R软件如何安装及升级

生信百科 · 公众号 · 医学 · 2017-06-25 11:54

正文

以前我们了解了windows系统R软件的安装与包的安装，今天我们来学习一下R软件如何在linux系统下安装。

linux 安装 R（没有root权限）

wget http://ftp.ctex.org/mirrors/CRAN/src/base/R-2/R-3.0.2.tar.gz .tar -zxvf R-3.0.2.tar.gz
cd ./R-3.0.2
./configure --prefix=/your_path/R-3.0.2 --enable-R-shlib
make
make install
vi ~/.bash_profile

添加R_HOME和R_LIBS变量，并修改PATH.

哪能总这么一帆风顺，总会有风雨是吧！

来，看一下经常出现的错误信息及解决方案：

提示错误信息为“configure: error: No F77 compiler found”，执行命令yum install gcc-gfortran解决。
再次执行./configure，报错：“configure: error: —with-readline=yes (default) and headers/libs are not available”，
执行命令./configure —with-readline=no，继续报错：“configure: error: –with-x=yes (default) and X11 headers/libs are not available”。
尝试执行命令./configure —with-readline=no —with-x=no通过，只是会提示警告信息：
configure: WARNING: you cannot build DVI versions of the R manuals
configure: WARNING: you cannot build DVI versions of all the help pages
configure: WARNING: you cannot build info or HTML versions of the R manuals
configure: WARNING: you cannot build PDF versions of the R manuals
configure: WARNING: you cannot build PDF versions of all the help pages
make
make install
安装成功。进入R命令行界面，可以操作。但tab自动补全以及上下左右等方向键都无法使用。应该是./configure —with-readline=no —with-x=no惹的祸。因此重新安装了一下，这次在执行./configure命令前先执行了命令：
yum install readline-devel（解决错误“ —with-readline=yes (default) and headers/libs are not available”）
yum install libXt-devel（解决错误“–with-x=yes (default) and X11 headers/libs are not available”）
最终安装成功，并且tab自动补全等都有效。