以在左边的搜索框里输入对应的信息来检索自己的结果。从本工自己试的这个例子来看,不同的检索条件之间的关系应该是“或”,看来网站还是有些值得优化的地方呀。
在Analysis模块,用户可以根据Disease和Gene进行分析,找找自己感兴趣的基因在疾病的单细胞数据中的差异表达情况
这部分研究人员还将单细胞数据和GWAS数据结合起来,展示了GWAS数据中结果显著的基因在单细胞中的log2FC和GWAS中的Pvalue。用户可通过点击“Select disease”的下拉选项来选择疾病,点击Visualize可以查看如下图所示的结果。
点击Display,则可展示一个表格,表格里有GWAS结果显著的基因以及在疾病的不同细胞里的信息。
在Download模块,大家可以下载该网站的所有结果数据!有木有感到惊喜!!!
这个数据库就介绍到这里了,本工也还是要吐槽一下这个数据的一些功能,例如搜索时多选项之间的逻辑关系,然后每列还缺少一些小搜索框提高检索效率。还可以添加一些单细胞的分析图,例如基因在不同类型细胞中的表达热图。另外要是能提供标准的表达矩阵,那就更好了!
鉴于这个数据库目前还只是1.0版本,我们还是可以再多给他们一些时间来优化数据库的功能。当然,更重要的是数据库能对大家有用,能帮大家更好的解决科研中的困难,发好文章!