顾名思义，生物有机肥就是指以特定功能微生物和有机营养为主要的有效成分，兼具生物功能和有机肥料效应的肥料。其功能简单来讲，是通过特定的微生物与有机养分的复合叠加，在土壤改良、生物防病、促生长、提供营养等方面发挥功效。在当前种植业领域“减肥减药、提质增效”的大背景下，生物有机肥料的大规模应用，是肥料施用结构调整的必然趋势。
生物有机肥可以弥补传统肥料的不足，同时解决因肥料长期不合理使用造成的一系列问题：
在植物所需养分补充方面，
生物有机肥可以做到植物养分的“荤素”搭配、营养均衡。“植物对养分的吸收是有木桶效应的，现在种植户普遍存在过量施肥的问题，导致边际收益已经很少，原因就是土壤中缺乏中微量、有机质（尤其是蛋白营养）和微生物等营养成分。而一些不合理的有机肥投入，也会造成诸如粪污污染、碳氮比失调等问题。生物有机肥在对补齐木桶效应的短板、促进作物养分均衡吸收方面能够发挥卓越功效。”南洋鸿基生物科技有限公司总经理马俊刚告诉记者。
除了给植物补充足够的养分外，还要有好的土壤和健康的根系来保证养分能够被充分吸收利用。
在土壤质量提升方面，
生物有机肥中的有益微生物能够抑制病原菌繁殖，有效改善土壤微生态平衡，从而有效控制土传病害的发生。在微生物和有机营养的作用下，被土壤固化的无机养分能够活化并有效释放，便于作物的吸收利用，从而提高肥料利用率，达到减肥增效的目的。此外，微生物还可以将一些植物毒素进行分解、综合作用，达到净化土壤、改土养地的效果。
在作物生长尤其是根系发育方面，
生物有机肥中的微生物产生的活性物质能有效提升根系活力，蛋白营养和一些信号分子能提高作物面对冻害、药害、高温日灼、寡照等不良环境时的抵抗能力。
