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单细胞测序中，细胞群的下游机制都做烂了，但上游的这三个思路还新着呢！

猫头鹰教室 · 公众号 · 科研 · 2025-03-21 08:30

主要观点总结

本文主要介绍了在单细胞测序分析中，如何通过关注细胞群在疾病组或干预组的比例变化来挑选研究对象，并以A+巨噬细胞为例，详细阐述了其比例变化在疾病中的作用，以及如何通过药物干预来改善这种情况。文章还讨论了A+巨噬细胞比例升高的可能原因，包括产生增多、消耗减少以及从其他地方被招募过来。最后，文章以一个具体的研究为例，说明了如何从一个新的角度（缺氧因素）来研究A+细胞群比例增加的原因，并强调了缺氧如何通过诱导基因表达使A+细胞群抵抗程序性死亡，从而促进了疾病的进展。

关键观点总结

关键观点1: 文章介绍了单细胞测序分析中挑选研究对象的方法

关注细胞群在疾病组或干预组的比例变化是常规分析方法。以A+巨噬细胞为例，其在疾病组比例显著高于对照组织，药物干预后比例显著下降。

关键观点2: A+巨噬细胞比例升高的原因

A+巨噬细胞比例升高可能有三个原因：产生增多、消耗减少、从其他地方被招募过来。产生增多的原因可能包括细胞增殖或分化增多；消耗减少的原因可能是细胞死亡或分化成其他细胞。

关键观点3: 文章以一个具体研究为例说明了新的研究角度

以缺氧因素为例，缺氧可以诱导A+细胞群中的基因表达，使其抵抗程序性死亡，从而增加A+细胞群的比例。HIF1 α抑制剂可导致 A+ 细胞群程序性死亡并改善疾病进展。

正文

在常规的单细胞测序分析中，基于细胞比例挑选在疾病组或者干预组发生比例变化的细胞群是常规分析，比如我们发现 A+ 巨噬细胞（或者其它细胞群）在疾病组比例显著高于对照组织，而 A+ 巨噬细胞在药物干预后比例显著下降了，一般我们就会挑选 A+ 巨噬细胞从而关注 A+ 巨噬细胞在疾病中的作用，并尝试建立 A+ 巨噬细胞促进疾病，而药物通过抑制 A+ 巨噬细胞从而改善疾病的假说 ，从而设计实验进行后续研究。

这个假说其实包括两个部分：

1. A+ 巨噬细胞是如何促进疾病进展的？

2. 药物是如何抑制 A+ 巨噬细胞的？

对 A+ 巨噬细胞来说，一个是下游机制，一个上游原因。 从这个角度来说，是不是与基因和分子的逻辑很像？比如我们发现基因 A 在疾病中高表达，在研究 A 基因如何促进疾病的下游机制后，是否还会考虑基因 A 高表达的原因？比如考虑基因 A 被转录激活、翻译活化、或者蛋白稳定性增加等等？

当然，即使没有药物处理，当发现 A+ 巨噬细胞在疾病组织中比例升高的时候，也有上游原因需要探索： A+ 巨噬细胞为何在疾病组织中比例升高？而在大部分的研究和国自然项目中，主要关注的是 A+ 巨噬细胞如何促进疾病的下游部分，而对于 A+ 巨噬细胞为何在疾病组织中升高的原因倒是较少涉及。

好，下面我们说一下 A+ 巨噬细胞在疾病组织中升高的原因： 1