SNP位点是啥？为啥总是C变T，或者A变G？

近年来，关于SNP的研究其实也算是个比较重要的热点。看看图就知道了：

那我们就来稍微讲讲SNP吧，这其实就是单（Single）核苷酸（Nucleotide）的多态性（Polymorphism）。具体机制其实说也说不清，因为大多数SNP不是在外显子上的。基本上都是进化过程中的一些基因的突变，所以一般都会在一些不痛不痒的地方，不会是特别关键的位置。

当然也不能说完全没有功能，有的会导致可变剪接，或者有的会导致表观上的变化。所以SNP的研究面会比较广，所以会有GWAS这样的项目。当然，大多数SNP都是可以通过dbSNP（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp）来查到的：

当然细心的小盆友都会发现，研究的SNP里面，大多数位点都是C>T，或者是A>G。这是为啥呢？

那首先，要给你们补一下生化课，什么是碱基的转换（Transitions，C<>T，A<>G），什么是碱基的颠换（transversions，A<>C,A<>T,G<>C or G<>T）：

在进化的过程中，转换的概率，要比颠换的概率来的大，大多少呢，大概大两倍左右。而且即使是转换，C<>T的概率也要大于A<>G的概率，这就是为什么研究的SNP为啥会经常是C<>T或者A<>G了……

于是这给检测SNP带来了便利。为啥呢？还是生化课，AT结合与CG结合中结合键是不同的：

CG的结合力要比AT强，也就是说需要更高的温度，才能使得CG解链，这个温度相对应的关键参数就是Tm值，也就是解链一半时候的温度。

于是萌生出了最简单的SNP检测方法，利用Tm值差异，引物或者Taqman探针的结合法：

对应于两个SNP的探针Tm值一样的时候，一个位点是AT，另一个位点如果是CG的话，那这两条探针的长短肯定不一样。所以我们会设计针对两个位点的两条Tm值一样的探针，扩增时两个探针同时加入。为什么这么设计呢？下面是饶舌时间：

在低温（低于Tm值）的情况下，基本上都会结合成上图这样，也就是两条探针中不匹配的碱基不会结合上去。

但是，当温度升高，由于不匹配的碱基的不能结合，就相当于这条探针的Tm值会低很多。当匹配的探针达到Tm值的时候，上面这条不匹配的，由于少了个互补的碱基，也就是Tm值要比下面这条来得低，所以当温度达到下面这条探针结合的Tm值的时候，上面这条就已经全部解链了。

结合在模板上的探针才会被水解，所以用不同的荧光来标记两种探针，就可以检测SNP了。

李莫愁博士：关于SNP的基本检测原理就告诉你们了，如果没有看懂的话…………那就多看几遍咯……好啦，今天就先策到这里吧……

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