后起之秀奔涌而至,欢迎大家在《生信技能树》的舞台分享自己的心得体会!
前面我们分享了
中国测序数据另外一个中心CNGBdb
以及
中科院北京基因组研究所生命与健康大数据中心
开发的原始组学数据归档库GSA (Genome Sequence Archive):
不止是NCBI的SRA可以下载测序数据
,下面让我们一起看看另外一个国产数据库吧!
1. 简介
National Omics Data Encyclopedia,NODE,国家组学数据百科全书(也太霸气了),是由中科院上海营养与健康研究所及中科院计算生物所PICB 建立的,致力于:
1)全方位的大数据服务,存储、分析、处理和分析;2)建立生物医学数据资源应用的技术架构;3)加速大数据在生物医学应用的进程。
数据库链接:https://www.biosino.org/node/
目前和NCBI 的SRA 数据库,中国的CBCB 等一样,也存储了很多的序列数据。
如之前上海单位疫情中在nature 上发表的这篇文章,就将结果也共享在了node 上:
2. 注册
令人惊讶的是,
我直接用商业邮箱(foxmail)就注册成功了:
ps:因为它说我的学生邮箱不合法,哈哈哈
甚至还会可视化你的访问记录,有点酷:
3. 高通量数据获取
可以直接通过搜索文章中的OEP 编号获取,比如OEP000155:
https://www.biosino.org/node/search
如果显示public 则可以直接访问。
可以直接点击里面的数据进行访问:
也可以下载它们:
甚至还提供了作者的分析的数据,比如突变和拷贝数数据,以及表达矩阵: