网络药理学—药学新人的理解与探索（三）

hello各位朋友们，昨天我们做到这里了，还记得不？

我们得到了一个这样的图，导出来之后呢，其实是这样的。

疾病-致病基因-药物-有效成分。反正大概就是这样的图了，至于后面怎么展示还要看个人的需要了。也有把基因给展示出来方框的。就看你想用什么投稿了。接下来我们做点其他的东西，不太一样的，我们上一步是不是得到了一个韦恩图，既是疾病中表达的，又是在药物中表达的。还记得么？是712个基因，如果不记得了，可以回去看看前面的内容。在下面这个网站上输入一下交集的基因，然后注意选择类别，人和鼠是不一样的。

其实你实际上得到的这个数据的体量会非常的大，例如这样

但是这个不是你的关键点，关键你要筛选他

在这里面可以筛选一下，然后把参数设为0.7，就可以得到一个稍微好一点的图，我就不截图了。然后选择exports，选择圈里的那个内容。

因为我们要用cytoscope进行识别它。

还是一样的步骤，选择1，选文件，然后选择2

读取完之后，我们按照步骤选择一下你的文件，然后点计算，选择top10的基因呈现，然后分别计算MCC,MNC,Degree，保存你的文件。

基本上每一个方法给到的都是这样的东西

但是实际上我们要的不是这个，我们可以在下面这个地方

保存一下文件，然后用R语言读取，并且画图，三个方法都是一样的内容。然后我们就可以把这几个部分分别下载下来，然后再次跑一个韦恩图。

得到的结果是这样的，这样我们就把700多个基因筛选到只有9个了。是不是很神奇！（代码我前面都写了，自己看一下)

接下里我们继续可以把这个网络进行一下聚类分析，还是用cytoscope软件，导入文件，点app，选择MCODE,然后提交就🆗了。

聚类完呢，我们一般选择第一个，把他拉出来，之后呢，我们为了不让这个图看起来乱七八糟的，我们可以把其他的删掉。

这个操作做完了就是这样的

然后我们要的基因是蓝色的了，不要的都是黄色的。我们点edit编辑一下。

这样就可以把其他的不要的基因删掉了，然后我们看这个圈是不是很难受，看不清，我们换一种呈现方式，在layout里选择一下

这样我们就可以得到一个非常好看的矩形图，这就是我们第一次聚类后的结果了

好了，今天的内容就到这吧，我还要去实验室做牛马了，明天我们继续分享如何画弦图和kegg通路图，这几天的文件都别删啊，保存在一个文件夹里，因为内容太多了。拜拜~

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