研究CircRNA的几种常见思路，以及现在还能报国自然吗？

今晚七点直播主题：介绍一下我们团队，并进行国自然或者科研答疑

昨天我们视频号更新了一期环状 RNA CircRNA 翻译蛋白的内容，今天我们说一下 CircRNA 这个方向在国自然申请中的情况。

关于环状 RNA （ CircRNA ）大家应该都不陌生了，虽然很多人了解 CircRNA 是因为 miRNA 和 lncRNA 角度，当然也有人是通过 RNA 的 m6A 修饰关注到 CircRNA 的（ m6A 修饰与 CircRNA 的翻译有关）， 不过现在 CircRNA 的研究已经进入了新的阶段—— mRNA 的环化 。从这个角度来说， CircRNA 的研究有些像外泌体： 从一开始关注外泌体在细胞间交互中的角色与机制探索，再到现在工程化外泌体作为核酸药物等递送体系进行干预 。

下面我就简单梳理一下 CircRNA 研究大致经历的几个阶段。

第一阶段：以 ceRNA 为主要作用机制研究

由于 CircRNA 可以作为 miRNA Sponge 吸附 miRNA 从而调控 miRNA 靶基因的 mRNA 表达，所以这个 ceRNA 机制“流行”了很长一段时间。所以研究 CircRNA 作为 miRNA sponge 算是 circRNA 发挥作用“最经典”的机制了。不过后来情况大家都知道： 以 miRNA 、 lncRNA 为方向 + 国内医院为单位的研究有大量撤稿，现在很多期刊编辑一看是“ miRNA/lncRNA+ 国内医院为单位”的组合，下意识里就想拒稿，到现在还有很多文章在 PubPeer 上被质疑 。

我看了一下最近被质疑 miRNA 的研究有一个比较通用的问题： 很多研究的 miRNA 只在灵长类中才有，而在小鼠、大鼠这些平时大家用的比较多的模式物种里面根本就没有 ，所以文章大概率是有问题的，有很多文章在被质疑后很快就撤稿了。其实这个问题是很普遍的，原因在于没有考虑物种的保守性，我记得 5 、 6 年前看很多人的本子就经常出现这个问题： 由于很多申请人关注的 lncRNA 是从动物模型中筛选出来的，还是在疾病模型中高表达并且已经验证了有功能，但是最后突然发现这个 lncRNA 居然在人里面不保守或者根本不表达，虽然从文章上来说还好，但是从基金申请来说临床意义一下就打折扣了 ，这样就有很多本子被毙掉。

第二阶段：以 RNA 结合蛋白 RBP 为主要作用机制的研究

除了 miRNA 外， RNA 结合蛋白 RBP 是大家研究 CircRNA 的另外一个常见机制。 由于 RNA 结合蛋白所参与的功能不同，实际上 CircRNA 发挥作用的方式差别也很大， 实际上作为 RNA 结合蛋白的一种， AGO2 与 CircRNA 的结合也是 CircRNA 发挥 miRNA sponge 的关键机制之一，类似的：如果 RNA 结合蛋白发挥的作用是调控 mRNA 翻译，那么 CircRNA 可能就通过 RNA 结合蛋白 RBP 调控 mRNA 翻译。

不过，这里有个很重要的问题： RNA 结合蛋白与 CircRNA 结合，并不只是 CircRNA 通过 RNA 结合蛋白 RBP 发挥 RBP 所调控的作用（比如 RBP 对 mRNA 的翻译）， RNA 结合蛋白还可以直接影响 CircRNA 本身的翻译 。所以，大家做完 CircRNA pull down 并通过质谱鉴定到蛋白后需要区分这两种情况，即 RBP 是介导 CircRNA 的作用，还是 RBP 直接参与对 CircRNA 的调控：一个是上游，一个是下游，后续还要看 RBP 的特点并通过验证实验确定上下游关系，这一点非常重要。

另外， CircRNA 并不是只与 RNA 结合蛋白结合，所以最后还是要看鉴定到的结合蛋白以及所参与的功能。

三、 CircRNA 翻译为蛋白或者肽段的功能和机制

这个机制其实也不是很新的机制，对大家说来，最难的地方是验证 CircRNA 具有蛋白翻译能力，而内部核糖体进入位点（ IRES ）元件、 m6A 甲基化修饰等也只是 CircRNA 翻译的部分条件；而验证手段上既包括 Polysome-seq 、 Ribo-seq 或 RNC-seq 等组学手段，也要有克隆后翻译蛋白 / 多肽的验证。

当然， circRNA 翻译为蛋白 / 肽段后发挥功能的具体机制，大家就可以当成蛋白来研究了，比如通过 CoIP 鉴定结合蛋白等等。最后，我们说一个关键问题： 如果我们要说的问题是 CircRNA 通过其翻译的蛋白 / 肽发挥功能，是不是意味着翻译的蛋白 / 肽才是发挥作用的关键，而 CircRNA 本身是不能发挥这个作用的？那是不是要排除这个可能性（下图中的红线）？

这次我们就说到这几种大家很熟悉的机制，实际上 CircRNA 还有很多不同的机制，比如 CircRNA 与 DNA 结合等。另外，关于 RNA 环化及应用，后续我们再说。