前事不忘、后事之师。为避免未来发生类似败诉，提出如下建议：
合同一方当事人的行政主体身份并非当然决定协议的性质，需要根据具体的协议内容进行区分。当事人对具体行政行为的事实发生争议的，如行政规划、许可、处罚、管理等，该争议属于行政纠纷；当事人仅对协议的具体履行、解除后的处理产生纠纷的，属于民事纠纷。当事人应正确区分案件的性质，采取相应的诉讼程序，维护自己的合法利益。
《合同法》
第二条 本法所称合同是平等主体的自然人、法人、其他组织之间设立、变更、终止民事权利义务关系的协议。
婚姻、收养、监护等有关身份关系的协议，适用其他法律的规定。
第三条 合同当事人的法律地位平等，一方不得将自己的意志强加给另一方。
第四条 当事人依法享有自愿订立合同的权利，任何单位和个人不得非法干预。
《行政诉讼法》
第十二条 人民法院受理公民、法人或者其他组织提起的下列诉讼：
（十一）认为行政机关不依法履行、未按照约定履行或者违法变更、解除政府特许经营协议、土地房屋征收补偿协议等协议的；
《最高人民法院关于适用若干问题的解释》
第十一条 行政机关为实现公共利益或者行政管理目标，在法定职责范围内，与公民、法人或者其他组织协商订立的具有行政法上权利义务内容的协议，属于行政诉讼法第十二条第一款第十一项规定的行政协议。
以下为该案在法院审理阶段，判决书中“本院认为”就该问题的论述：
本院认为：本案争议焦点为本案纠纷是否属行政诉讼范围。具体包括：本案争议的具体内容是什么；交通局行政主体身份对本案争议法律关系的影响；本案争议内容是否针对具体行政行为。
关于本案的争议内容问题。根据各方当事人的诉辩意见，各方当事人对终止案涉《BOT协议》《补充协议》的履行，及终止协议后由当地政府对案涉工程进行回购，并无异议。分歧在于，北方公司请求根据司法鉴定结论支付回购款；而交通局认为，应依双方约定以相关评估机构的评估结果作为支付回购款的依据。故本案争议的主要内容为上述协议终止后，案涉工程回购款的支付依据问题。
关于交通局行政主体身份对本案法律关系的影响。首先，交通局行政主体的身份不影响本案争议的独立性。案涉《BOT协议》《补充协议》履行过程中，交织着相关行政主体的具体行政行为，而两种性质不同的法律关系中，双方主体重叠，在民事合同关系中的双方当事人，是相关行政法律关系中的行政主体和行政相对人。但该协议与其履行过程中所涉及的行政审批、管理事项等行政行为，依据不同的法律规范，这些行政行为虽影响双方合作，但不能因此否认双方民事合同关系的存在及独立性。同样，上述协议的终止及案涉工程回购事宜，也具有这样的特点。影响回购发生及方式的行政行为，与回购过程中就回购依据产生的争议，分属不同的法律关系、相互独立。其次，交通局行政主体身份，不能当然决定本案争议为行政法律关系。争议法律关系的实际性质，不能仅凭一方主体的特定身份确定。本案需判断争议是否与行政主体行使行政职权相关，应结合争议的具体内容及所针对的行为性质认定。
关于本案争议是否涉及具体行政行为问题。根据《中华人民共和国行政诉讼法》第十二条有关受案范围的规定，本案当事人间就回购款支付依据发生的争议，是否属行政诉讼范围，应以争议是否针对具体行政行为判断。如前所述，有关回购原因的行政行为与回购争议本身相互独立，北方公司对终止《BOT协议》之前的相关行政行为并无异议。根据北方公司诉讼请求及一审查明的事实，双方争议的回购款依据问题，不涉及具体行政行为，北方公司本案亦未针对具体行政行为提出相关诉求。故本案不属于行政诉讼受案范围。一审裁定关于《BOT协议》《补充协议》具公益目的，作为一方当事人的行政机关在合同订立、解除等方面享有单方优越主导地位，合同履行与行政许可紧密关联，两协议不属平等主体间的民事合同，本案属行政诉讼的观点，混淆了上述协议履行过程中涉及的行政行为与协议终止后的回购款支付行为的性质，没有法律依据。各方当事人在回购款的支付问题上，处于平等的法律地位，不能排除民事法律规范的适用。北方公司起诉符合民事诉讼法关于受理条件的规定，应予受理。
最高人民法院，北京北方电联电力工程有限责任公司与乌鲁木齐市交通运输局其他合同纠纷二审民事裁定书[（2014）民二终字第40号]。
