上一期我们讲到了使用
Dockey
进行分子对接，发现大家对对接结果进行可视化比较感兴趣，因此更新一期使用
PyMOL
进行可视化的教程。
PyMOL
软件依赖
Python
环境，因此我们先下载
Anaconda
（
www.anaconda.com/download
），进入界面后，点击
Skip registration
跳过输入邮箱，直接进行下载。我们挑选
Python 3.12
进行下载（因为
PyMOL
版本要与
Python
版本一致）。
选择对应的系统版本进行下载，我们挑选
Python 3.12
进行下载（因为
PyMOL
版本要与
Python
版本一致）。安装没有特别注意事项，记住安装路径就行了。
作者本人喜欢用
Pycharm
来操作
Python
，因此再介绍一下
Pycharm
下载（
www.jetbrains.com/pycharm/download/?section=windows
），选择
Pycharm
社区版本进行下载，可以免费使用，如果下成
Professional
版本则只能免费试用
7
天。安装成功后打开，
安装成功后打开，点击
File-Settings
。
点击
Add Interpreter
，导入刚才下载的
Anaconda
中的
python.exe
。
至此
Python
安装完毕，下面开始安装
PyMOL
。回到
Pycharm
界面，点击左下角
Terminal
，如红圈所示分别下载
pmw
以及
pyqt5
（
pip install pyqt5
）。
下载兼容
Python3.12
和
windows64
位的
Pymol wheel
文件（我们已经帮大家下载好了，大家关注，回复
pymol
即可）。
输入，记住要输入
wheel
文件的具体路径，作者已经将
wheel
文件放入
Python Project
工作路径中。
pip install --no-index --find-links=
"%CD%"
pymol_launcher-
2.6
-cp312-cp312-win_amd64.whl
pip install --upgrade --no-deps pymol-
2.6.0
a0-cp312-cp312-win_amd64.whl
继续输入
where.exe pymol
pymol
就可以打开PyMOL了。
点击File-Open打开之前分子对接的结果文件。
点击Display-Sequence，展示序列。一般小分子都在序列的最前面或者最后面。
选择小分子
点击右侧sele-A-rename selection,将其重命名成chem。
同样的选择除小分子外所有序列，将其命名成pro
点击chem-A-find-polar contacts-to ohter atoms in object，图上会出现黄色的虚线，这是氢键的对象。
再点击pro-S-sticks，就可以看到和氢键作用的大分子残基。
点击选中作用的残基，重命名为res。
点击pro-H-sticks，关闭大分子sticks展示。同时点击res-S-sticks，打开残基sicks展示。
至此我们分子对接结果的可视化就完成了，大家可以根据自己需求更改背景色，调整组件颜色来进行美化。
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