“文革”结束后，随着1978年真理标准问题讨论的进行，引发了全面而深刻的思想解放运动，中国社会开始发生巨大变化。研究者思想的解放和思维方式的改变给中国近代史研究带来了新的生机。在一个开放的世界中，人们的观察视野更为开阔。评判历史事件、评判历史人物的标准，不再是书本上曾经怎么说，也不再是伟人曾经怎么说。历史学不再是阐释流行的政治话语的工具，其科学性得到了确认。同时，人们摆脱了非此即彼的单线思维模式，历史不再是简单的两极对立，历史人物也不再是神魔对立。改革开放后出现的这一变化，为人们认识丰富多彩的中国近代史提供了可能。
（一）拨乱反正 书写信史
随着中国社会对“阶级斗争为纲”的否定，历史研究中一切以阶级划线的做法遭到质疑与否定。在20世纪70年代末和80年代，中国历史学界出现的若干学术争论，包括历史发展动力问题、农民战争评价问题、历史创造者问题等，均可以放在反对以阶级斗争观点统帅一切的拨乱反正脉络下观察。1979年，戴逸提出不能用阶级斗争代替一切，生产斗争、民族斗争、科技发展都是阶级社会发展的伟大动力，推动历史前进的直接的主要动力是生产斗争。这一主张得到广泛支持，对生产力的研究形成热潮。
中国历史上农民战争数量之多、范围之广、对改朝换代的作用之大，在世界历史上罕有其匹。“文革”结束后的全面反思时期，对农民战争是否推动了历史前进、农民起义军所建政权性质、平均思想、“让步政策”等展开热烈讨论。在重视物质生产、民族矛盾、科学技术等影响历史发展的因素后，“历史创造者”的问题顺理成章地凸显出来。1979—1981年间，有学者相继对“奴隶们创造历史”“人民群众是历史的创造者”“劳动群众也是精神财富的创造者”这三个命题提出质疑，引起众多学者关注和参与。上述这些问题的讨论，有些并未取得明确的“定论”。然而，这些讨论的价值并不在于是否获得统一结论，其更重要的意义在于解放思想、破除禁区，遵照实事求是的时代精神探讨学术问题。
中国社会从以阶级斗争为中心向以经济建设为中心的转移，促成了研究者观察历史视角的变化，即不只是从阶级与革命的视角来观察，还从国家与社会发展的角度来观察。随着视野的开阔，人们注意到中国近代历史还存在着另一个过程，即追求近代化的过程。追求国家独立与追求国家富强是近代中国所面临的两大任务，也是近代若干落后国家所面对的难题。由于近代中国所处环境的特殊性，追求国家富强的努力受到多重压制，革命才成了优先选择，但追求近代化的努力不可忽视。在这样的认识之下，对于洋务运动的重新认识成为改革开放之初的热点问题。
以往的研究认为，洋务运动的目的是为了镇压农民起义、巩固清王朝统治，它的近代化，只能化出一个半殖民地半封建社会，因此，它是一场反动的运动。新的研究则认为，洋务运动既是为了维护清朝统治，也是为了抵御列强的侵略，虽然这场运动带有封建性和买办性，但它广泛引进西方先进科学技术，对中国民族资本主义的产生和发展所起的促进作用是主要的，限制作用是次要的，因此，这是一场进步的改革运动，它与太平天国农民战争、戊戌维新运动、辛亥资产阶级革命前后相连。李时岳在1980年第1期《历史研究》发表《从洋务、维新到资产阶级革命》一文，提出了中国近代史演变过程中农民战争、洋务运动、戊戌维新、辛亥革命“四个阶段”论（稍后被称为“四个阶梯”论）。这四个阶段构成了近代中国历史前进的基本脉络，阻止了中国向半殖民地和殖民地方向沉沦。这一观点获得了不少人支持，也引起了反对者的质疑。
