文献搜索的方法,给你们讲过千千万万,但是你们估计也不会一直去用。
今天讲的这种方法,是我见过的比较拉风的搜索方法,直观搜索PubMed。首先,大家要明确一个概念,PubMed里的文章一般都会包括:基因、疾病、信号通路、药物、细胞等等关键词。
这就简单了,用这个工具,我们就先来搜一个基因的,还是老花样:TP53.
蓝后会显示出一个,嗯,一个球。这个球就是TP53,点击一下这个球,就能探索浏览TP53相关的基因、疾病、信号通路、药物、细胞等等关键词了:
蓝后,就会变成这样好多个球的Network,仔细看,每个球之间的连线上,会有一个浅蓝色的符号,对,这就是包含有这两个关键词的文献:
点开这个文献符号,你就可以看到要搜索的文献了,点击红色的PMID,就能直接转到那篇文献了:
那你要说,这有啥的,就一个基因。那我们再加一个,加个MiRNA21进去:
然后点击这个MiRNA21,发现比原来的多了一个联系,这个就是把这个基因联系到现在已经显示的那些球上,比如信号通路或者基因,当然基因就只有TP53,那我就联系到Pathway上去:
于是就变成了这样,其实这就是在PubMed搜索的时候布尔语言中的“AND”,当然,这样更加直观,所有的连线上,也都有相关的文献列表:
这些信号通路里,比如我有两个比较感兴趣的,那怎么办呢?那就把这俩球全部选上,然后点击在一起,但是要用什么把这两者相联系呢?嗯,我们用基因来联系这两个球:
于是,两个信号通路之间的关联,以及他们相关的基因,都调集起来了,当然,还有相关联的文献们:
当然,你点击中间的一个球的时候,也可以显示它相关基因的数量,相关信号通路的数量等等,一看就知道,它是个有故事的信号通路。
李莫愁博士:
是不是觉得这样来搜PubMed变得很过瘾呢,瞬间就把相关性以及之间的关联都顺带搜到了。文献搜起来更直观,当然也更简便,界面也蛮好看。好了,要知道这是啥网站,就回复“
跪求这个球
”就给你,今天就策到这里吧。
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