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机构的品牌信息
小张聊科研
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2.
主讲教师
华老师,
985本硕博,遗传学博士。有五年多的生物信息学分析经验,参与过多项研究课题,包括ceRNA测序数据分析、全基因组关联分析、遗传群体重测序QTL定位、TCGA/GEO等数据库挖掘、基因家族进化分析等,发表过多篇数据挖掘SCI文章,在数据挖掘发文思路方面有自己的心得。
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课程介绍
目前大部分的数据挖掘文章,所用到的数据来自于GEO或者TCGA。相比于只有肿瘤数据的TCGA来说,
GEO包罗万象
,不仅肿瘤的,还有其他疾病的数据;不仅有组织样本,还有细胞系;不仅有人的,还有其他各种动物、植物、微生物数据。所以
学数据挖掘发文,GEO数据库永远是首先要迈过的坎
。
本课程系统地讲解如何利用GEO数据库进行生信分析,涵盖课题设计、数据整合和分析方法多个方面,课程内容丰富包括:GEO数据的检索、上传及下载,筛选差异基因,火山图/热图/circos图等绘制,GSEA分析,Meta分析等。期间会跟大家介绍基本概念和详细实操代码,从头复现3到5分的GEO SCI文章,为您的科研工作助力。
4.
课程内容
本系列课程每周一至少更新两节课,以下列出的内容都会涉及到,
具体课程内容如下
一、GEO数据库基本简介(共3课时)
1. GEO数据库简介及检索
2. GEO数据下载
3. GEO数据上传
二、GEO文章设计思路(约3课时)
1. IF一到三分GEO文章解析
2. IF三到五分综合文章套路
3. 总结—近三年GEO文章要点及未来趋势
三、GEO数据挖掘实操(以R语言编程为主,约20课时)
以五分GEO文章为例复现其中的GEO分析(芯片数据)
1. 文章解析
2. 差异表达分析
(包括count数据的处理和fpkm类数据的处理)
3. 作图:箱线图、韦恩图、火山图、热图、Circle图
4. 差异基因功能、通路富集分析,包括GO分析及作图、KEGG分析及作图
5. PPI互作网络构建
6. GSEA分析
四、Meta在线分析(约8课时)
1. Meta分析简介及示例文章讲解
2. 复现一篇IF五分Meta文章:
Network Analyst-Meta分析、差异基因富集分析、互作网络构建
3. ImaGO-meta分析工具
数据库使用、代码详解
购买链接
本课程需要使用R语言,如果没有R语言基础的,可以购买
R语言基础与作图
课程学习 ,链接为
已报名学员加入讨论群,请联系猫头鹰班长
Q&A
1、本系列课程是否适合我?
本课程为基础课程,零基础也可轻松学习。
2、本系列课的有效期多长?是否可以重复观看?在哪儿观看?是否可以下载?
本系列课购买后可以无限制重复观看,但不可下载。观看有效期至2025年3月。
观看方式如下:
通过购买课程的微信或QQ登录腾讯课堂
,在我的课程里即可找到报名的课程。另外也可以通过手机下载“腾讯课堂”APP,使用购买课程的微信或QQ登录即可。
注:由于是电脑演示,所以通过电脑浏览器观看效果更佳。
3、购买本系列课程后是否可以开票?
购买本系列课程后,请联系夏洛特(微信:
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)获取发票,添加好友请表明“
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