在过去的数十年间，学术出版界发生了剧变。目前，学术文章在作者撰写、期刊处理、学界评价等各个阶段均存在严重问题。许多学术领域，尤其是生命科学领域，已经被少数寡头出版集团及其旗下的所谓“高水平期刊”所统治。这种统治地位的获取，是以“高被引”替代“高影响”来评价科学家成就的结果。对在高被引期刊上发表文章的过度依赖，已经孳生了不良的学术文化：许多研究者热衷于“打包发表”科学成果，或者对已有经典研究进行跟风验证，而忽略了扎实的科学论述和真正的创新工作。
真正有影响力的工作常常是创新性的科学成果，这类工作需要突破该领域的现有主流观点，因而不太可能会获得审稿人一致的正面共识。在此类工作的发表过程中，期刊编辑需要具备平衡作者和审稿人意见的决断力。我们相信，活跃在相关领域前沿、具有专业水准的科学家最能担此重任。目前，为使文章能在“高水平期刊”上发表，大多数时候，研究者不仅必须遵守数据采集、分析和推论的严格标准，还不得不与学术界的主流观点和审稿人的权威意见保持一致。
同样糟糕的是，许多期刊已经抛弃了理性论辩的精神，而这一精神对于科学的进步至关重要。大多数“高水平期刊”越来越不愿意发表对自身已发表文章的批评意见，评论版块的逐步消失即是明证。他们把学术文章看成商品，希望任何人都不要质疑其商品的价值。结果一些有问题的研究在“高水平期刊”发表后，随之产生了一系列二线期刊的“翻版”文章。这些文章累积起来，使得发现科学的真相更为困难。它们旨在重复已发表在“高水平期刊”上的研究的“可重复性项目”(eLife 6:323693)，其初步结果已经印证了上述现象。
在高被引期刊发表并讨论真正具有潜在影响的争议观点，过去时常出现，现今却越来越少。指向权威的向心力很可能已经拖慢了科学前进的脚步。因此，学术界现在迫切需要采用发表最新研究成果的新模式。譬如，《美国科学院院刊》已开始公开部分文章的审稿人姓名。eLife也大幅革新审稿流程，在编委会终审决定前，审稿人可在相互交换意见后取得对该文章的一致看法，而过多修改和补充实验对于论文的接受已经并非必要。
F1000Research将收到的投稿在编辑部快速浏览后，数日内便全部在线发表，审稿流程则是在文章发表后公开进行，署名审稿意见及作者回复都与文章一同发表，而只有通过了评审的文章才会被正式接受，并被PubMed收录。F1000Research也鼓励发表结果为无效/阴性的研究成果、小成果、案例报告和数据说明。今年早些时候创刊的Science Matters则允许以三盲审稿模式(编委不知道作者信息，作者也不知道审稿人身份)发表科学观察结果，而一旦被接受，文章会在投稿后数周内连同审稿意见一并快速发表。
自今年起，《国家科学评论》(NSR)将启动研究论文出版的一系列新模式，废除当前高端论文审核限制“交流与争论”的措施。目标在于提升创新而有争议性的传播与讨论。新的出版模式的一系列举措包括论文组稿、审稿，论文接受或拒稿，审稿人评论，以及设立“争鸣”的新栏目。
出版研究论文，我们鼓励四方科学家(作者、推荐人、编委和审稿人)共同参与。参与者在出版过程中既是贡献者也是受益者。
推荐人：对于稿件的初始筛选要求编委具有广博的专业知识和卓越的评判，初筛也是科学出版中最具挑战性的环节之一。NSR借鉴了科研领域招聘的推荐人和推荐信模式，要求投稿作者至少提供一封来自领域同行专家的稿件推荐信，为文章的初始评估提供参考。
稿件推荐人不参与该文审稿过程，若稿件最终被接受，将在发表版本中注明推荐人姓名。稿件推荐人运用自己的科学判断，促进了高质量研究的发表，其贡献应该被体现和认可。此外，NSR还将逐步组建一个大型的由知名科学家构成的咨询委员会，以推荐及约请高质量稿件。
编委：收到稿件后，编委评审组长会同编委评审小组一起判断来稿是否进入同行评议流程。同行评审后，评审组长与评审小组对同行评审意见和作者学术观点进行判断和裁决。评审过程中，研究方法和实验设计必须经过严格的审查，但实验结果分析和对研究意义的阐释不要求获得所有审稿人一致赞同。所以，作者可以不必为满足所有审稿人的意见而过度花费精力修改。文章的最终接受由学科副主编作决定。
审稿人及其评论：稿件接受后，NSR会请求审稿专家署名撰写一篇基于审稿报告和论文内容的评论，并以独立短文形式刊载于研究论文之后。如果审稿人在审稿过程中建议拒稿(通常为经编委驳回的少数意见)，该评论可以是其他审稿意见不同的批判文章。这些评论文章由编委评审组长和编委评审小组审阅。
近年科学论文发表已经从“创新性争议”转型为“保守型共识”。NSR设立新栏目，发表对于近期研究成果或科学观点质疑的论文。“争鸣”栏目鼓励对近期有争议性论文批判的稿件，批判对象以有影响力论文为先。NSR也将邀请原始论文作者在合理时间内回应。
NSR作为学术出版界中的新刊，可望为学术界作出多方面的贡献：学术前沿的进展报道、重要科学问题的论坛讨论、权威科学家的访谈、以及科学研究机构的介绍。上述栏目近期内对中国本土学术界有所侧重。NSR的长期目标是成为全球科学家发表研究发现、最新想法和学术批评的首选平台。
(本文作者：吴仲义，中山大学、芝加哥大学教授，《国家科学评论》生命科学评审组长；蒲慕明系中国科学院脑科学与智能技术卓越创新中心主任，《国家科学评论》执行主编)
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