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拿捏农学转录因子研究，最新DAP-seq发文思路！

基迪奥生物 · 公众号 · · 2025-02-19 18:00

正文

基迪奥特色产品 DAP-seq （DNA affinity purification sequencing），用于研究蛋白质-DNA相互作用，无需特异性抗体，即可以通过体外合成蛋白的方式快速识别转录因子结合位点，完美解决ChIP-seq之痛！目前项目数已累积1000+，多农学物种成功发文，平均IF＞7！上期项目文章分享：《如何进行DAP-seq研究？超绝转录因子研究利器！》。

本期继续为大家分享最新合作项目文章以供参考，涉及金针菇、梨、芒果、白菜、玫瑰、牡蛎等农学物种。基迪奥DAP-seq产品能为客户提供稳定的技术质量、精细的数据挖掘、完整的研究方案以及一对一高质量技术售后，欢迎有测序意向的老师随时与我们联系。

案例1

DAP-seq研究FfMYB13的下游靶基因及其在细胞壁代谢相关通路

英文题目： Genome-wide identification of the MYB gene family and FfMYB13 regulation analysis in cell wall synthesis underlying tissue toughening process of yellow Flammulina filiformis stipes

发表期刊： Int J Biol Macromol

发表时间： 202502

影响因子： 7.7

物种样本： 金针菇

公司产品： DAP-seq

DOI： 10.1016/j.ijbiomac.2024.138660

合作单位： 山西农业大学

MYB转录因子（TFs）在真菌生长、发育、应激反应和次生代谢中起重要作用。氧化损伤水平诱导的细胞壁聚糖重塑对于黄色金针菇子实体成熟阶段的菌柄质量至关重要。这项研究鉴定了15个金针菇 MYB（FfMYB），这些FfMYB 基因不均匀地分布在六条染色体上。系统发育分析表明，15个FfMYBs与现有模式真菌亲缘关系密切，而与拟南芥的亲缘关系较远。基于表达分析，分离出一个名为FfMYB13的MYB TF，并鉴定为结合 Ff-FeSOD1 启动子的潜在调节因子，这与黄色 F. filiformis 菌柄的组织硬化呈负相关。DAP-seq分析表明，FfMYB13的下游靶基因在细胞壁代谢中显著富集。EMSA和双荧光素酶报告实验结果表明，FfMYB13 作为上游转录调控因子，激活了 FfKRE6 、 Ffgas1 、 FfHYD-1 和 FfGFA1 四个细胞壁合成代谢相关基因。此外，FfMYB13还可能通过激活 Ff-FeSOD1 来抑制氧化损伤，从而对组织增韧产生负面影响。

Fig1 FfMYB13下游靶基因的筛选

案例2

RNA-seq+DAP-seq研究调控梨果实品质的转录因子

英文题目： A transcription factor, PbWRKY24, contributes to russet skin formation in pear fruits by modulating lignin accumulation

发表期刊： Hortic Res .

发表时间： 202502

影响因子： 7.6

物种样本： 梨

公司产品： DAP-seq，RNA-seq

DOI： 10.1093/hr/uhae300

合作单位： 青岛农业大学

果皮颜色是梨（ Pyrus ）果实外观品质的主要特征之一，影响水果商品价值。赤褐色果皮保护梨果免受环境胁迫，其形成过程与木质素积累密切相关。然而，梨果实中赤褐色果皮形成的分子调控网络涉及复杂的次级代谢途径，仍难以捉摸。该研究基于转录组测序、共表达网络分析和基因表达谱分析，探索了梨皮中木质素积累的调控机制。作者发现了一个WRKY转录因子基因 PbWRKY24 ，它调控梨果实赤褐色果皮的形成。 PbWRKY24 在赤褐色梨皮中的相对表达量与木质素含量显著相关。随后，作者通过遗传转化验证了 PbWRKY24 在木质素积累中的功能。DAP-seq显示，PbWRKY24直接与木质素生物合成基因 PbPRX 4 的启动子结合。酵母单杂交、双荧光素酶和电泳迁移试验证实了这种结合。在梨皮中过表达 PbPRX4 会刺激木质素的积累，从而促进赤褐色果皮的形成。本研究揭示了梨果实赤褐色果皮形成过程中复杂的木质素生物合成机制，对梨果实品质育种具有重要的现实意义。

Fig2 PbWRKY24可直接与 PbPRX4 的启动子结合，从而增强其转录

案例3

DAP-seq揭示褪黑素通过MiWRKY45转录因子调控防御相关基因，增强芒果对 Colletotrichum gloeosporioides 的抗性

英文题目： Melatonin induces resistance against Colletotrichum gloeosporioides in mango fruit via regulation of defense-related genes by MiWRKY45 transcription factor

