测序数据可视化 （二）- IGV

IGV是本地浏览测序数据功能最为强大的基因组浏览器，支持多种不同类型的输入格式和不同的显示方式，如峰图、线图、柱状图、Sashimi-plot。同时还可以配合bedtools使用。

新版的Windows IGV分发包中包含了Java运行环境，点击链接http://data.broadinstitute.org/igv/projects/downloads/IGV_Win_2.3.93.zip即可下载，解压后，点击 igv.bat 文件即可启动。

若启动失败，使用记事本打开并编辑 igv.bat 文件，在文件的最后新起一行输入 pause ，保存后，再尝试打开，就可以在 Windows 下的命令行界面（黑色背景的小框中）看到错误信息，根据信息提示去解决问题。

IGV具体使用如下：

如果基因组未存在于当前列表中，则选择 更多 从Broad IGV获取对应的基因组信息。若所研究的物种没有被Broad IGV收录，则需要自己构建基因组信息。具体参见前面发过的文章 （在公众号后台输入 IGV基因组索引 即可获取）。

IGV展示所用的 bw 文件可以直接从 bam 文件得来。下面列出几个工具和相应的代码辅助转换。考虑到不同样品的测序深度不同，需要根据样品的测序量做一个标准化处理，建议使用 deepTools 的 bamCoverage 命令。

IGV是一个界面可操作软件，学习的方式就是每个菜单点开看看，点选下看下效果，比如修改下Track的颜色，Track的高度，纵轴的坐标范围 Auto scale, Log scale 或 Data range 等方便比较。

如果想比较多个基因的表达峰图，可以先在 IGV 中添加相应的基因列表，然后针对特定的列表选择 view