笔者检索了相关的案例，整理出3个有关PPP协议性质纠纷的案件，法院的观点保持一致。值得注意的是，协议中的个别条款，涉及公共利益、体现行政主体公共事务管理职能的，该条款可认定为具有行政合同性质（案例2）。
案例1：最高人民法院审理的河南新陵公路建设投资有限公司与辉县市人民政府管辖裁定书[（2015）民一终字第244号]认为，“本院审理认为，本案是典型的BOT模式的政府特许经营协议。案涉合同的直接目的是建设河南省辉县市上八里至山西省省界关爷坪的新陵公路，而开发项目的主要目的为开发和经营新陵公路，设立新陵公路收费站，具有营利性质，并非提供向社会公众无偿开放的公共服务。虽然合同的一方当事人为辉县市政府，但合同相对人新陵公司在订立合同及决定合同内容等方面仍享有充分的意思自治，并不受单方行政行为强制，合同内容包括了具体的权利义务及违约责任，均体现了双方当事人的平等、等价协商一致的合意。本案合同并未仅就行政审批或行政许可事项本身进行约定，合同涉及的相关行政审批和行政许可等其他内容，为合同履行行为之一，属于合同的组成部分，不能决定案涉合同的性质。从本案合同的目的、职责、主体、行为、内容等方面看，合同具有明显的民商事法律关系性质，应当定性为民商事合同，”
案例2：最高人民法院审理的漳浦中环天川环保水务有限公司与漳浦县环境保护局、漳浦县赤湖镇人民政府等侵权责任纠纷申诉、申请民事裁定书[（2015）民申字第3013号]认为，“本案中，赤湖镇政府作为合同当事人，与中国环境科学研究院环境技术工程有限公司就‘漳浦赤湖污染集中控制区（五金园区）电镀废水处理厂BOT项目’签订污水处理特许项目协议，对双方的权利义务进行了约定。同时，赤湖镇政府又是对本辖区环境质量负责的地方人民政府，且本案合同标的为污水处理项目，赤湖镇政府签订和履行污水处理特许项目协议是其行使公共管理和公共服务职责的方式之一，该行为具有公权力属性。赤湖镇政府在合同签订、履行过程中不得约定、实施与其行政管理职责相冲突的行为，对于特许经营者不按照协议约定提供公共服务的，行政机关可以依法取消特许经营。为此，特许项目协议在第二十六条第26.3款约定：‘甲方不得采取任何违反法律法规和本协议约定以外的行动影响乙方及项目公司对本项目的建设和运营管理。如果出现这种影响，甲方同意补偿甲方的影响而造成的任何直接损失，但为了公共安全和健康的紧急情况而采取措施除外’。本院认为，根据该约定，赤湖镇政府在发生危及公共安全和健康的紧急情况下对项目的建设和运营管理采取措施，既不违反合同约定，也不违背其行政管理职责。因此，二审裁定认定，特许项目协议第26.3款体现了赤湖镇政府作为公共事务管理者的身份，这一条款具有行政合同性质，并无不当。”
案例3：四川省高级人民法院审理的深圳鹏森投资集团有限公司与成都市锦江区业余体育学校及成都市巨能投资管理有限责任公司确认合同无效纠纷再审民事判决书[（2014）川民再终字第10号]认为，“本院认为，本案系特许经营权出让过程中引发的纠纷。本案的标的物锦江体育运动场以BOT模式对外出让特许经营权，从而让体育运动场的功能达到最优化。BOT系Build-Operate-Transfer（即建设-经营-转让）的简称，是政府通过契约授予企业以一定期限的特许专营权，许可其融资建设和经营特定的公用基础设施，并准许其通过向用户收取费用或出售产品以清偿贷款，回收投资并赚取利润的经营模式。该运作模式实质上是企业通过“授权-取得特许经营人资格-行使特许经营权的具体内容”的过程，来获得在特定条件下从事基础设施经营的资格或能力。期限届满后，企业须无偿将基础设施移交给政府。在此类经营模式中，因标的物涉及到公共基础设施而导致公、私两种利益的并存交融。本案中，成都市锦江区人民政府将锦江体育运动场交予锦江业余体校经营，并同意锦江业余体校以合同的方式将特许经营权转让予鹏森公司，并非成都市锦江区人民政府的行政行为。而是锦江业余体校以项目业主的平等主体身份将特许经营权出让给鹏森公司，属于锦江业余体校从事民商事活动的行为。因此，双方在特许经营权转让过程中发生的纠纷，应通过民事诉讼予以解决。”
