如何0基础部署R的shiny app

Why we need visualization by web

目前的单细胞实验文章，大家都会习惯把自己的数据做成一个数据库的形式，方便读者进行检索，那么（零基础的）我们该如何做一个网站来展示我们的数据结果呢？

例如我知道身边的洲更同学(www.xuzhougeng.top)就做了两个工具网站，美观且实用，有兴趣的大家可以点进去一览究竟：

1. BSA(http://xuzhougeng.top/BSA)

2. RNA-seq(http://xuzhougeng.top/RNA-seq-downstream-analysis/)

Which tools to use

作为一个R语言的使用者，我很庆幸前人在此领域已经进行了极大的开拓，Rstudio的工作人员开发了shiny这个包来进行数据的交互可视化，并且我们可以将其部署到server上与读者进行分享

当然，本次课程的目的不是教你怎么用shiny写app，毕竟Rstudio上的教程已经写的很清楚了，并且Rstudio(https://shiny.rstudio.com/gallery/)官方就给出了很多的示例以及在showmeshiny(https://www.showmeshiny.com/)里也有很多包含了code的示例app

所以本次介绍的是（零基础的）我们使用shiny开发一个工具网页

What do you need to build a shiny web

a server or some money

事实上，用户可以在自己的PC上就可以完成一个shiny app的编写，但是问题就在于当你运行shiny以后，你打开浏览器是监听本地端口的，别人没有访问你电脑的权限，所以你是没有办法让别人看到你的数据或者使用你编写的工具的，在这种情况下，你可以拥有两个基本选项：

1. 将你的shiny app以代码的形式分享给别人

• 可以使用 runUrl , runGithub , runGist 等函数获取在线app
• 优点：简单，只需要代码传输就可以了，例如GitHub
• 缺点：需要别人会用R（如果有大的数据量的话，就会比较麻烦）

• 有点：友好的交互形式，只要有网就可以查看数据或者使用工具
• 缺点：你需要有一点基本的网页配置知识和一些硬件

我们的选择是2，让别人无门槛的访问我们的shiny app

那么，将你的shiny app以网页的形式分享给别人需要哪些硬件呢？

• 一台联网的服务器
• shiny app代码编写及测试的能力
• 一个善于尝试及摸索的大脑

以上三个条件的重要性依次递增

By which way could we build a shiny web

目前有三种方法可以到达我们的目的，依次为：

1. 【可能是最简单的白嫖方法】使用shiny官方出版的shiny app托管服务即shinyapps.io(http://www.shinyapps.io/)，无需你配置服务器以及设置参数，只需要点点鼠标，上传你的shiny app就可以啦，而且免费账户就有可能满足你的需求了（免费托管五个app aplications），白嫖万岁（再不行就花点钱，哪怕*呢）
2. 【高阶用户的首选】使用RStudio Connect(https://www.rstudio.com/products/connect/)，如果你是营利性的目的，并且数据不准备公开（密码登录授权等），那么RStudio Connect可能是你需要考虑使用的
3. 【绝不认输的救赎之路】如果你想折腾，又有自己的服务器，那么使用shiny server去发布你的shiny app一定是不二之选

Pipeline for publish a web on server

我使用的为小型VPS，配置不高但是够用，同时拥有root权限

首先是Download Shiny Server(https://rstudio.com/products/shiny/download-server/)，不同的系统有不同的下载方式，我使用的是CentOS 7，大家根据官网教程操作就可以了：

# 安装EPELyum install https://dl.fedoraproject.org/pub/epel/epel-release-latest-7.noarch.rpm# 安装Rsudo yum install R# 安装shinysudo su - -c "R -e \"install.packages('shiny', repos='https://cran.rstudio.com/')\""# 或者在Linux内进入R，手动安装shiny及其依赖包
# 随后下载shiny server并安装wget https://download3.rstudio.org/centos6.3/x86_64/shiny-server-1.5.12.933-x86_64.rpmsudo yum install --nogpgcheck shiny-server-1.5.12.933-x86_64.rpm

到这一步你就已经完成了shiny server的配置（可能会出一些安装上的小麻烦，但是见山开路，遇水搭桥，解决问题是提升自己的必由之路）

随后你可以将你的shiny app上传到服务器的 /srv/shiny-server/ 位置，打开浏览器，输入服务器的IP监听端口及包名就🆗了，格式为 http:// :3838/APP_NAME/ ，代码演示：

# 自带示例文件演示cp -R /your-path-wo-shiny/shiny/examples/* /srv/shiny-server/
# 我的数据(base)  ⚡ root@Chevy  ~  cd /srv/shiny-server (base)  ⚡ root@Chevy  /srv/shiny-server  lltotal 44Kdrwxr-xr-x 2 root root 4.0K Dec  4 04:21 01_hellodrwxr-xr-x 2 root root 4.0K Dec  4 04:21 02_textdrwxr-xr-x 2 root root 4.0K Dec  4 04:21 03_reactivitydrwxr-xr-x 2 root root 4.0K Dec  4 04:21 04_mpgdrwxr-xr-x 2 root root 4.0K Dec  4 04:21 05_slidersdrwxr-xr-x 2 root root 4.0K Dec  4 04:21 06_tabsetsdrwxr-xr-x 2 root root 4.0K Dec  4 04:21 07_widgetsdrwxr-xr-x 3 root root 4.0K Dec  4 04:21 08_htmldrwxr-xr-x 2 root root 4.0K Dec  4 04:21 09_uploaddrwxr-xr-x 2 root root 4.0K Dec  4 04:21 10_downloaddrwxr-xr-x 2 root root 4.0K Dec  4 04:21 11_timerlrwxrwxrwx 1 root root   38 Dec  4 04:20 index.html -> /opt/shiny-server/samples/welcome.htmllrwxrwxrwx 1 root root   37 Dec  4 04:20 sample-apps -> /opt/shiny-server/samples/sample-apps

Example

我的测试结果，可点击（比较慢，小水管VPS）

Chevy's shiny example(http://104.224.178.164:3838/sample-apps/hello/)