在新的视角之下，以往被视为近代革命推动者自然也是社会发展推动者的阵营，也经历了研究者的重新审视。被视为革命高潮的太平天国运动与义和团运动，分别代表着晚清时期中国民众对封建统治者和帝国主义的最强烈的反抗。在研究者的显微镜下，这两大运动的进程、成败得失与历史功过经历了仔细的检验。在肯定历史合理性的大前提下，运动的落后与弊端被展示出来，而不再是以往高大上的理想叙述。人们注意到太平天国领袖的皇权思想，注意到太平天国实行的严格的等级制度、领袖集团的享乐与下层官兵的清苦，注意到太平天国实际执行的经济政策、宗教政策等，对太平天国的领袖提出了批评。研究者对太平天国建立的是农民政权还是封建政权进行了讨论。尽管意见不一，但这一政权具有一定的封建性质则为大多数人所认可。
对于义和团运动，学者们比较一致地肯定其为一场反帝爱国运动，但是，对于义和团所表现出来的封建迷信和盲目排外等落后一面，有学者提出了尖锐的批评，认为义和团依赖神仙符咒同帝国主义作斗争，这是一种“封建蒙昧主义”，批评义和团幻想用小农业与家庭手工业相结合的自然经济去抵制资本主义生产方式和近代科学技术，绝对不是革命、不是历史的进步。这样的研究是否混淆了是非界限，模糊了人们的历史认知？并非如此，它告诉人们，在新的生产力出现之前，在代表新兴生产力的社会力量出现之前，旧式农民革命具有不可避免的局限性，这是历史唯物主义的结论。
中国共产党登上政治舞台标志着中国革命进入到一个新阶段，即新民主主义革命时期。在对中共党史的研究中，由于以往长期从路线斗争的角度来诠释，对于党内一些重要人物和党史上一些重要事件的评价出现了较大的偏差。改革开放后，中共党史领域开始了在这些问题上的拨乱反正。如对于中共早期领导人陈独秀、瞿秋白等人的评价，便出现了不同于以往的声音。以往的结论指责陈独秀违背共产国际指示，其右倾投降主义路线导致大革命的失败。研究者指出，陈在担任中共中央总书记期间，多数情况下对共产国际言听计从，其是非功过都和共产国际有着不可分割的关系。研究者考察了建党初期共产国际、联共（布）和中共三者之间的组织关系，指出共产国际是各国共产党的领导者，同时又直接受联共（布）控制和影响。作为共产国际支部的中国共产党，在共产国际严格的纪律和高度集中的组织制度下，很少有对重大问题独立作出决策的空间。大革命是在联共（布）中央政治局和共产国际直接指导下进行的，大革命的基本路线和方针、政策，几乎全部来自莫斯科。
瞿秋白以往被指责为自首变节的叛徒。1979年，陈铁健发表《重评〈多余的话〉》，指出《多余的话》是瞿秋白以文人卷入政治漩涡，因不改本色产生的内心矛盾的自我解剖。它既没有损害党的事业，更不是所谓叛徒的自白书。该文发表后，出现了众多关于瞿秋白及其《多余的话》的讨论，涉及文章达百篇之多。
研究者对中共历史上曾经发生过的一些左倾错误和冤假错案进行了梳理。发生在苏区的肃反扩大化，进入了研究者的视野。戴向青等对赣西南苏区的肃“AB团”斗争和“富田事变”进行了认真的调查研究，指出：土地革命时期的江西苏区根本不存在“AB团”，苏区的所谓“AB团”是肃反中逼供信的产物；肃“AB团”不是扩大化的问题，而是根本错误，是百分之百的冤假错案。有关西路军的研究，过去被视为禁区，并将其与张国焘的分裂主义路线相联系。研究者澄清了若干曾经笼罩在这个问题上的迷雾，指出西路军并非张国焘擅自命令组成，而是由中共中央决定的，西路军的行动也是由中共中央遥控指挥的。这一研究还西路军将士以历史公道。
近代史学界的这些研究，不仅为撰写真实可信的中共党史打下了基础，成为今天党史研究的基本常识，还对当时社会的拨乱反正产生了良好的推动作用。中共党史上的一些错案疑案得到了平反或澄清，一些重要的历史人物也获得了应有的社会评价。
（二）开阔视野 完善近代史学科体系
