徐波/吴逵团队多组学研究提出贲门癌免疫基因组学新分型

BioArtMED · 公众号 · · 2025-02-08 14:30

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贲门癌发生于食管与胃结合部，是一种高度恶性的肿瘤，由于对常规治疗手段不敏感，其治疗效果较差。在解剖学上，由于发生于食管鳞状上皮与胃腺状上皮交界处，其分子特征既不同于食管鳞癌也不同于胃腺癌。尽管已有大量研究揭示食管或胃癌的基因组特征，但单独的贲门癌分子分型研究仍然缺乏。

近日，由重庆大学附属肿瘤医院/天津医科大学肿瘤医院徐波团队和华大基因的吴逵团队合作在 Gastric Cancer 发表了题目为 Multi‑omics sequencing of gastroesophageal junction adenocarcinoma reveals prognosis‑relevant key factors and a novel immunogenomic classification 的文章。该研究对92例贲门癌患者进行了全基因组、转录组、免疫组库以及肿瘤淋巴细胞免疫组化的多组学综合分析。结合患者5年生存率及其他临床特征与结果，发现了与贲门癌预后相关的多组学基因特征谱，提出并验证了基于免疫组学相关的新型分子分型方法，为患者个性化治疗提供了更多的理论依据。

本研究首先对本组贲门癌患者进行了全基因组测序，鉴定出了30个与预后显著相关的突变驱动基因，其中包括EPHA4、ZNF292、NTRK2等基因。然后分别使用COSMIC和de novo命名法分析了肿瘤SBS、DBS、ID、CNV和SV的基因特征，鉴定出了7个可影响预后的基因特征，包括COSMIC-SBS-384-1、De novo-DBS-78-D和De novo-SV-32-A等。

基于全基因组测序得到了19对预后有显著影响的分子特征，将贲门癌患者聚类分为 免疫炎症型 （immune inflamed, IF）、 免疫中间型 （immune intermediate, IM）和 免疫荒漠型 （immune deserted, ID）三种亚型。进一步，通过免疫组库和转录组测序分析发现免疫炎症型患者表现出更高水平的T细胞浸润、更多的免疫检查点基因表达（如PD-L1、LAG3）、TCR更多的变化及更好的生存预后。免疫荒漠型则表现为最差的免疫状态和生存期。

本研究还发现免疫荒漠型肿瘤的KRAS突变和全基因组加倍事件 (WGD) 在基因事件出现时序上发生更早。而且KRAS及PI3K-AKT相关信号通路较其他两种亚型更显著富集，这可能成为针对该亚型的潜在治疗靶点。

本研究通过对贲门癌多组学数据的综合分析，首次提出了基于肿瘤基因特征、免疫反应和患者预后的新分子分型，这突破了传统单一基因标志物的局限，进一步深化了对贲门癌的认知。

重庆大学弘深杰出学者、重庆大学附属肿瘤医院徐波教授是本文的唯一通讯作者，天津医科大学肿瘤医院马钊，华大基因李梦婷、李甫强、吴逵为共同第一作者。

全文链接： https://link.springer.com/article/10.1007/s10120-025-01585-y

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