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生信媛,从1人分享,到8人同行。坚持分享生信入门方法与课程,持续记录生信相关的分析pipeline, python和R在生物信息学中的利用。内容涵盖服务器使用、基因组转录组分析以及群体遗传。
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「学转录组入门生信」第四周根据差异基因进行富集分析及解读

生信媛  · 公众号  · 生物  · 2019-07-29 09:04

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前期回顾:

一个月能通过转录组入门生信吗?

「生信基础课」如何利用好手头的电脑,节省上千的服务器租用费

「学转录组入门生信」第一周从环境配置开始

「学转录组入门生信」第二周来获取表达量矩阵

「学转录组入门生信」第三周入门R语言和学习DESeq2


本周的学习简单来说可以分为两个阶段:

第一阶段:一代富集分析——GO和KEGG
  1. 使用biomaRt包注释差异基因

  2. 使用ClusterProfile包对差异基因进行富集分析

  3. GO分析及结果解读

  4. KEGG分析及结果解读

  5. 使用ggplot2包对分析结果作图

第二阶段:二代富集分析——GSEA
  1. 输入文件的格式解读与构建

  2. GSEA参数的选择与基因集的构建

  3. 常见报错原因解读

  4. 结果解读

  5. 生物学意义解析

第三周的视频以及这一周的视频都会在bilibili上更新,地址为 https://space.bilibili.com/6447454/ 阅读原文即可到达









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