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微生物多样性分析——扩增子分析

生信圈  · 公众号  ·  · 2017-09-26 21:00

正文

在前几期中，我们介绍了微生物扩增子分析中数据的质控与拼接，聚类 OTU ，多序列比对建树。本期我们将介绍扩增子测序分析中的多样性分析。其分析样品中有什么？有多少不同的种属？以及不同样品间群落分布差异，主要包括 Alpha 多样性分析和 Beta 多样性分析。





数据及软件准备

软件 ： QIIME

数据 ：由前几期扩增子分析产生的结果文件，主要有otu_table_even.biom(经过均一化后的biom文件)、rep_set.tre（系统发育树文件）


1、Alpha 多样性分析

1.1  Alpha多样性简介

Alpha多样性是指通过单样本的多样性分析反映样品内的微生物群落的丰富度和多样性，通常有测序深度指数（Observed spieces 和Good’s coverage）、菌群丰度（Chao1和ACE）和菌群多样性指数（shannon和simpson）。

Alpha指数

简介

Observed spieces

代表OTUs的直观统计

Good’s coverage

指计算加入丰度为1 的OTUs数目，加入低丰度影响

Chao1

估计一个样本或环境中所有的物种数

ACE

估计一个样本或环境中所有的物种数，比Chao1更可靠

shannon

指数越大，多样性越高

simpson

群落多样性越高，Simpson值越大

1.2  操作步骤

python  alpha_diversity.py –i  otu_table_even.biom -m observed_otus,chao1,shannon,simpson,goods_coverage   -o ./alpha_div.txt  -t rep_set.tre。其参数：

  • -i是输入文件(均一化后的otu.table.biom文件)







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