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R软件如何安装及升级

生信百科  · 公众号  · 医学  · 2017-06-25 11:54

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以前我们了解了windows系统R软件的安装与包的安装,今天我们来学习一下R软件如何在linux系统下安装。


linux 安装 R(没有root权限)


wget http://ftp.ctex.org/mirrors/CRAN/src/base/R-2/R-3.0.2.tar.gz .tar -zxvf R-3.0.2.tar.gz
cd ./R-3.0.2
./configure --prefix=/your_path/R-3.0.2 --enable-R-shlib
make
make install
vi ~/.bash_profile

添加R_HOME和R_LIBS变量,并修改PATH.


哪能总这么一帆风顺,总会有风雨是吧!



来,看一下经常出现的错误信息及解决方案:



  1. 提示错误信息为“configure: error: No F77 compiler found”,执行命令yum install gcc-gfortran解决。

  2. 再次执行./configure,报错:“configure: error: —with-readline=yes (default) and headers/libs are not available”,

  3. 执行命令./configure —with-readline=no,继续报错:“configure: error: –with-x=yes (default) and X11 headers/libs are not available”。

  4. 尝试执行命令./configure —with-readline=no —with-x=no通过,只是会提示警告信息:
    configure: WARNING: you cannot build DVI versions of the R manuals
    configure: WARNING: you cannot build DVI versions of all the help pages
    configure: WARNING: you cannot build info or HTML versions of the R manuals
    configure: WARNING: you cannot build PDF versions of the R manuals
    configure: WARNING: you cannot build PDF versions of all the help pages

  5. make

  6. make install

  7. 安装成功。进入R命令行界面,可以操作。但tab自动补全以及上下左右等方向键都无法使用。应该是./configure —with-readline=no —with-x=no惹的祸。因此重新安装了一下,这次在执行./configure命令前先执行了命令:

  8. yum install readline-devel(解决错误“ —with-readline=yes (default) and headers/libs are not available”)

  9. yum install libXt-devel(解决错误“–with-x=yes (default) and X11 headers/libs are not available”)

  10. 最终安装成功,并且tab自动补全等都有效。



Linux升级R软件(升级自己以前安装的R,同样没有root权限)



  1. 旧版R的library文件夹复制到某个目录下

  2. 卸载旧版R

  3. 安装新版R(上面的方法)

  4. 将旧版R的library文件夹下的所有文件及目录复制到新版 R 的library文件夹下

  5. 运行:update.packages(checkBuilt=TRUE, ask=FALSE)

  6. 删除旧版R的library文件夹

  7. linux 安装R包
    已经下载到本地的R包:/your_path/R CMD INSTALL  XXXX.tar.gz

  8. 另外,有时候在windows上安R包会报错,比如“No such file or directory”,这种情况往往是R不能写入C盘(R安装在C盘),可以关闭腾讯或360电脑管家之类的防护软件,以鼠标右键“管理员权限”打开R软件,重新安装就可以了。


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