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真嘟假嘟?2024年的孟德尔随机化居然还是这么强势,搭配代谢组的双剑合璧斩获1区12+!

生信图书馆  · 公众号  ·  · 2024-06-19 18:40

正文

嗨,小伙伴们,江江包又来啦!今天想问问大家的mbit测试都是什么结果呀?偷偷的告诉大家,江江包是ISFJ哦!我这样的性格可是超适合做科研了,富有热情,具有耐心(小小自夸一下)。不过就是有时候很容易钻死脑筋,别的不说,这点大家可一定要注意哦,千万别学江江包~

言归正传,今天江江包想给大家分享发表在一个非常好的杂志《 Genome Medicine 》上的一篇文章,它是将代谢组学和孟德尔随机化联系在了一起,思路非常新颖,分析方法和结果也很棒。咱们先看看这篇文章的优势之处:

1. 首次揭示了代谢物组学与早期绝经之间的关联: 研究利用代谢物组学方法,对早期绝经与代谢物水平之间的关系进行了全面的分析。

2. 发现了与早期绝经相关的代谢物标志物: 研究发现磷脂酰胆碱、甘油三酯和脂肪酸等与早期绝经之间存在显著的关联。

PS:总的来说,这项研究在是代谢组学和孟德尔随机化的分析上是十分值得学习,得到的效果也非常不错。最终是揭示了代谢物与早期绝经之间的关联,并发现了与早期绝经相关的代谢物标志物和生物学机制。另外呢,这种类型的文章最重要的就是有新奇的思路,大家有什么好点子可千万不要错过哦~

需要原文献DOI请直达文末~
l 题目:初潮年龄和自然绝经年龄的全代谢组孟德尔随机化研究
l 杂志:Genome Medicine
l 影响因子:IF=12.3

l 发表时间:2024年5月

研究背景

女性生殖寿命由由初潮和绝经时间确定,并受遗传、生活方式和环境暴露等因素影响,然而生殖衰老变化的确切生物学机制仍不完全清楚。此外,初潮年龄(AAM)和自然绝经年龄(ANM)的时间似乎对女性的健康有显着影响。本研究旨在利用遗传数据和大规模代谢组学数据,通过遗传随机化方法研究不同代谢物与女性初潮年龄和自然绝经年龄间的关系,从而揭示影响生殖衰老的生物过程,并为调节女性生殖寿命提供潜在的药物靶点。

数据来源

研究使用了一些公开的数据展开分析(表1):

(1)暴露数据集使用来自四项研究的GWAS统计数据;

(2)结局数据集 使用ReproGen Consortium和一项研究中的GWAS数据。

表1 研究使用到的数据

研究思路

本研究的主要目的是探究女性体内代谢物的变化与月经周期之间的关系,以及这些代谢物与早期绝经风险之间的关联。研究主要是基于不同月经周期阶段女性参与者体内的代谢物的变化情况来展开孟德尔随机化等相关分析(图1)。

图1 研究设计摘要

主要结果

1. 代谢物与AAM或ANM之间的因果关系

研究使用孟德尔随机化(MR)方法评估了代谢产物与AAM和ANM之间的潜在因果关系。在单变量MR分析结果中,研究发现10个与AAM间具有因果关系的代谢物,并且均对AAM具有增加的影响。此外,研究还发现76个与ANM间具有因果关系的代谢物,并对ANM呈现不同的影响方向。随后,研究进行了MR-Egger、MR-MRO和Cochran's Q统计以评价多效性,结果显示未发现多效性。总体而言,研究发现特定代谢产物与AAM和ANM相关,并得到了统计学支持,并且特定代谢产物的水平增加与AAM和ANM的推迟相关(图3)。

图2 AAM和ANM之间共有的MR优先代谢物

2. 评估BMI对MR因果关系的影响

研究采用多变量孟德尔随机化分析评估了BMI对候选代谢产物与AAM或ANM之间因果关系的影响。结果显示,在调整成年BMI后,部分代谢产物仍与ANM有显著因果关系,而其他代谢产物在考虑儿童或成年BMI后失去了与AAM或ANM的因果关系。以上结果表明,BMI可能在这些关联中起到中介或混杂的作用。

3. 共定位分析和双向MR分析

研究使用共定位分析发现了17个MR优先的代谢产物与ANM存在共定位的证据,并且它们主要来自甘油磷胆碱类。然而,在AAM方面缺却未发现共定位。此外,FADS1、FADS2、FEN1、MYRF和TMEM258等基因包含这17个共定位代谢物的SNP-IVs,表明优先代谢产物间存在共享代谢途径。随后,研究还进行了反向MR,证实是代谢物引起AAM或ANM的变化。

4. 代谢途径和富集分析

随后,研究进行了代谢途径和富集分析以发现了17个MR标识和共定位代谢产物与ANM之间的生物学机制(图3)。研究发现,甘油磷胆碱类与ANM之间有显著关联,并涉及甘油磷脂代谢、α-亚麻酸和亚油酸代谢途径。此外,共定位的五个基因在脂肪酸代谢途径中扮演重要角色,影响ANM的时间调节。

图3 使用GeneMANIA分析与ANM共定位的代谢物的途径

5. 在ALSPAC中验证AAM和ANM的选定候选代谢物

最后,研究在独立队列ALSPAC中进行了观察性研究以验证MR优先代谢产物在AAM和ANM中的重要性。研究发现,脂肪酸,特别是与omega-3代谢有关的脂肪酸,对绝经年龄的时间调节至关重要。其中,Omega-3脂肪酸显示出最大的影响,延迟绝经年龄。同时,这些脂肪酸即使在考虑体重指数的调整后依然与绝经年龄相关。

文章小结







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