巴基斯坦的最高间谍机构，是三军情报局(简ISI)。它的主要职能类似美国的CIA，英国的秘密情报局(MI6)。
1948年，巴基斯坦三军情报局(ISI)成立，有报道称，在巴基斯坦国内，ISI被称为“国中之国”，几乎不受任何法律的约束。
据报道，ISI总部位于伊斯兰堡，由戒备森严的多栋建筑楼群组成。复杂的入口在一座私立医院旁，门前没有任何标志。楼群之间遍布草坪和喷泉。楼前有两块石碑。其中一块碑上刻着中国《孙子兵法》“用间篇”的原话：“非圣智者不能用间，非仁义者不能使间。”另一块上刻着美国名将巴顿的名言：“战争离不开欺骗。”
但是事实上，这个老牌的情报机构到底什么样，知者寥寥。据估计目前ISI约有10000名雇员，其中多数来自巴基斯坦军队。需要扩员时ISI会发布招聘广告，普通民众也可以报考，考试科目很多，重点考察考生的英语、时事政治以及分析能力。
巴基斯坦三军情报局堪称世界上最老牌的情报机构之一，它是1948年时任巴基斯坦陆军副总参谋长的英军少将考思姆成立的。20世纪五十年代期间，巴基斯坦总统可汗元帅将巴基斯坦三军情报局的职责扩大到：确保巴基斯坦的国家利益，监视反对派政客和确保军队在巴基斯坦的统治地位上。
得此“尚方宝剑”的巴基斯坦三军情报局如鱼得水，开始与外国和国内其他情报机构协作，全面展开绝密的情报活动：监视巴基斯坦的政客、外国人、外国驻巴外交官，媒体和巴基斯坦驻外国外交官的行踪，截收和破译电子通讯，实施秘密攻击行动。
由于巴基斯坦三军情报局拥有如此无限的权力，所以很快发展成一个既不受军方领导，也不听命于总统和总理的“国中之国”，贪污、腐败和滥用黑钱的传闻不断。因为巴基斯坦三军情报局如此无法无天，所以在相当长一段时期里，谁也不敢提这个神秘的情报间谍机构，甚至不敢承认它的存在。
巴基斯坦三军情报局的任务是收集国外和国内情报，协调巴基斯坦三军情报局，并负责对本局干部、外国人和媒体、政治活跃分子、驻巴的外交官和巴驻国外的外交官进行监视。
据报道巴基斯坦三军情报局有10000名军官和参谋人员，这不包括线人，它有六到八个下属部门：
1、联合情报处 X (JIX) 是它的秘书机构，负责ISI其他机构和外派机构的协调和提供行政支持。它还负责准备情报评估和威胁评估。
2、联合情报处(JIB),负责政治情报，在1980年代后期是ISI最有权力的部门。JIB下面有三个单位，其中一个负责对印度的行动。
3、联合反情报处(JCIB) 负责实地监视驻扎在海外的巴基斯坦的外交官以及对中东、南亚、阿富汗和前苏联的穆斯林共和国的情报活动。
4、联合情报/北方处(JIN) 负责查谟和克什米尔的行动，包括渗透、宣传和其他秘密行动。
5、联合情报综合处 Miscellaneous (JIM) 负责在国外实施间谍活动，包括攻击性的情报行动。
6、联合信号情报处(JSIB)，包括无线通信、监视和照相的副局长，管理沿印度边境设立的信号情报收集站，为克什米尔的作战民兵提供通信支持。
7、联合情报技术处，负责除通信情报外所有技术情报，并对其进行分析处理。除了这些主要部门外，巴基斯坦三军情报局还包括独立的爆炸和化学战部门。
9·11之后，ISI大展身手，一跃成为世界谍海强手，取得了令美国中情局都嫉妒的战绩。据报道，9·11众多嫌疑犯中，绝大多数是由他们逮捕的，其中包括哈立德、拉姆齐和祖巴达耶三大“基地”巨头。
2002年9月16日，号称“拉登第二”的拉姆齐落网，当时他正在巴基斯坦卡拉奇市的一套公寓里，此前巴基斯坦三军情报局截听到他的一个电话，随即发现了他的行踪。当时，巴、美特工经过4个小时枪战，才将其制服并活捉。
据披露，巴三军情报局谍报手段不胜枚举，还包括不少“独门暗器”，这也是其屡立战功的原因所在。其中，在敌人内部安插卧底，或者发展“线人”堪称一绝。据说，其负责北方事务的情报处及联合信号情报处，对阿富汗及塔利班了如指掌。
