raincloud云雨图：一图囊括小提琴+箱线图+散点图

最近在搜集好看的图的时候，看到了一幅下面这样的图：

图来自文献：《 Benzo[a]pyrene stress impacts adaptive strategies and ecological functions of earthworm intestinal viromes 》。

简单搜索了一下， 这种图因为上部分的密度曲线像一朵云，下面的三点像云层下面下着的雨，形象的叫云雨图！

它用于展示多个数据集的分布： 结合了小提琴展示的数据密度区域，箱线图展示的四分位数，以及散点图展示的具体的每一个点的分布！

又学到了~

图注：

Fig. 3 Composition and lifestyle of earthworm gut virome. G Abundance (Log10 RPKM) of prophage.

学习绘制

搜了一个学习资料：

https://jtr13.github.io/cc21fall2/raincloud-plot-101-density-plot-or-boxplotwhy-not-do-both.html

下面来看看怎么绘制吧！

首先需要安装包

半个扁平的小提琴来自包：https://github.com/PsyTeachR/introdataviz, 后面用到的函数为：geom_flat_violin

# you may have to install devtools first with 
# install.packages("devtools")

devtools::install_github("psyteachr/introdataviz")
library(introdataviz)

加载一下其他所需要的包：

library(tidyverse)
library(magrittr)
library(ggplot2)
library(reshape2)
library(ggsci)

读取数据

我这里用了一个基因表达矩阵，每一行为一个基因，每一列为一个样本：示例数据可以找我，微信：Biotree123，后面放到github上面： https://github.com/zhangj1115/example_data

df <- read.table("Expression.txt",header = T,sep = "\t"