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20款常用生物在线工具汇总

生信人  · 公众号  · 生物  · 2017-06-15 06:27

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本文转载自:安诺基因,有更改


Promoter Scan

功能:启动子预测

网址: https://www-bimas.cit.nih.gov/molbio/proscan/


ORF Finder

功能:ORF预测

网址: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/orffinder/




NCBI-BLAST

功能:序列比对

网址: https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi



MUSCLE


功能:运行速度比较快的多序列比对

网址: http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/muscle/#



Clustal Omega


功能:DNA、RNA、蛋白的多序列比对

网址: http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/



ClustalW2


功能:应用较广泛的多序列比对

网址: http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2/




T-Coffee


功能:准确度高,速度慢的多序列比对

网址:

http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/tcoffee/





SimiTriX-SimiTetra


功能:多序列比对相似性展示

网址: http://cotton.hzau.edu.cn/EN/tools/BioERCP/simitrix.php



Venn图

功能:绘制Venn图

网址: http://www.biovenn.nl/index.php



Venn图

功能:绘制Venn图

网址: http://bioinformatics.psb.ugent.be/cgi-bin/liste/Venn/calculate_venn.htpl





Venn图


功能:绘制Venn图

网址: http://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html



WEGO



功能: 绘制GO注释结果图

网址: http://wego.genomics.org.cn/cgi-bin/wego/index.pl




CIRCOS

功能:绘制圈图

网址: http://mkweb.bcgsc.ca/tableviewer/visualize/



CIRCexplorer

功能:进行circRNA分析

网址: http://circexplorer2.readthedocs.io/en/latest/



iPath

功能:进行可视化通路图在线分析

网址: http://pathways.embl.de/



KEGG

功能:进行基因的代谢通路注释

网址: http://www.kegg.jp/blastkoala/


UCSC

功能:进行基因组可视化

网址: http://genome.ucsc.edu/index.html



IBS

功能:进行序列结构示意图绘制

网址: http://ibs.biocuckoo.org/online.php



RAP


功能:在线分析RNA-seq

网址:https://bioinformatics.cineca.it/rap/


AUGUSTUS

功能:基因外显子内含子,UTR,注释

网址:http://bioinf.uni-greifswald.de/webaugustus/prediction/create


GSDS

功能:基因外显子内含子,UTR,domain等区域特征展示

网址:http://gsds.cbi.pku.edu.cn/



来源:安诺基因,有更改








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