在以往以革命史为主线的近代史研究中，近代史上延续不断的战争与革命被视为历史发展的主线。这就出现了三个倾向：在革命阶级与统治阶级方面，偏重于研究革命者，对统治阶级的研究比较薄弱；在革命与改良的选择上，注重研究革命，轻视改良；在农民革命与近代化努力中，忽视对近代化的研究。这样，近代史的叙述便出现了畸轻畸重的现象。所谓近代史实则是一部不完整的近代革命史。拨乱反正以来，思想的解放，打破了研究的禁忌，开阔了研究的视野，使得以往研究者不敢或不便涉足的领域，成为新的研究领域，填补了不应出现的空白。这为人们全面地认识历史提供了可能，也为中国近代史学科体系的完整化提供了可能。
在以往的研究中，统治阶级只是作为革命的陪衬方而出现。改革开放后，人们意识到，这样的历史研究是不完全的。作为国家的统治者，他们对于国家与社会治理的作用不应忽视。对于统治阶级的施政，既注意到其落后、腐朽、甚至反动的一面，也注意到统治集团中的一些派别、一些人，曾经在某个时期充当了“历史的不自觉的工具”，做了一些有利于社会发展的事。于是，晚清统治者、民国统治者也都成为近代史研究的重要对象。
对于晚清政府，除了在改革开放之初讨论较多的洋务运动外，人们逐渐对清末新政给予了较多关注。清末新政是继洋务运动和戊戌变法之后，清政府发动的第三次也是最后一次改革运动。以往的研究认为新政是“假维新，伪变法”，是19世纪60年代开始的洋务运动的“翻版”，是清政府“进一步买办化的标志”，等等。但随着研究的深入，愈来愈多的学者倾向认为新政是一场具有资本主义性质的改革，或认为这是一场比较全面的近代化运动，是中国现代化历史上一个重要的发展时期。历时十年的“清末新政”，近代中国社会经济、军事、教育、政治等领域的改革规模与力度均是空前的，较之所谓“同光新政”和戊戌变法，都有明显进展。
对于北洋政府统治时期，以往人们的印象是一个军阀混战的动乱时期。研究者首先在外交领域注意到，北洋政府在外交上是有一番作为的。它曾经发起一个颇有声势的修订不平等条约运动，争取关税自主，争取废除治外法权，并取得一定成就。继而研究者也注意到，北洋政府的内政也并非一无是处。例如，长期以来学界将段祺瑞执政府为解决北京政变后混乱的政局而召开的善后会议，视为军阀官僚们的一个“骗局”。有学者对善后会议进行了深入研究，指出善后会议是直奉战争之后，在各实力派形成暂时力量“均势”的背景下，由段祺瑞临时执政府做出的通过会议协商方式谋求国家统一的艰难政治尝试。
与此相关联，人们对于近代史上革命与改良的认识也进一步深化。改良不再仅仅被视为革命的对立面，在相当程度上，它是革命的序曲与革命的同盟军。改良的进展为革命准备了条件，改良的失败为革命积蓄了动力，而在革命蜂起之时，改良者通常又会成为革命的同盟军。推翻封建专制的晚清革命如此，推翻国民党统治的新民主主义革命也是如此。在这一视野之下，早期维新派、改良派都获得了重新观察的机会，其历史贡献得到了应有的肯定。
在传统学科经历着学科完善与知识更新的同时，随着改革开放的深入和社会建设的发展，中国近代史研究不断向新的领域拓展，出现了一些新的学科，且发展势头迅猛，逐渐成为近代史研究的热点领域。
在前30年的研究中，社会史不被作为专史学科，一些与社会史相关的内容附属在革命史、经济史的叙述中。改革开放后，反省我国现代化迟缓原因成为引领史学转向的契机，一直没有独立学科地位的社会史开始孕育萌生。1986年，首届中国社会史学术研讨会召开，标志着社会史开始复兴。此后中国近代社会史研究队伍开始聚拢与扩大，相关研究逐渐展开，中国近代社会史学科开始走上独立发展的道路。随着研究成果的持续增多，中国近代社会史这个新生学科日益成长壮大，逐渐受到学界关注，学科地位随之获得公认。1991年的《近代史研究》附刊论文目录，首次将“社会史”作为一个独立专史门类（刊于1992年第5期），标志着在中国近代史学科体系内“社会史”学科得到确立与认可。
