为什么TCGA数据显示P53是癌基因？

小张聊科研 · 公众号 · 科研 · 2017-05-10 10:31

正文

关于抑癌基因P53，相信大家没有不知道这个明星分子的了。

最近在课程的微信群里面，就有同学提出来一个问题：他用课程里面介绍的Oncomine和KM plotter这两个工具有一个重大发现：P53是癌基因！因为P53在大部分的肿瘤里面是高表达的，而且高表达P53的病人预后更差。结果是这样的：

证据1. P53在肿瘤里面高表达(与对照比较)

证据2：高表达P53的肿瘤病人预后更差（总生存期OS更短）

他的内心OS是这样的：

下面我们来看一下原因: 这里的P53是突变型的P53，而不是野生型的P53！我们知道正常的野生型的P53是抑癌基因，而当P53突变后就变成了癌基因。

但是，在很多情况下，当我们不是特意去区分P53是野生型还是突变型的时候，我们检测的P53就是两者的总和，既有野生型的P53，也有突变型的P53，在大部分肿瘤里面高表达的是突变型的P53，于是就出现了我们前面看到的情况。

从这个问题延伸出来，我们就会发现一个问题：当我们用表达谱芯片检测分子表达的时候，如果发现基因的表达有差异，还需要我们进一步检测具体是哪条RNA，这里既要看是否是突变型，还要看一个基因转录出来的哪条RNA发挥功能，因为我们知道：在有些情况下，一个基因的转录出来的不同RNA功能是完全相反的（比如在cell杂志的这篇文章可能颠覆你对lncRNA的理解……一文中，基因ASCC3的两条RNA功能就是完全相反的）；基因突变和非突变情况下，功能也可能是完全相反的（比如野生型P53和突变型P53），这就是我们研究可变剪接和SNP或者基因突变的意义所在。