上海生科院科学家合作开发一种增强型基因组碱基编辑器

上海生科院科学家合作开发一种增强型基因组碱基编辑器

近日，中国科学院－马普计算生物学研究所杨力研究组与上海科技大学陈佳研究组、杨贝副研究员开展合作研究，利用共表达尿嘧啶糖苷酶抑制剂（uracil DNA glycosylase inhibitor, UGI）的方法，开发了一种基于碱基编辑器3（base editor 3, BE3）的增强型碱基编辑器（enhanced base editor, eBE），实现了更高准确度的基因组单碱基编辑。相关成果“Enhanced base editing by co-expression of free uracil DNAglycosylase inhibitor”，于8月29日在知名学术期刊《细胞研究》（Cell Research）上在线发表。

近年內兴起的CRISPR/Cas9基因编辑技术利用可设计的Cas9核酸酶通过碱基插入、缺失或替换等方式，对生物体基因组DNA特定片段进行改造，进而实现对靶基因的编辑。传统的CRISPR/Cas9基因编辑技术虽然具有较高的基因敲除效率，但其在执行碱基替换（对譬如基因突变进行矫正）的效率通常很低，这也限制了CRISPR/Cas9基因编辑工具从科研向应用的全面转化。近期发展出的碱基编辑（baseediting）系统，由CRISPR/Cas9和APOBEC胞嘧啶脱氨酶两个独立的体系整合而成，可在基因组靶向位点实现由胞嘧啶（cytosine, C）向胸腺嘧啶（thymine, T）的编辑改造（Komor et al., 2016, Nature）。其中，BE3虽然实现了较高的C至T编辑效率，但是也伴随着较高水平的非目的性碱基插入或缺失（insertion/deletion, indel）和C至A或G的编辑副产物，这些都显著地降低了碱基编辑器在基础研究和临床上的深入应用。在这项最新的研究中，科研人员在前期对BE3导致非目的性突变机制探索的基础上，利用共表达UGI的方法，成功开发出了增强型基因组碱基编辑器－eBE。利用多种UGI与BE3共表达的策略，eBE实现了更高精度和更高效率的碱基编辑，为碱基编辑技术在基础研究及未来临床领域的深入应用提供了新方法和新思路。

杨力研究员长期从事组学系统生物学和计算生物学研究。该项最新研究成果在陈佳教授、杨力研究员和杨贝副研究员的共同指导下，由杨力研究组研究助理薛尉和上科大2015级研究生王丽洁、严磊作为共同第一作者主要完成。该项研究得到自国家自然科学基金委、科技部、上海市科委和上科大科研启动基金的共同支持。 (科技处)

论文链接： http://www.nature.com/cr/journal/vaop/ncurrent/full/cr2017111a.html