20世纪以来，国际渔业管理组织的发展大致经历了三个历史阶段：二战后至20世纪80年代初期的管理咨询和建议时期；1982年《联合国海洋法公约》通过后至20世纪90年代初期的国际渔业管理制度形成时期；20世纪90年代以来的实施和执行国际渔业管理时期。
第一阶段：二战后至20世纪80年代初。
第二次世界大战之后，随着工业化捕鱼的快速发展，国际渔业管理组织得到初步发展。首先是为保护国际社会共同关注的鲸类资源，1946年成立了国际捕鲸委员会；之后在西方发达国家毗邻的海域或主要的捕捞作业区逐步成立了一些区域性国际渔业组织，包括美洲间热带金枪鱼委员会（1949）、地中海综合渔业委员会（1952）、东北大西洋渔业委员会（1962）、养护大西洋金枪鱼国际委员会（1969）、西北大西洋渔业管理组织（1979）、南极海洋生物资源养护委员会（1980）。
这些早期的国际渔业管理组织在协调国家之间的渔业关系和养护与管理渔业资源方面初步发展了一些国际规则，为全球范围的国际渔业管理基本原则和制度的确立，以及后期的国际渔业组织的进一步发展奠定了基础。
此阶段国际渔业管理组织的出现和发展呈现以下特点：
1.一些国际渔业管理组织的成立是为了协调国际社会共同关切物种保护和区域综合生态环境问题，例如国际捕鲸委员会和南极海洋生物资源养护委员会。
2.在渔业发达的海域，由具有政治和经济影响力的发达的沿海国和捕鱼国发起，以求通过渔业管理组织保证其相应的渔业利益，例如在北大西洋和地中海成立的渔业管理组织和美洲间热带金枪鱼委员会。
3.组织的主要功能和作用是为所属组织区域内渔业管理提供科学咨询、收集和发布信息以及提出管理措施建议，而管理措施的执行则依靠船旗国。
第二阶段：20世纪80年代至90年代初期。
1982年，《联合国海洋法公约》通过。《联合国海洋法公约》所确立的专属经济区的渔业管理制度和公海渔业管理基本原则得到国际社会的广泛认同，沿海国纷纷建立专属经济区制度并加强沿岸水域的渔业管理。由于专属经济区的范围达到沿海国领海基线量起200海里，其中所包括的渔业占世界海洋渔业的90%，这种扩大国家管辖范围的措施为渔业资源的养护、管理和协调国家之间的渔业利益冲突提供了新的解决途径。
但是，由于海洋渔业资源的洄游性和分布广泛性，因渔业问题产生的国际纠纷并没有因专属经济区制度和《联合国海洋法公约》确立的公海渔业管理制度而得到有效解决。专属经济区制度广泛实施后，大量的远洋渔船队转向公海，在专属经济区与公海邻接水域的国际渔业矛盾日益激化，尤其是捕捞跨界和高度洄游鱼类的渔业。例如，1993年3月在西北大西洋加拿大纽芬兰临近的公海发生了加拿大抓扣西班牙渔船的事件，引发了激烈的外交纠纷。
1990-1991年，世界海洋捕捞总产量在结束了过去持续增长后连续两年下降，引起国际社会的高度重视。1992年联合国环境与发展大会特别指出公海渔业管理在许多方面特别是在执行方面存在不足、渔业资源被过度利用以及海洋生态环境遭到破坏等一系列问题。
1991年联合国第46届大会通过46/215号决议，要求各国采取行动，保证自1992年12月31日起，在各大洋和海的公海海域全面禁止大型流刺网作业。1993年起联合国发起了多个涉及公海渔业管理的谈判，并通过了促进公海上渔船遵守国际养护和管理措施的协定。
由此，至20世纪90年代中期，《联合国海洋法公约》所确立的专属经济区制度和公海渔业管理基本原则所建立的公海渔业管理的执行制度，形成了国际渔业管理基本制度体系，为国际渔业管理的全面实施和执行提供了国际法律依据。在此期间，没有新的国际渔业管理组织成立，但已建立的国际渔业组织在上述渔业管理制度形成中发挥了重要作用。
第三阶段：20世纪90年代初期以后。
20世纪90年代以后，国际渔业管理进入全面实施和执行时期，国际渔业管理组织的作用受到高度重视。
国际渔业管理组织是养护与管理的国际合作，是执行和遵守有关养护和管理规定的最重要、最基本机制，要求有关国家合作设立国际渔业管理组织、加强现有的国际渔业组织。
在此背景下，国际渔业管理组织在20世纪90年代初期以后得到进一步发展，新的组织不断成立；早期成立的组织通过组织公约修改、调整，其功能和作用得到加强。新成立的组织包括：北太平洋溯河性鱼类委员会（1993）、养护南方蓝鳍金枪鱼委员会（1994）、印度洋金枪鱼委员会（1996）、东南大西洋渔业资源养护和管理委员会（2003）、中西部太平洋渔业委员会（2004）。自2005年底起，日本、俄罗斯、美国和韩国开始就北太平洋的深海渔业资源管理问题进行谈判。2006年7月《南印度洋渔业协定》被通过，该协定规定成立南印度洋渔业组织。
新时期国际渔业组织的发展呈现出以下特征：
1.新成立的与早期成立的国际渔业管理组织使全球海洋的主要渔业区域几乎全部被国际渔业管理组织覆盖。
2.国际渔业管理组织的地位大大提高，根据规定在一个国际渔业管理组织的管辖区域，只有组织成员或同意适用该组织所订立的养护和管理措施的国家（地区），才可以捕捞适用这些养护和管理措施的渔业资源。
3.组织功能和作用发生重大转变。除了提供科学咨询和管理建议外，管理措施的执行成为更为重要的组织功能。在管理措施的执行上，以要求船旗国自觉遵守和执法为基础，发展了船位监控措施、国际观察员机制、公海登临检查机制、港口国检查措施、贸易制裁手段等一系列监管措施。
4.国际渔业管理组织所议定和实施的管理措施日益具体化、细致化、严格化，一些管理措施具有强制性，例如强制性要求提供渔业统计数据等。