2005年，中国社会科学院近代史研究所社会文化史研究室联合全国多所高校举办“首届中国近代社会史国际学术研讨会”，来自海内外百余位学者参加，显示该学科已经形成了一支初具规模的研究队伍。此后中国近代社会史国际学术研讨会每两年举办一届，形成系列学科年会，至2019年已连续举办八届，成为促进学科持续发展及凝聚研究队伍的一个重要平台。
中国近代社会史虽然起步晚，但发展迅猛，经过几十年持续发展，迄今已经取得了丰硕成果，据统计，1987—2013年，近代社会史的著作数量已超过1000部。
台湾史是一门兼具学术与政治意义的新兴特色学科。对台湾史研究的追本溯源，最早可追溯到20世纪初年连横的《台湾通史》。刘大年、丁名楠、余绳武著《台湾历史概述》（生活·读书·新知三联书店1956年第1版），是中华人民共和国成立后大陆出版的第一部通史性台湾历史著作。但改革开放前台湾史研究著述较少，且受冷战背景下两岸分隔对峙的政治形势及不同的意识形态影响，重点在于揭露帝国主义侵台罪行，表彰人民革命与反抗外敌侵略的事迹，政治意义强于理性学术研究。1979年元旦，全国人大常委会发布《告台湾同胞书》，标志着大陆对台政策的转变，它也成为大陆学界台湾史研究的分水岭。以1980年厦门大学台湾研究所成立为契机，大陆学界的台湾史研究全面展开，各个领域均获得不同程度的进展。2002年中国社会科学院台湾史研究中心与近代史研究所台湾史研究室成立，进一步推动了大陆学界的台湾史研究。
台湾史学科的一个重要特色，是对史料整理出版的高度重视。伴随着学科的建立，即有一大批台湾史研究资料获得整理出版。其中，特别值得注意的是三套大型综合性资料：其一是陈支平主编《台湾文献汇刊》（100册，厦门大学出版社、九州出版社2005年版）、《台海文献汇刊》（60册，厦门大学出版社2014年版）及方宝川、谢必震主编《台湾文献汇刊续编》（100册，九州出版社2017年版）；其二是全套影印台湾银行经济研究室编《台湾文献丛刊》（309种），题名《台湾文献史料丛刊》（190册，人民日报出版社2009年版）；其三是中国第一历史档案馆、中国第二历史档案馆、海峡两岸出版交流中心合编《明清宫藏台湾档案汇编》（230册，九州出版社2009年版）、《馆藏民国台湾档案汇编》（300册，九州出版社2007年版）。前两种主要是关于台湾史的已刊或未刊文献资料，后者则主要是中国第一、第二历史档案馆藏清代与民国时期台湾原始档案资料。
随着大陆学界台湾史研究的深化拓展，出现了几部重要的台湾通史著作：陈碧笙著《台湾地方史》（中国社会科学出版社1982年版），陈孔立主编《台湾历史纲要》（九洲图书出版社1996年版），张海鹏、陶文钊主编《台湾史稿》（凤凰出版社2012年版），建立了一个完整地叙述台湾历史的学科框架或学术体系。台湾发展的各个历史时段都有重要的专著面世，其中日据时期和战后台湾史是研究的热点，对早期台湾、荷据时期、明郑政权时期的研究都有具有相当学术分量的专著面世。
口述史和影像史的兴起，则标志着研究路径的进一步扩大。口述史从上世纪80年代开始起步，逐渐获得学界认可，越来越多的学者投入这一工作，并成立了全国性的学术组织——中国口述史研究会。在众多的口述史研究成果中，抗战史领域的成果更为集中和突出。如，朱成山主编的《侵华日军南京大屠杀幸存者证言》，张连红、张生等编的《南京大屠杀史料集·幸存者调查口述》，何天义主编的《二战掳日中国劳工口述史》，齐红深主编的《流亡——抗战期间东北流亡学生口述历史》，袁成毅、丁贤勇主编的《烽火岁月中的记忆：浙江抗日战争口述访谈》，张连红主编的《烽火记忆——百名抗战老战士口述史》，等等。
