在上期中主要介绍通过柱状图，热图，韦恩图实现对微生物群落组成分析的可视化。本期将基于扩增子测序结果多样性（α多样性，β多样性）进行可视化展示。主要包括折线图、箱线图、聚类图等。数据来源可参考之前扩增子测序分析系列之微生物多样性分析。
➤ 输入文件
：在α多样性分析中，折线图直观反映出各样品中微生物数量的多少。样品多样性指数文件（shannon.avg.txt），如下图（部分截图）：
其中，第一二三列分别表示随机抽样的序列的数目，样品名称，shannon指数。
➤
绘制图形：
data
sample1
matplot(sample1$sequence_num,sample1$index,ylab='shannon_index',xlab='Sequences Number',lty=1,lwd=2,type='l' ,col=2,cex.lab=1.2,cex.axis= 0.8)
sample2
matplot(sample2$sequence_num,sample2$index,ylab='shannon_index',xlab='Sequences Number',lty=1,lwd=2,type='l',col=3,cex.lab=1.2,cex.axis= 0.8,add=T)
……..
注：
☘ header设置文件第一行为列名
☘ seq设置读取文件分隔符为制表符（table键）
☘ wh ich(data$sample==”sampe1”):从文件中挑出sample1样品的数据
☘ sample1$sequence_num：这一列值为x
☘ sample1$index：y值
☘ ylab,xlab：分别为纵横坐标名
☘ lty,lwd,type,col,cex.lab,add分别是矢量线类型，宽度，字符串，颜色矢量,添加到当前图形
➤ 输入文件
：在α多样性分析中，箱线图清楚反映样品分组的情况。样品多样性指数文件（alpha_diversity_index.txt）。如下图：
其中，第一二三列分别代表样品名称、样品中OTU的数目、分组信息。
➤
图形实现
：
data
boxplot(observed_otus~Group, data=data, col=c('red','green'), main='OTU distribution', xlab='', ylab='Observed OTUs')
