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作者：小杜
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如何发现一种新的病毒呢？对于这个问题我首先想到的是SARS发现的过程，方法值得借鉴，通过纯化获得电镜下的形态，转念又想到：要是纯化不出来，或者是纯化出来在电镜下看不出个种属特有的形态呢？
纠结了好久，我决定从文献中去寻找新的思路，果然有收获，分享给大家。下面就以一篇文章为例，说一说这个发现新病毒的思路。
文章题目是：
Characterization of Fitzroy River Virus and Serologic Evidence of Human and Animal Infection
这篇文章于2017年8月发表在Emerg Infect Dis.上，影响因子8.2。
乍一看，文章讲的就是个Fitzroy River Virus的特征描述以及它在人和动物中传播感染的血清学证据，其实个人觉得这样的表述与发现一种新的病毒效果相差还是挺远的。那么作者又是用了什么方法呢？
本文采用的方法是：首先在2010年至2015，在澳大利亚金伯利地区夏季潮湿季节结束（3月至4月）采集了成年蚊子，将这些蚊子根据种属不同分开或者合并以便分析。然后将病毒进行分离鉴定，分别用到了在C6/36、VERO等细胞上的连续传代，并用ELISA做了单抗检测，借助黄病毒的逆转录体系，扩增出黄病毒特有的非结构蛋白NS5片段。
当然，接下来少不了做一个全基因组测序（PS:虽然全基因组测序确实得花钱，但确实又是发现新病毒必不可少的步骤），全基因测序一出来，紧接着进行进化重组分析。之后做的工作是病毒的体外生长动力学，具体就是说看看病毒在蚊子细胞、哺乳动物细胞、禽类细胞上是否能够复制感染。
除了体外实验，还有小鼠颅内注射和腹腔注射，看是否有明显地感染和发病症状。同时，血清学的检测也在人群和牲畜上进行，旨在发现是否已有该病毒在环境中的流行。
这么一看文章方法还是挺简单的，但这样的方法做出的结果对于说发现一个新病毒到底可信不可信呢？
结果显示，在病毒感染细胞实验中，最为明显的病变现象是在PSEK和BSR细胞上。ELISA实验显示分离出的病毒能够与黄病毒的单克隆抗体特异性结合。对NS5–3′UTR序列的初步分析显示，与黄病毒密切相关，尤其在NS5–3′UTR菌株之间的同源性为98.9%（FRV 100%）。
全基因组测序显示该分离出的病毒与黄病毒科的 SEPV和 WESSV相似，除了能够在体外细胞水平上进行病毒的复制，用该病毒腹腔接种和颅内注射断奶的小鼠，均能观察到感染的临床症状。同时，在澳大利亚北部地区的马（12.6%）、牛（6.6%）和鸡（0.5%）中能够检测到特异性中和抗体，在西澳大利亚北部的一部分人（0.8%）中也检测到了特异性中和抗体。结果中比较典型的图表就是这些：
看完全文，我发现作者在分析这个分离出来的病毒的时候已经潜意识地就认定这是一种没有发现过的病毒，虽说讨论分析还是有点牵强，但是又不失为一种发现新病毒的套路。
这个套路总结如下：
首先，找到样本。可以是从一些载体上获得（比如蚊子，蝙蝠等），也可以是直接从特殊患者（检测未得到结果的病人）采集血清获得。
其次，重要的测序，有血清的直接进行全基因组测序（由于血清所包含的信息更加全面丰富，故不建议将血清在细胞上进行分离得到病毒）。
在全基因组的分析过程中，同时进行病毒在体外细胞水平和体内动物水平上的感染效果评价，最终在流行或爆发地做该病毒在动物和人类中的血清学调查。
其实，在这个过程中，个人觉得也可以进行病毒的纯化，观察电镜结构，虽然这个方式已经是很比较老的了，但是也不失为一种比较经典的途径。
路漫漫其修远兮，路还长，发现这种新病毒也不是短时间能做出来的，但思路多一点总是没有坏处，共勉。