发表期刊： Int J Biol Macromol

发表时间： 202501

影响因子： 7.7

物种样本： 芒果

公司产品： DAP-seq

DOI： 10.1016/j.ijbiomac.2024.138606

合作单位： 海南大学

由炭疽菌（ Colletotrichum gloeosporioides ）引起的炭疽病是导致芒果果实采后损失的主要疾病。褪黑激素（MT）在植物中具有多种生理功能。本研究探讨了外源MT对芒果对 C. gloeosporioides 抗病性的影响及相关分子机制。1 mmolL ⁻¹ 的MT处理限制了接种 C. gloeosporioides 的芒果炭疽病的扩张，这与防御相关指标水平升高有关，包括PAL、4CL和POD的活性， MiPAL 、 Mi4CL 和 MiPO D 的表达以及总酚、类黄酮和木质素的含量。对15个 MiWRKY 成员的RT-qPCR分析显示， MiWRKY45 响应MT+ C. gloeosporioides 的表达最高。基于亚细胞定位和转录激活测定，MiWRKY45转录因子被鉴定为细胞核定位的转录激活因子。DAP-seq、酵母单杂交（Y1H）和双荧光素酶报告基因（DLR）验证了MiWRKY45与W-box motif结合并激活了 MiPAL 、 Mi4CL 和 MiPOD 的表达。瞬时转化分析表明，MiWRKY45 能正向调节苯丙烷途径，从而增强芒果抗性。这些结果表明，MiWRKY45作为一种正调控因子，参与了MT诱导的芒果抗炭疽病的过程。

Fig3 MiWRKY45结合位点的DAP-seq分析

案例4

RNA-seq+DAP-seq揭示新型MAPK/ERK磷酸化位点Ser74调节牡蛎的温度适应

英文题目： Novel Ser74 of NF-κB/IκBα phosphorylated by MAPK/ERK regulates temperature adaptation in oysters

发表期刊： Cell Commun Signal

发表时间： 202411

影响因子： 8.2

物种样本： 牡蛎

公司产品： DAP-seq，RNA-seq

DOI： 10.1186/s12964-024-01923-0

合作单位： 中国科学院海洋研究所

Ser32和Ser36的磷酸化控制IκBα的降解是后生动物免疫核心信号通路NF-κB通路的保守级联机制，但它对非生物胁迫的反应和其他物种中是否存在新的磷酸化机制仍不清楚。该研究报道了牡蛎主要IκBα处一个新的热诱导磷酸化位点Ser74，它独立调节泛素化-蛋白酶体降解，而不需要S32和S36位点的磷酸化。该位点被ERK/MAPK通路磷酸化，然后促进REL 核转位以激活细胞存活相关基因以抵御热应激。MAPK-NF-κB级联反应在两种栖息地温度不同的同类牡蛎物种之间表现出不同的热响应和适应模式，表明它参与了温度适应的形成。这项研究表明，海洋无脊椎动物中存在复杂而独特的磷酸化介导信号转导机制，并扩展了我们对既有经典通路串联机制的进化和功能的认识。

Fig4 在 C. gigas 和 C. angulata 的热应激期间，下游基因受 Cg REL的差异调控

案例5

DAP-seq揭示BcWRKY25-BcWRKY33A-BcLRP1/BcCOW1模块促进小白菜根部发育以提升其耐盐性

英文题目： BcWRKY25-BcWRKY33A-BcLRP1/BcCOW1 module promotes root development for improved salt tolerance in Bok choy

发表期刊： Hortic Res.

发表时间： 202501

影响因子： 7.6

物种样本： 白菜

公司产品： DAP-seq

DOI： 10.1093/hr/uhae280

合作单位： 南京农业大学

根系发育是一个复杂的过程，涉及植物激素和转录因子。以往研究表明，盐胁迫下， BcWRKY33A 在白菜根中显著表达，而 BcWRKY33A 的异源表达增加了转基因拟南芥的耐盐性并促进了根系发育。然而，BcWRKY33A控制根发育的确切分子机制仍然难以捉摸。在这里，作者研究了 BcWRKY33A 在转基因白菜根伸长和根毛形成中的作用。过表达 BcWRKY33A 刺激根生长并稳定根毛形态，而沉默 BcWRKY33A 阻止初级根伸长并导致根毛形态异常。同时，研究发现BcWRKY33A直接与 BcLRP1 和 BcCOW1 的启动子结合，导致它们的表达上调。在转基因白菜根中， BcLRP1 和 BcCOW1 转录水平的增加分别改善了主根伸长和根毛形成。此外，作者确定 BcWRKY25 是一种NaCl反应基因，直接刺激 BcWRKY33A 响应盐胁迫的表达。所有结果都阐明了BcWRKY25-BcWRKY33A-BcLRP1/BcCOW1模块控制根系发育的调控机制，并提出了提高白菜耐盐性的潜在策略。

Fig5 大白菜中BcWKRY33A蛋白的DAP-seq分析

案例6

DAP-seq揭示MYC基因 RrbHLH105 通过调节海藻糖磷酸信号传导促进玫瑰中盐胁迫诱导的香叶醇

英文题目： The MYC Gene RrbHLH105 Contributes to Salt Stress–Induced Geraniol in Rose by Regulating Trehalose‐6‐Phosphate Signalling

发表期刊： Plant Cell Environ

发表时间： 202503

影响因子： 6

物种样本： 玫瑰

公司产品： DAP-seq

DOI： 10.1111/pce.15266

合作单位：

拿捏农学转录因子研究，最新DAP-seq发文思路！

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