1968年4月下旬，距离五一劳动节还有两天，陆定一被移送到秦城监狱。这是他第一次尝了牢狱的滋味。革命40多年了，在白区做秘密工作随时都准备进监狱，但终于一次次地化险为夷。这次真的进了监狱了，不幸的是，他进的是共产党的监狱。这座监狱是50年代建造的，专门关押判处重刑的政治犯。
陆定一对我们说了一个颇有讽刺意味的事情：这座监狱是原公安部副部长杨奇清主持建筑的，文革中杨奇清也被抓到这里来了。
陆定一被两个汉子挟上一部吉普车，风驰电掣地来到秦城监狱，一道门、两道门、三道门都过去了，车子停在院子里，下了车后，他环顾四周，弄不清这里究竟是什么地方。但没有等他看清究竟，他就被带到一间屋子里。
在这里，陆定一脱去身上的衣服，换上黑色的囚衣，钢笔、手表也都被留下了。这里有几座楼房，他被带进其中的一座，楼中通道两旁，铁门上都挂着一把锁。押送他的人把一个小门打开，“哐当”一声，铁门又关上了。陆定一心里明白了，他已经成为真正的囚犯了。实际上，他失去自由已经两年了。1966年5月8日他从安徽回到北京，住在安儿胡同1号，他开始被软禁，后来又被送到看守所以及几处叫不出名字的地方，更是没有任何的人身自由。这次被关进监狱，成了名副其实的囚犯，却没有过一纸判决书，也不知道自己犯的是什么罪，只有陈伯达、谢富治、吴法宪的一个同意逮捕的批示，就被抓进了监狱。
陆定一愤怒了。“嘭、嘭、嘭!”他敲打着牢房的门，大声喊道：“我犯了什么罪?岂有此理!” 没有人理会他。只听到“啪搭”一声，牢房里的电灯亮了。一个灯泡高高地悬在天花板上，发出了并不太亮的灯光。牢房的门上，挂着一块牌子，上面写着“68164”。
它有特定的含义：68——入狱时间，1968年；1——特等犯人；64——这个囚犯的编号。在这个监狱里，陆定一的名字被这个68164所代替了。牢房大约只有6平方米，是个单人的囚室。靠墙放着一张木板小床，床很低，离地面只1尺左右。角落里有个小水池，供盥洗之用，没有马桶，只是在水池边设有一个水泥便池，大小便之后，舀一勺水冲就完事了。房有两道门，里边是铁栏门，外边一道是木头门，门有窥望孔，下面有个6寸见方的小门，用来打水打饭。一个很小的窗子，高高在上，站在地上伸手也够不着。装在天花板上的电灯，开关却安在门外，由看守控制。这个电灯彻夜不关，以便于看守看到囚犯是在睡觉还是在干什么。每天供应三次开水，每次一杯。囚犯要严格遵守作息时间，每天早上7时哨音一响，即起床，晚上9时听哨音睡觉。平时不能躺在床上。每天有一次放风，地点在牢房外地坪上，用墙隔成许多小格，犯人单独地放出来，走进自己那个小格里，谁都见不到别人。两行小格，一个挨一个，活像猪圈。只有站在高处的看守人员能看到犯人们的活动。犯人的伙食极坏。
陆定一进了监狱，而审讯他的专案组却一直没有撤销，审讯也仍在继续进行。有时三更半夜突然要提审他，仍然是那几个老题目。讯问完叫他回牢房写材料。有时材料写好了，交给专案组，专案组的人看也不看，当着陆定一的面把它撕掉，简直是在耍弄人。这样的牢狱生活一年、两年、三年，周而复始地过着，没有正式审判他犯了什么罪，也没有说明判多少年，要坐几年牢，就这样不明不白当无限期的囚徒。他没有书可以阅读，也看不到报纸，与外界完全隔绝。
有一次，专案组看到他的申诉，暴跳如雷，大骂他企图翻案，决定要给他一点颜色看。于是，陆定一被第二次带上手铐，连吃饭、睡觉、大小便都不给松铐，只有在半个月一次的洗澡时才被摘下来，半小时后洗完澡又立即被带上。铁铐套在手腕上，皮肤被磨破，露出鲜红的肉，钻心一样地疼痛。他把衣袖塞到手铐里，连衣袖也被磨破，殷红的血水渗在袖上。