绘画、照片、纪实电影、电视等影像史料以其直观、生动、真实等特点，成为在文字史料之外历史研究不可忽视的史料类别。进入21世纪以来，随着大量西方近代摄影家、画家作品的重新发掘，借助数字化技术手段，出现了搜集整理和出版历史影像的热潮。山东画报出版社1996年开始编辑出版《老照片》，至今连续出版了近百辑，大到重大的历史事件，小到普通百姓的生活，都有所反映。故宫博物院编辑的《清史图典》共9卷12册，是一部清朝通史性图录。欧阳允斌主编的《近世中国影像资料：1793年以来西方的中国影像》，选编了从1793年英国特使马戛尔尼使华以来到1949年以前，西方来华的画家、摄影师、传教士、探险家、专业记者等有关中国的历史绘画和照片2000余张，含有丰富的历史信息。
总而言之，改革开放以来的40年中，中国近代史的研究领域更为开阔，由比较偏重政治史的局面，发展成多领域百花齐放的局面，形成了门类齐全的完整的中国近代史研究体系。
在中国近代史各领域的研究日益深入的基础上，人们对“近代”的时限有了新的认识，并逐渐形成共识。在相当长的时间内，中国近代史指的是从1840—1919年的历史，1919年以后的历史被称为“中国现代史”。这样的划分是以新民主主义革命的源起为标志，不能说没有道理。然而，这种划分无法让人们看到近代以来中国革命和中国历史的完整性，近代史成了晚清史加民国初期史。中国社会科学院近代史研究所率先打破了1919年的藩篱，把1840—1949年的历史作为自己的研究对象。如今，将1840—1949年的中国历史称为中国近代史已成为学界共识。
近代史时限的变迁，在某种程度上反映了近代史研究的深入，反映了人们对“近代”认识的深化。如果说70年的晚清史是中国地位向下沉沦的过程的话，1840—1949年110年的近代史则完整地体现了中国“沉沦”与“上升”的过程，这是一段不应分割的整体历史。
（三）精耕细作 专题研究更加深入
改革开放以来中国近代史研究的大发展，不仅体现在人们以新的视角来看待历史进程，也不仅体现在学科体系逐渐完整与合理，更多地则体现在各类专题研究深入发展上。中国近代史研究已经逐步进入到精耕细作阶段，通过对历史细节的深度发掘，还原丰富而真实的历史。事实上，也唯有进行精细化的研究，展现更为真实的历史细节，才能把握历史大局，才能发现真正的历史。可以说，今天很难找到40年来一个原封不动停滞不前的专题论述。若干基本史实的重现，大大推动了近代史学科的发展，使人们对于中国近代史的认识更加接近历史的真实。
在政治史研究领域，若干历史叙述经历了一个史实梳理或重新认识的过程。作为近代起点的鸦片战争，研究者自然给予了较多关注。茅海建《天朝的崩溃——鸦片战争再研究》，对清政府的禁烟政策与剿抚政策的变化、战争中中英双方的兵力情况、战略战术及清军战败的原因、战争期间的交涉及不平等条约的形成等都进行了深入探讨，提出了若干不同于前人的见解。该书出版后虽引起过争议，但该书以扎实史料为基础的研究，丰富了人们对鸦片战争的认识。此后，《转折——以早期中英关系和〈南京条约〉为考察中心》《条约口岸体制的酝酿——19世纪30年代中英关系研究》等专著，对鸦片战争前后的中英关系和条约的酝酿与形成进一步展开了深入探讨。
