基于CaseViewer软件,这是一根小鼠的股骨——
因为绿色和黄色重合度有点高,所以我暂时把黄色的荧光通道调成了蓝色的。
因为带比例尺,所以这一步我们可以顺便评估细胞的大小,大概是10微米左右~
选中自己想要的视野,然后导出为tif格式的图片便于后续分析。
我们接下来就要用CD11B|LY6G|CXCR2
来定位并计数骨髓中成熟的中性粒细胞:
step 1 分割通道
然后就会变成3个窗口,每个窗口都分别是一个颜色。
接下来分别定位每个颜色通道下的阳性细胞,最后取三者的交集就可以得到CD11B+LY6G+CXCR2+的细胞啦~
这里的阈值设置需要根据自己的标准来
调好阈值以后,Edit➡Selection➡Create Selection 【不要点Apply!!!】
右键在红色区域,点击add to ROI后保存,按照颜色来重命名一下,接下来的几个通道也照葫芦画瓢。
step 2 merge
选中第一个通道,按住ctrl键,将所有通道都选中,再AND。这个时候会发现又多了一个和第一个通道名字相同的文件,直接重命名为merge即可。
鼠标到被黄色圈住的任意区域,右键,
会得到黑白的二值化图片
这基本就是三阳性的细胞了。
step 3 细胞计数
参数调节:
可以参照从CaseViewer中的细胞大小来设置Size,大概是10。其他的参数可以根据自己的细胞形状来调整。
点击OK就能得到细胞计数啦~