早在“9·11”前，他们就已在阿富汗建立了情报网络，有很多“线人”提供情报，还有特工打入“基地”内部。美国也一直相信，三军情报局是找到本·拉登的关键所在，希望它能提供拉登据点的位置。此前有报道称，中情局正同巴方合作，在阿富汗展开策反活动，利用金钱收买“基地”成员。
三军情报局窃听技能也很高超。据披露，它在国内许多地方，特别是巴印边境，建有大量侦听设备，境内电子通讯都能监控到，对于一般的座机、手机，更是不在话下。据说，他们无须在对方手机添加任何设备，就能窃听目标手机的通话内容，且还能让对方手机在不响铃的情况下自动接通，把其周围一切声响尽收耳中。
2003年3月，“基地”组织三号人物、“9·11”事件“总策划”哈立德在巴基斯坦落网，轰动了全世界。据披露，当时哈立德生怕电话泄露行踪，一直不敢使用公寓内座机，而是用手机联络，且经常更换手机号码。后只因他的助手没有及时更新手机号码，并在通话中提到了哈立德化名，随即被三军情报局监听到，很快便束手就擒。
近年，为协助巴基斯坦反恐，美国一直支援三军情报局。据报道，美向巴方提供的支援包括动用间谍卫星、E-8C电子侦察机和“捕食者”无人侦察机，追踪“基地”组织残余武装，还使用RC-135侦察机窃听“基地”组织手机信号。另外，三军情报局还使用美国制造的直升机和精密地面传感器等装备，并分享美军U-2高空侦察机获得的情报。
据悉，美军的精密地面传感器可以通过感应震动，记录山路上行驶车辆的数量和测量其行车路线。2003年底，穆沙拉夫遭遇第三次暗杀，当时其车队刚驶过一座大桥几秒钟，桥面就发生剧烈爆炸，据说正是美方提供的无线电信号干扰器发挥了作用，延迟了桥下炸弹的爆炸时间，让穆沙拉夫得以躲过一劫。
据印度媒体报道，三军情报局还有不少动物间谍，它们经常“奉命”搜集情报。前些年，印度就曾捕获巴“间谍鹰”，这种鹰经过严格训练，在它的身上装有一个小型天线和发报机。由于鹰行动自如，加上不易被人怀疑，因而经常穿越印巴边境，在印度眼皮底下“大摇大摆”地刺探情报。
实际上，巴三军情报局是个备受争议的机构。尽管近年它致力于反恐斗争，但仍旧遭到西方媒体的非议。出现这种局面原因很多：一来，由于它素来权力超大，在巴国内被称为“国中之国”，自身形象不好；二来，西方曾指责其与“塔利班”过往甚密，甚至将本·拉登的逍遥法外，也归咎于它的有意庇护。
此外，还有一个重要原因。就是在上世纪80年代它曾和中情局联手，帮助激进分子前往阿富汗，跟侵阿苏军浴血奋战。据披露，苏联入侵阿富汗后，美国秘密支持阿富汗游击队，与苏联对抗。当时，巴基斯坦是美国援阿的中转站，美国援阿武器都是先运到巴基斯坦，由三军情报总局负责监管，后提供给阿富汗游击队。除武器外，美国还为阿游击队购买了药品、食品、服装，也都是由三军情报局经办的。而且，中情局还在伊斯兰堡建立了设备精良的情报站，刺探苏军在阿富汗的一举一动。
还有，印度多次指责三军情报局支持克什米尔武装分裂分子，并咬定其利用印控区内许多居民信仰或同情伊斯兰教的特点，积极发展教徒从事谍报工作；不计报酬、不惜代价的“教徒情报员”，为其情报活动带来极大便利。
面对非议和指责，三军情报局官员大呼冤枉，因为如今他们不但不支持极端分子，还同美国合作追缉他们。2002年初，穆沙拉夫决定改组三军情报局，解散与伊斯兰激进组织关系密切的阿富汗行动处和克什米尔行动处，遣返40%人员回原部队单位。另外，三军情报局的一些机密部门，也被移到中央调查局去，以防三军情报局权力过大，再出现“国中之国”局面。这一举动，充分体现了穆沙拉夫为避嫌而采取行动的坚定决心。
其实，造成三军情报局今天这样的形象，主要是历史和过于神秘的原因。长期以来，三军情报局只闻其声不见其形，但它却时刻影响巴基斯坦政局，甚至决定巴基斯坦的命运，因此，有关它的种种传闻满天乱飞，也属正常现象。然而，虽然众说纷纭，但从情报战绩来看，三军情报局可谓战功卓著。
巴基斯坦民众将本国的情报机构描绘为“看不见的政府”、神秘的教父。直到今天，国际情报界也弄不清这个神秘的情报机构究竟是什么样。
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