深圳市轨道三期工程包括6、7、8、9、11共五条线路，合计总长度约169.6公里，新增车站数量95座。规划实施后，我市轨道交通通车里程约348公里；其中中心城区里程约194公里，线网密度为1.03公里/平方公里。2016年，深圳市轨道交通承担客运量占公共交通客运量的比重将达到38%。
规划确定四期建设规划（首批项目）线路方案为：6号线支线、8号线二期（东延）、10号线二期（南延）、11号线二期（东延）、12号线、13号线、14号线、15号线、16号线、17号线和20号线共计11条（段）线路。总长约274.4公里（深圳境内长度），其中地下段251.2公里（约占91.5%），高架段23.2公里（约占8.5%），共设车站155座。14号线惠州境内长9.1km，设车站3座。各线路具体规划情况如下
（注：以下为线路初步规划方案，下阶段随着项目勘察和工程设计工作的开展，相关方案或将调整/完善）：
6号线支线：线路连接光明中心与中山大学沿线片区，支持深莞一体化发展。线路起于三期工程6号线荔林站，沿光明大道、光侨路、公常路敷设至深莞边界与东莞R1线衔接。线路全长约6.4公里，设站2座，高架敷设。
8号线二期（东延）：联系盐田区与大鹏新区的旅游特色线路。线路由8号线二期小梅沙站引出，沿盐坝高速南侧敷设，经溪涌、上洞、土洋后，主线转向坪葵路、坪西路、迎宾路敷设至终点大鹏集散中心，全长约19.3公里，设站6座；支线从土洋引出后沿坪葵路敷设至葵涌文化广场，预留往北延伸衔接16号线的条件，线路长约3.9公里，设站3座。全线合计23.2公里，其中隧道段6.4公里，高架段16.8公里。
10号线二期（南延）：联系福田保税区与福田口岸，线路由三期工程10号线福田口岸站引出，沿桂花路、金花路敷设。线路全长约2.4公里，设站2座，地下敷设。该段线路需在保税区相关政策允许的情况下适时建设。
11号线二期（东延）：联系岗厦、华强北与福田中心区，线路起于三期工程11号线福田站，沿深南大道往东敷设，终点为上海宾馆，预留往东延伸的条件，线路全长约3.1公里，设站2座，地下敷设。
12号线：联系蛇口自贸区、南山中心区、宝安中心、航空城、大空港地区，覆盖西部发展轴的轨道线路。线路起于蛇口左炮台，经太子湾、海上世界、南山中心区、宝安中心区、机场东、大空港等片区，终点设在国际会展中心，预留进一步北延条件。线路全长约36.9公里，设站27座，地下敷设。
13号线：联系后海、科技园、留仙洞总部基地、石岩、公明、光明等地的轨道快线。线路起于深圳湾口岸，经后海中心、科技园、西丽火车站、留仙洞总部基地、石岩、光明凤凰城、公明等片区，终点设在公明北。预留向北延伸衔接东莞的条件。线路全长约40.9公里，设站22座，地下敷设。
14号线：联系福田中心区、大运新城、龙岗中心区、坪山新城中心区的轨道快线。主线路起于福田中心区，沿深南大道、华富路、泥岗路、宝岗路、红棉路等道路敷设，在坳背附近分叉形成“Y”型线路，其中，坪山方向支线沿宝荷路、中山大道、深汕公路等道路敷设至深惠边界后进入惠州境内，线路沿深汕公路、白云一路、爱民路敷设至终点惠州南站；龙岗方向支线，沿黄阁路、清林路、龙翔大道敷设至3号线新生站，预留延伸至坪地的条件。线路主线长约23.7公里，设站8座；坪山（惠阳）支线长约38公里，设站10座，其中惠州境内长约9.1公里，设站3座；龙岗支线长约13.5公里，设站4座。深圳境内合计线路长约66.1 公里，地下敷设。
15号线：联系南山科技园、宝安中心、前海等重要片区，支撑西部发展。线路起于宝安区海城路，经西乡、宝安中心、西丽火车站、科技园、南山中心等片区，终点设在前海妈湾片区，预留经大铲岛连接成环的条件。线路全长约 27.1公里，设站19座，地下敷设。
16号线：联系大运新城、龙岗中心城、坪山站及坪山新区等地区，是东部组团内部的轨道线路。线路由大运站引出，沿龙岗大道、黄阁路、龙平路敷设，经龙岗老中心后沿深汕公路往南至坪山站，经坪山中心区后沿东纵路、金田路敷设至终点田头。线路全长约27.6公里，设站23座，地下敷设。
17号线：联系罗湖中心区与龙岗平湖、布吉片区的轨道线路，线路起于罗湖火车站，经老街、笋岗、清水河、布吉、南湾、大芬、丹竹头、李朗、平湖等地区，终点设在平湖金融基地。线路全长约28.7公里，设站24座，地下敷设。
20号线：联系宝安国际机场、国际会展中心、国际会议中心等片区的轨道线路，线路起于宝安国际机场T4航站楼，经国际会展中心、国际会议中心后进入半岛片区，预留与东莞R2线衔接条件。线路全长约12公里，设站6座，地下敷设。