长期囚禁在单人牢房里，容易出现两种情况：一是缺乏人与人之间的交流，精神会失常；二是除了审讯之外，没有人和他说话，可能失去说话的功能。陆定一也担心他会出现这种现象，于是他想办法避免。办法之一是他常想一些可笑的事情来哈哈大笑，想不出什么可以笑的，就学京戏中的大花脸，发出哈哈的笑声。办法之二是唱京戏，既发出声音，又让舌头转动，因此他蹲了十几年监狱，并未失去说话的功能。
1972年12月，有一天，陆定一被传唤到了监狱的办公室，那里有三个人等着，向他传达说：中央接到反映，说监狱里有人搞法西斯，搞法西斯是不对的，伟大领袖毛主席有最高指示：法西斯式的审讯制度应该废除。今后如有打骂、刑讯逼供等情况，你们可以讲出来，也有权直接向中央控告。陆定一立即不客气地说：“有呀!我意见多得很，动不动就给人带手铐不就是法西斯。多年来专案组的负责人法西斯罪行很多，刚才说的只是一个例子。” 后来他才知道，被关在这座监狱的原中共北京市委书记刘仁，戴了两年手铐，被活活铐死了。陆定一思忖，有谁能关心秦城监狱这些囚犯？原来是原铁道部副部长刘建章被关押出狱后，冒死上书毛泽东，将监狱里种种残酷现象和刑讯逼供等一一揭露出来。周恩来才派了人来，不准在秦城监狱搞法西斯。然而监狱里的情况并没有多少改善。
1975年11月12日，中央政治局举行会议，讨论陆定一的问题。
会议给陆定一定下三条罪状：
一、阶级异己分子；二、反党分子；三、内奸嫌疑。
会议还作出“永远开除党籍”的决定决议被作为中共中央1975年25号文件下发全国，党内外都传达了，直到居民委员会。
为什么在这个时候对陆定一作出如此严厉的处置呢?因为他一直拒不承认强加给他的罪名。文件同时也决定：释放陆定一出狱，离开北京，放回原籍，每月发二百元生活费养起来。自从1966年5月8日被软禁算起，到此时已经9年多了，能够出狱回家，这不是好事吗?不，你要出狱，先要对这些决定签字，这就等于承认自己是阶级异己分子、反党分子。陆定一拒绝签字。
孩子们并没有看到父亲。问专案组的人，他们说是：“他自己不愿意出来。”
坐牢的人不愿意出来，哪有这等咄咄怪事。
原来事情是这样：1975年12月24日，专案组全体6人来到秦城监狱，由组长向陆定一宣布：“中央政治局于1975年12月11日开会通过决议，开除你的党籍。”
他的罪状共三项十三条：
第一条：世代做官。
第二条：陆的父亲说过一句话：“两面有人也好。”
第三条：陆在20年代写给叔父的信上有“光耀门第”一句话。
第四条：陆写了一个字据，接受父亲的遗产。
以上四条罪状，合成第一顶帽子：“阶级异己分子”。
第五条：说秦始皇统一中国是做了好事，又说秦只有17年。
第六条：1959年庐山会议前，在火车上彭德怀找陆谈过话，陆向他提供材料。
第七条：陆对其弟陆亘16岁时的变节行为写得轻了。
第八条：陆说严慰冰不是反革命而是精神病。
以上四条罪状合成第二顶帽子：“反党分子”。
第九、十、十一、十二条罪状，各说一个特务头子每人有一句或半句话，与陆在刑讯时的假供词有相同或相似之处。
第十三条罪状：1933年上海共青团中央被破坏，是从陆所知道的惟一的机关开始的。
以上五条合成第三顶帽子：“重大内奸嫌疑”。
专案组向他宣布：中央决定放你出狱，离北京回老家，每月发给200元生活费。自由诚可贵，政治生命更重要，陆定一当时即向专案组人员提出质问：“‘重大内奸嫌疑’——‘嫌疑’怎么可以定罪?怎么就能开除我的党籍?还要不要证据?”
专案组张口结舌，无言以答。他们要陆定一回牢房去，陆定一继续义正辞严地逐条驳斥，专案组招架不住，自己走了。
陆定一坚持申辩、上告，只好在监狱里再蹲下去。
1978年11月，《人民日报》总编辑秦川将陆德给党中央的一封信：《申诉父母冤情和请求两位老人出狱》在“内参”发表，并在召开十一届三中全会预备会议前，送给了在京的领导同志和中央委员。
在胡耀邦安排下，1978年12月2日，一位中组部的副部长和一位公安部的副部长把陆定一接了出去。至此，陆定一失去自由近13年。