对于改良派的研究，则跨过对其历史作用的宏观讨论阶段，进入到更为细节的研究，使人们对改良派的作用有了更为具体、更为丰满，也更为准确的认识。有学者对作为戊戌思潮兴起的标志性事件——“公车上书”是否发生过提出了质疑，引发了学术界热烈的讨论。不少学者对康有为在变法中和变法后的活动进行了深入研究，认为康有为在清政府中的地位不足以也不可能扮演戊戌变法的核心人物这样一个角色，有关康有为与戊戌变法的紧密关系很大程度上是戊戌变法失败后康、梁的有意渲染。还有人认为康、梁的激进主张和举动是戊戌变法失败的重要原因。这些讨论，丰富了对改良派人物及改良派作用的认识。
中共建党时期的若干问题也得到了认真、细致的梳理，包括新文化运动与马克思主义在中国的传播，早期中共发起组的组成情况，俄共代表维经斯基来华及活动情形，陈独秀、李大钊等早期中共领导人的建党理论和实践等。尤其是在海内外学者的共同努力下，中共一大的召开时间、出席人数等基本史实得到更正和确认，使中共建党历史向着恢复历史原貌的方向大大推进。
对于大革命时期农民运动的评价也更为客观。金冲及研究了湖南农民运动兴落的历史，指出北伐时期湖南农民运动在中共领导下蓬勃发展，对全国产生过巨大影响，但在1927年5月马日事变和7月武汉分共后，却迅速低沉下去，农民运动这种骤起旋落的状况，表明在当时中国社会条件下，军队和政权处于支配地位，离开这两者，只靠民众运动在关键时刻是不能左右局势的。湖南农民运动全面展开后，在斗争高潮中出现过火倾向。有学者指出，湖南农民运动“左”的错误，给革命全局造成了不良影响，激起了两湖地区的反革命叛乱，从而加速了国共合作的破裂。
以往的研究将土地革命与地权集中必然地联系在一起，有学者经过缜密的多方面的资料考察提出质疑，认为土地集中程度与苏维埃革命没有必然联系，但对土地的渴望是农民理解、接受、走向革命最直接的利益驱动；满足农民经济利益，是中国共产党发动农民投身革命的成功策略；革命为农民提供的平等、权利、尊严、身份感，也是农民参加革命不可忽视的政治、心理因素。
随着研究的深入，人们对革命史的研究更为细化，注重革命中的群众动员、革命的生存和发展机制等。有学者以中国近代社会流变为背景，系统考察了苏区社会政治权力、阶级阶层、两性关系、社会生活等结构性变动，以及苏区民众的观念与行为走向，苏区社会政策与行为的得失等。
抗战时期中共在敌后抗日根据地建立民主政治得到了更多的关注。研究者们从选举制度、政权组成、政府性质等方面考察了抗战时期中共的民主政治建设，指出中共在战时设计出一系列便于基层民众操作、运用的民主管道和方法，并通过强有力的党团运作，成功进行民主实践，使得长期被专制政治压抑的民众的民主意识迅速增强。普遍的基层民主选举，成功地激发和提高了普通民众的民主精神和运用民主的能力，将中共领导下的民主建设推向了一个新的阶段。
刺杀宋教仁案被视为民国第一案，长期以来，“宋案”一直是近代史学界关注的焦点之一。在1990年代以前，学界几乎一致认为，宋案是袁世凯背后操纵所为。近年来，已有学者对宋案进行细致考辨，提出了不同的新见，认为袁世凯与刺杀宋教仁案并无直接关系，但袁世凯政府利用帮会的动机客观上催化助长了“宋案”的发生。尚小明《宋案重审》一书通过细腻的史料爬梳与缜密的逻辑推理，揭开了“宋案”的一系列谜团，还原了民初错综复杂的政治生态。
国民党内部的派系问题是国民党政权史研究的重要内容，更是透视其内部结构复杂性的重要表征。20世纪80年代末90年代初出版的《国民党新军阀混战史》《国民党派系斗争史》等著作，都从革命史视角来审视国民党内部派系斗争史，认为国民党内部的争斗，是当时中国统治阶级内部不同派别以及帝国主义各国之间矛盾的反映，却从客观上有利于中国革命事业的发展。1990年代中后期以来，随着海外所藏民国政要日记、往来函电等珍稀史料的发现与利用，尤其是台湾中国国民党党史馆、“国史馆”所藏国民党高层政治史资料大量解密，从国民党内部视角来解读高层派系政治成为可能。从内部视角来研究国民党的派系政治，更能贴近历史事实层面，揭示国民党政治运作的内在机理。
