本周六（11月2号）晚7点直播预告：直播讨论话题“国自然申请中，关于科研代表作、课题方向和新项目的思路、材料写作、代码选择和关键词选择等问题”。
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上次“细胞-细胞交互”这个主题我们介绍了"外泌体"和"隧道纳米管"介导的"线粒体转移"，本期汇总研究“细胞-细胞交互”的方法，这里我们主要说基于配体-受体结合的细胞间互作研究方法，既然这种互作方法的模式是“细胞1的配体L和细胞2的受体R的结合”，就既包括了细胞1与细胞2的交互，又包括了配体L与受体R的结合。
1. 基于单细胞数据、空间转录组等分析
Ref：The
diversification of methods for studying cell-cell interactions and
communication.
单细胞的数据大家比较熟悉了，像CellChat、CellPhoneDB等工具都可实现，需要注意的是使用这些数据的时候有很多“坑”（注意事项）：很多人喜欢用“细胞-细胞间交互”报国自然，但是太多坑了……
由于空转分辨率的问题，配体-受体的互作可以大致通过空间分布看到配体与受体分布模式的相似性（与我们之前说的共定位的问题是一样的：分布模式的相似+表达上的相关也不能确定直接的结合，还需要结合其它方法确定），具体的算法像stLearn等工具：
2. 组织层面多色免疫组化
最经典的方法就是在组织层面做免疫荧光或者多色免疫组化的验证，一般验证的指标至少包括细胞1的Marker 基因A、配体L、细胞2的Marker基因B、受体R以及DAPI；其实多数情况下要求都不止4个指标，主要原因在于只是基于1个Marker基因基本没法很好的确定某个细胞亚群，比如M2型TAM细胞群通过配体L结合Treg上的受体R，对M2型巨噬细胞来说至少就要染巨噬细胞Marker和M2的亚型Marker（这样就至少是2个了），而Treg细胞群则至少要CD4和CD25/FOXP3吧，这样大概率要到7、8个指标了，而这么多指标的费用还是蛮贵的（如果算上抗体可能都要几万了）。
3. 细胞实验
细胞实验主要是基于细胞共培养的方式进行，但是根据培养方式不同，也可以分为直接接触共培养、间接接触共培养、3D共培养体系和条件培养基等方式。1）直接接触共培养：这种方法涉及将两种或多种不同类型的细胞直接放在一起培养，允许它们直接接触和相互作用。这种直接的细胞间接触可以模拟体内细胞间的物理相互作用，包括细胞黏附和迁移等过程。2）间接接触共培养：在这种方法中，不同类型的细胞被物理隔离，但仍然允许它们通过分泌的因子（如细胞因子、生长因子等）进行交流，一般通过Transwell小室法实现，其中一种细胞位于上室，另一种细胞位于下室，两者之间通过多孔膜分隔，允许小分子通过孔隙交流，但阻止细胞间的直接接触。3）3D共培养体系：比如基于微流控芯片的3D细胞共培养，这种方式更接近于体内细胞的自然环境。
4）条件培养基法：在这种方法中，首先培养一种细胞（条件细胞），收集其培养基（条件培养基），然后用这个培养基替换另一种细胞（目的细胞）的培养基。这样目的细胞可以在含有条件细胞分泌因子的培养基中生长，从而研究细胞间通过分泌因子的相互作用。
最后，研究配体-受体互作的方法，考虑到多数配体和受体化学上还是蛋白（或者小分子），验证方法与“蛋白-蛋白互作”和“小分子-蛋白”互作本质上没有太大区别，比如：分子对接、免疫共沉淀、SPR等等，具体大家可看两篇推文：End
如果大家有基金申请或者课题思路上的疑问，
