不懂R，怎么分析GEO的数据（1）？

GEO（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/）是个非常强大的数据库，收录的信息包括了各个疾病、各个实验条件下的数据，既有mRNA表达、蛋白表达、非编码RNA表达的结果，又有SNP、DNA甲基化的结果：

实验方法也有很多，下面我们就简单介绍GEO自带的工具GEO2R：

GEO2R：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gds

我们以GSE85841为例说明：

在页面的下方有GEO2R选项：

单击后在弹出的界面里可以选择分组和样本，首先输入normal，然后输入肺癌LC，并选择样本：

选好后在最下面既可以选择top250，又可以选择所有基因：

我们选择Save all results，我们可以看到结果：

在excel里面展示即可：

这里我们看到的就是差异表达的结果了，不过需要进一步把GB_ACC转换为基因名，方法见：从转录本或者探针名到基因名的转换方法

另外，我们还可以直接看GEO数据中自带的结果，比如:

这个研究非小细胞肺癌顺铂耐药的结果在右侧会显示热图，我们可以直接单击题目进入：

这里我们看到平台号，右侧我们可以直接单击热图：

选择部分结果展示：

也可以直接搜索基因名，查看基因表达：

在打开的界面里面显示结果：

单击红框后我们看到ABCA1在顺铂耐药的细胞中高表达：

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