MuTect&MuTect2
都是
GATK
下的一个子模块，
MuTect2
采用突变热点局部重比对和贝叶斯统计的方法，实现对
INDEL
的变异提取（
MuTect
不能提取
INDEL
），然后通过过滤
cosmic
数据库和
dbSNP
库、以及自己构建的
Panel of Normals (PoN)
（一般省略，很少有人自己构建），去除正常样本中的突变位点，最终得到高可信度的体细胞变异信息。
MuTect2
适用于
panel
和
WES
的肿瘤对照分析，不过速度相当慢，
WES(
白细胞
100
层
VS
组织
500
层
)
要
2
天的时间（因为只支持单线程，同
HaplotypeCaller
），
WGS
没跑过，估计更慢。对于小
panel
，深度测序，则需要调整参数，否则会得到空
VCF
文件。现在举一个小
panel
的例子对此说明。
之前本人做了
100
多个基因的
panel
，做的是
ctDNA
和白细胞对照测序，各
10000
层。自己搭建了
pipeline
，开始用默认参数，跑了
2
天流程，
VCF
文件还空空如也。此流程跑
500
层的
WES
却能正常工作。后来
google
研究，找到了原因，又去查官方文档，得到了验证。原来
MuTect2
默认参数设置很严格，
max_alt_alleles_in_normal_count
默认为
1
，也就是白细胞里只要发现
1
个变异，
MuTect2
就会认为该变异不属于
somatic
变异，并将其扔掉，试想
10000
层的深度，那还不全扔掉啊！这里推荐
max_alt_alleles_in_normal_count
参数设置为
1000
。同理，
max_alt_allele_in_normal_fraction
默认为
0.03
，建议改为
0.1
，这样就能保证即使
1000
起不到作用的时候（比如测序深度
<1000
层），也可以通过
0.1
过滤。
Variantfilt
官方暂时不推荐，因为在
GATK4.0
版会有新工具专门用于变异过滤，详情可参考
https://gatkforums.broadinstitute.org/gatk/discussion/9429/mutect2-and-vqsr-anyway-of-calling-vqslod-for-mutect2
10000X深度ctDNA测序，假阳性的变异多为：
C>A
与
G>T
突变（请读者思考为什么？）
对于
ctDNA
，面对这么多的假阳性（
oxidative DNA damage
，参考文章
Discovery and characterization ofartifactual mutations in deep coverage targeted capture sequencing data due tooxidative DNA damage during sample preparation
）我们就束手无策了吗？恐怕是的，暂时只能这样。
MuTect2
流程模板如下：
1
、创建
Panel of Normals (PoN)
2
、
Tumor/Normal variant calling
--max_alt_alleles_in_normal_count 1000 \
--max_alt_allele_in_normal_fraction 0.1
（不要忘了最后
2
条）
后记：
多说一句，鉴于MuTect2运行速度过慢，小panel可以跑，WES勉强跑，WGS严重不推荐；或者
有
2
种（都是
GATK
开发的）办法可以改进，一种是通过
QUEUE
，还有一种是
WDL
。这里推荐用
WDL
，可以在本地、服务器、云平台上运行，是大趋势。