在民国政治史的研究中，学者们开始引进文化史、社会史的观察视角，为政治史研究开辟了一条新的路径。王奇生《革命与反革命：社会文化视野下的民国政治》，考察了革命与反革命相关话语的形成及影响，展现了不同政党、不同派系对革命与反革命话语的诠释与话语权的争夺，大大丰富了人们对民国政治的认识。
外交史研究也展现出蓬勃发展的趋势。外交史研究对档案史料的依赖程度相对较高，因而对史料的整理出版更为关注。除前述中国史学会整理出版的“中国近代史资料丛刊”外，改革开放以来，研究者们继续在史料整理上下大功夫。郭卫东《中外旧约章补编》对于王铁崖的《中外旧约章汇编》进行了富有价值的增补，李育民团队对外交史必读史料《清季外交史料》进行了整理标点。总字数达1000万字的《中华民国时期外交文献汇编》（10卷24册），努力发掘整理民国外交史上的中外文档案文献，以方便读者使用的专题方式编辑出版。
民国时期的外交史研究出现了较大突破。对北京政府和国民政府维护国家主权的努力，学者们给予了适当的评价。北京政府参与一战和国民政府在二战中的外交，是外交史研究中的两个热点。对于过去一直给予负面评价的参与一战举动，研究者认为，这是有利于中国国家利益的决策，是中国主动参与国际事务的一个重要起点。对于抗战时期的中国外交，从前期的苦撑待变到后期的争取大国地位，研究者也给予了较多的肯定。有关抗战时期中国争取大国地位的研究，经历了一个被学界、被社会逐步认可的过程。在2015年纪念抗战胜利70周年之际，中国国家领导人在正式讲话中确认了抗战时期中国获得大国地位的论断。
不平等条约研究一直是外交史研究的一个重要内容。新世纪以来，关于不平等条约特权制度的研究又有了新的进展。近代中国究竟签订了多少不平等条约，以往流行总计1182个的说法。有学者对不平等条约的标准进行了认真讨论，并逐个审视近代约章，得出近代中国总计签署343个不平等条约的结论。这一数字虽难称精确，但应是离准确最近的研究。李育民主编的《中外条约与近代中国研究丛书》对近代中外条约进行了全面系统的研究。有学者跳出现有的废约史框架，对近代中外条约关系进行了重新审视，有学者对租借地特权和领水主权进行了专门探讨，有学者专门研究了中国参与国际化的努力，还有研究者跳出了平等与否的范围，探讨不平等条约与近代中国社会的发展这一更为宏大的问题。
在对不平等条约的研究继续深化的同时，学界开始关注中国废除不平等条约的努力。《中国废除不平等条约的历程》系统探讨了这一历史进程，首次为中国的废约历程搭建起了一个具体而严密的框架。《中国废约史》将废约的起点追溯到晚清时期，并将中国共产党对废约的贡献纳入研究视野。《被“废除不平等条约”遮蔽的北洋修约史》则集中探讨了北洋时期的修约外交，并指出它对此后修约或废约外交具有重要影响。
思想史的研究也经历一个深化过程。此前的研究多以思想家个案为主，从90年代初开始，思潮研究异军突起、蔚成风尚，一些重要思潮，如民族主义、社会主义、自由主义、激进主义、文化保守主义、国家主义、无政府主义、三民主义、西化思潮、现代新儒学等的专题研究取得了丰硕成果，出版了一大批著作。随着研究的发展和深入，思潮史研究也由宏观研究向更为具体的专题研究拓展，这也为更好地把握近代中国思想史演化的轨迹提供了更广阔的视角和空间。思潮是某一时期具有群体特性的思想倾向，反映了该时期普遍的民众心理和思想文化的发展方向，以思潮史构建近代思想史的研究框架无疑具有突破性的学术意义。
