2024多组学生信这么发！海军军医大学团队“肠道微生物+多组学分析”双剑合璧强的没边！想冲高分赶紧码住！

生信图书馆 · 公众号 · · 2024-06-17 19:00

正文

嘿嘿！连日的阴雨绵绵后，今天的天气终于放晴咯！适合给大家分享“新鲜”的生信思路！馆长今日分享的主题是：多组学分析！多组学分析目前备受研究人员喜爱！因为其可以从多个角度对疾病的机制进行探究！其冲击高分的潜力巨大！而馆长就找到这么一篇多组学生信！

来自海军医科大学的方以群教授团队，通过“ 抑郁症+肠道微生物分析+血液/尿液代谢组学分析 ”的思路，成功拿下6.6分《 Journal of Affective Disorders》！那么这篇文章的亮点都有哪些呢？馆长这就给大家揭晓！（多组学高分生信好帮手！专业生信服务器劲爆来袭！【压箱底】16T存储独享服务器，拼团价来袭！）

首先，文章的核心亮点便是作者团队的选题！肠道微生物群被认为是调节宿主健康的关键因素之一。除此之外，肠道微生物群失调与许多疾病有关！因此，同学们可以将该方向作为自己的选题！可以使审稿人眼前一亮！

其次，作者团队在文中应用的多组学分析！作者团队在文中主要涉及血液代谢组学、尿液代谢组学的特征性分析，是文章冲击6分+的重要原因！（ps：方案设计有困难？馆长这里的各种生信分析应有尽有，可以帮助您提高分析广度和深度！随时扫码联系馆长，为您解决烦恼！）

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l 题目：基于多组学分析的重度抑郁症患者肠道菌群及代谢表型特征

l 杂志：Journal of Affective Disorders

l 影响因子：6.6

l 发表时间：2024年6月

公众号回复“原文”二字可以领取本文献，文献编号240617

研究背景

抑郁症是一种常见的慢性复发性精神疾病,主要症状包括缺乏兴趣、白天症状反复、强烈的自责感等,还伴有食欲下降、疲劳、失眠和注意力下降等身体症状。抑郁症的发病机制尚不清楚，以往研究发现与垂体肾上腺轴失调、炎症反应增强、神经递质异常等相关。但这些发现无法全面解释抑郁症的发病过程。此外,目前临床诊断抑郁症主要依靠医生对症状的主观评估，缺乏客观生物标志物。因此,亟需从整体代谢水平和肠道微生态角度揭示抑郁症的发病机制，同时寻找客观可靠的诊断生物标志物。

数据来源

数据类型	样本数量	检测方法
血清代谢组	MDD患者 57例, 健康对照 57例	UPLC-Q/TOF-MS
尿液代谢组	MDD患者 57例, 健康对照 57例	UPLC-Q/TOF-MS
肠道菌群	MDD患者 57例, 健康对照 57例	16S rDNA高通量测序

研究思路

主要结果

1、血清代谢谱显示 MDD 患者与健康对照之间存在明显差异

为了最大限度地提高两组之间的差异，作者使用OPLS-DA方法对两组的血清样本进行模式识别分析。MDD患者与正常对照组的血清代谢谱在OPLS-DA评分图上呈现显著差异分布趋势（图1A、B），表明MDD组与对照组的血清代谢表型存在显著差异。

图1 与健康对照组相比，MDD 患者血清中的代谢物发生了改变

2、尿液代谢分析显示 MDD 患者与健康对照之间存在明显差异

在作者的研究中，负离子模式用于质谱数据采集，因为在这种模式下尿液样本中出现更多的离子峰。与血清代谢分析类似，作者对MDD和健康受试者的尿液代谢进行了模式识别分别分析。OPLS-DA分析结果显示，两组尿液样本可以完全分离（图2A），表明MDD组和CON组的尿液代谢表型存在显著差异。

图2 与健康对照组相比，MDD 患者尿液中的代谢物发生了变化

3、MDD的肠道菌群变化

接下来，作者探讨了两组在门和属水平上的肠道微生物群的组成。在门水平上，抑郁和健康个体的粪便肠道菌群属于六个主要门，即厚壁菌门、拟杆菌门、变形菌门、放线菌门、疣菌门和梭杆菌门（图4A-B）。与CON组相比，抑郁症患者粪便中放线菌和螺旋体的相对丰度显著增加，而浮游菌的相对丰度显著降低（图4C）。此外，在MDD患者中，厚壁菌门与拟杆菌门的相对丰度比显着增加（图4 D）。

图3 与健康对照组相比，MDD 患者的肠道微生物群紊乱

4、血清/尿液代谢组与肠道菌群的相关性分析

基于上述数据，作者对血清和尿液中差异代谢物与肠道菌群差异在属水平上进行了Spearman相关性分析，以研究肠道菌群结构变化对代谢表型的可能影响。如图5所示，双歧杆菌、链球菌属、肠球菌属、Adlercreutzia属、Turicibacter属、Megasphaera属、Tyzzerella_3属、Granulicatella属、消化链球菌属、Lachnoanaerobaculum属、Candidatus_Saccharimonas杆菌属、Leptonema属和Psychrobacter属在MDD样品中具有显著较高的相对丰度，与血清中一些显著上调的差异代谢物呈正相关。

图4 肠道菌群与血清中MDD相关差异代谢物浓度的关系

文章小结

作者团队使用UPLC-Q/TOF-MS技术对临床MDD患者和健康受试者的血清和尿液进行了代谢组学研究，并分别获得了血清和尿液的代谢图谱。接下来，作者筛选了内源性差异血清和尿液代谢物，并深入研究了与抑郁症发病机制相关的代谢途径。馆长认为，本文适合有一定实验基础的生信er们学习借鉴！同学们不要错过多组学发文的窗口！可以大胆借鉴本文的尿液、血清代谢组学的分析思路！而在生信选题、生信实验设计上遇到困难的同学更可以扫码联系馆长！无论是研究方向的确定、实验设计的优化，还是生物信息学的深入分析，我们都准备好助你一臂之力~

注：本文原创表明为原创编译，非声张版权，侵删！

馆长有话说

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