PacBio 全长转录本测序发现新的前列腺癌生物标志物

生物通 · 公众号 · · 2017-07-07 17:45

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最新一期《Clinical Cancer Research》上刊登了来自美国明尼苏达大学研究团队关于前列腺癌肿瘤标志物的最新研究成果，文章题为“Androgen receptor variant AR-V9 is co-expressed with AR-V7 in prostate cancer metastases and predicts abiraterone resistance”。

该研究团队采用PacBio 全长转录本测序（Iso-Seq）的方法对前列腺癌化疗的抗性标志物——雄性受体变异体（AR-V）的转录本结构特征进行深入分析。雄性激素受体（Androgen receptor，AR）是正常前列腺细胞以及前列腺癌细胞中最主要的转录调节因子。前列腺癌患者中有多个AR变异体会发生表达，且已有研究表明，雄激素受体AR-V7是不依赖配体的转录因子，可以促进前列腺癌对AR靶向治疗产生抗性，临床上已将AR-V7作为一种生物标志物，并建立了监测和抑制AR-V7表达的方法。由于受二代测序读长的限制，无法对完整的AR及AR转录本异构体进行准确定量，因此研究人员无法搞清楚是否有其它的AR变异体与AR-V7共同表达，从而促进对AR靶向治疗的抗性。

为了解决这个瓶颈，明尼苏达大学的研究团队采用PacBio 单分子实时测序技术，无需片段化、无需组装，直接对全长转录本进行测序，确定了完整的AR及AR转录本异构体的外显子结构，并估算了它们的丰度。作者发现AR-V7和AR-V9通常在前列腺癌晚期患者中发生共表达，并且还发现，先前认为仅存在于AR-V7中的与可变剪切有关的外显子，同样存在于AR-V9 mRNA中。研究人员重新注释了AR-V9 mRNA的结构，并进一步明确了AR-V9 mRNA的高表达可作为预测前列腺癌对靶向药物abiraterone acetate发生抗性的生物标志物。

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PacBio Iso-Seq

PacBio Iso-Seq提供了直接对全长cDNA进行直接测序，无需任何生物信息学拼接，可产生完整的、明确的转录本异构体信息，准确判断可变剪切，转录起始位点、多聚腺甘酸化位点，该技术具有如下优势：

准确分析全长mRNA, lncRNA转录本特征；
发现新基因、新的转录本异构体或新的融合基因；
基于事实的基因注释，结果真实、可信；
确定样品特异性的基因模型，提高RNA-seq定量的准确性；
检测等位基因特异性的转录本异构体的表达；

基因有限公司作为Pacific Biosciences公司在中国区的独家代理商，自2011年以来将PacBio第三代单分子实时测序技术引入国内，一直为国内用户提供专业的三代测序系统的安装培训，技术支持，应用培训与售后维护工作，赢得客户的一致好评与信任。基因有限公司将一如既往的支持越来越多的PacBio用户。