在思潮史研究蔚成风尚的同时，学术思想史研究也逐渐成了学术热点，近代学术史流变中的传统学术思想的近代走向和现代学术之建立等问题已引起越来越多的学者的关注。这股学术史研究热在兴起之初，便显示出了强劲的势头，至今仍然有其强大的生机与活力。张岂之主编的《中国近代史学学术史》、李学勤主编的《中国学术史》（多卷本）等一批重要的学术史著作先后面世。罗志田、桑兵等突破了旧有的学术史研究路径，以更为宽阔的视野来观察近代学术的发展，擅长从社会的变迁、思想的变迁、西学的冲击中，探讨近代学术的发展，同时注重学人在学术史中的主体地位，展现出鲜活的丰富的近代学术史，有力地推动了近代学术史研究。
受西方观念史、新文化史、社会史等研究理论和方法的影响，90年代以来尤其是新世纪以来，中国近代思想史研究的一个新的趋向，就是研究视线的下移，将社会生活与思想史相关的领域纳入视野，从广阔的社会生活背景中去考察近代思想的发展历程，越来越多的学者把他们的兴趣和精力转到了观念史研究、思想文化与社会转型研究、近代中国知识分子研究、新文化史与思想史结合研究以及报刊史研究等领域，并取得了丰硕成果。在观念史研究方面，先后发表和出版了一大批研究“民族”“国家”“民主”“自由”“科学”“国民”“公民”“个人”“社会”“革命”等中国近代新名词、新词汇的成果。在思想文化与社会转型研究方面，学术界改变了过去的那种非新即旧的“二元对立”的思维模式，开始关注“新中有旧、旧中有新”的社会与思想的复杂关系，并通过对新旧变迁的社会格局当中“权势转移”的讨论，将思想史与社会史有机联系在一起。2008年出版的《近代中国文化转型研究丛书》（耿云志主编），是这一时期研究思想文化与社会转型的标志性成果。
近代经济史的研究则朝着更为缜密的方向发展。改革开放以后，经济史学界先后引入了新制度经济史、比较经济史、区域经济史、计量经济史等研究路径。新制度经济史是将新制度经济学应用于经济史研究，探讨制度变迁对经济的影响，它为近代中国经济史研究注入了新的活力。比较经济史注重考察世界上各个不同国家和地区经济过程的差异和共同点，分析这些差异和共同点的原因与后果，以加深对人类社会经济活动的历史过程的认识。区域经济史原本属于中国传统学术范围，1980年以来受施坚雅模式影响，国内区域经济史研究有向国际学术潮流靠拢的趋势。近年来，区域研究方兴未艾，产生了一系列有影响的著述。同时，区域研究的方法还与历史地理学的理论和方法相结合，产生了对特定地理区域和历史时段的商业地理内容进行系统探索的历史商业地理学著作。
特别要提及的是计量经济史。计量经济史是20世纪中后期在美国首先兴起的学科，改革开放后，尤其是进入新世纪以后，计量经济史的研究方法在国内经济史学界开始不断升温。中华人民共和国建国后的前30年中，近代经济史的研究比较重视生产关系，与之相应的是定性研究较多。到20世纪80年代，相当一部分学者开始注重生产力的研究，与之相应的是进行定量研究。资本主义发展水平研究是在定量研究的一个重大突破。学界如今对近代以来各个时期的资本主义发展水平、外国资本与中国资本、官僚资本与民族资本、产业资本与金融资本及工农业生产值都有了比较准确的研究。许涤新、吴承明著《中国资本主义发展史》三卷本巨著是其中的代表性标杆。该著作分别估算了1920年和1936年的全国总产值，为此后的GDP研究树立了理论和方法的样板，奠定了研究的基础。此后，学者们对若干年份的GDP进行了系统的估算或验证，为评估这个时期的社会经济发展水平，提供了一个实在的可供比较的基础。但是，由于不同学者使用的方法不同，所得出的数据也多有不同，有的差别较大。然而定量分析与定性分析相结合已经成为经济史研究的规范认识，可以预期，中国近代经济史的GDP研究，必定会有一个蓬勃发展的未来。
